जीनोटाइप-से-फेनोटाइप अनुवाद

जीनोटाइप-से-फेनोटाइप अनुवाद वह चरण है जो कच्चे फार्माकोजेनेटिक परीक्षण परिणामों को एक नैदानिक रूप से व्याख्या योग्य कथन में बदल देता है कि एक रोगी द्वारा दवा को कैसे संभाला जाएगा। स्टार एलील्स से बना एक जीनोटाइप पहले एक डिप्लोटाइप में हल किया जाता है, फिर एक अनुमानित फेनोटाइप जैसे कि खराब, मध्यवर्ती, सामान्य, या अति-तीव्र मेटाबोलाइज़र में मैप किया जाता है।

Definition

जीनोटाइप-से-फेनोटाइप अनुवाद एक अनुमानित कार्यात्मक फेनोटाइप, जैसे कि मेटाबोलाइज़र स्थिति, को एक रोगी को उनके कार्यात्मक, कम-कार्यशील और गैर-कार्यशील एलील्स के अनुमानित डिप्लोटाइप के आधार पर असाइन करने की प्रक्रिया है, अक्सर एक गतिविधि स्कोर के माध्यम से जो प्रत्येक एलील के अनुमानित कार्य को एकत्रित करता है।

Scope

यह प्रविष्टि एलील और डिप्लोटाइप जानकारी को अनुमानित फेनोटाइप श्रेणियों में बदलने के तर्क को शामिल करती है, उस मैपिंग को स्पष्ट करने में गतिविधि स्कोर की भूमिका, और परिणामों की रिपोर्ट करने के लिए उपयोग की जाने वाली मानकीकृत शब्दावली। यह व्याख्या के बारे में एक कार्यप्रणाली विषय है, न कि दवा-जीन खुराक नियमों की एक सूची।

Core questions

• व्यक्तिगत स्टार एलील्स को कार्यात्मक स्थिति कैसे असाइन की जाती है?
• एक डिप्लोटाइप को एक एकल अनुमानित फेनोटाइप में कैसे संयोजित किया जाता है?
• एक गतिविधि स्कोर क्या दर्शाता है और यह कहाँ टूट जाता है?
• परिणाम शर्तों को कैसे मानकीकृत किया जा सकता है ताकि प्रयोगशालाएं फेनोटाइप को लगातार रिपोर्ट करें?

Key concepts

• स्टार एलील नामकरण
• डिप्लोटाइप
• कार्यात्मक, कम-कार्यशील, और गैर-कार्यशील एलील
• अनुमानित मेटाबोलाइज़र फेनोटाइप
• गतिविधि स्कोर
• मानकीकृत परिणाम शब्दावली

Key theories

गतिविधि स्कोर मॉडल

प्रत्येक एलील को एक संख्यात्मक मान असाइन किया जाता है जो इसकी अनुमानित एंजाइम गतिविधि को दर्शाता है; दो एलील्स के मानों को जोड़ने से एक स्कोर प्राप्त होता है जिसे एक फेनोटाइप श्रेणी में मैप किया जाता है, जिससे जीनोटाइप-से-फेनोटाइप चरण स्पष्ट और प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य हो जाता है।

Mechanisms

अनुवाद चरणों में आगे बढ़ता है। जीनोटाइपिंग उन वेरिएंट्स की पहचान करती है जिन्हें PharmVar जैसे एलील-परिभाषा संसाधनों द्वारा स्टार एलील्स में व्यवस्थित किया जाता है; प्रत्येक एलील को एक कार्यात्मक स्थिति के साथ एनोटेट किया जाता है। रोगी के दो एलील एक डिप्लोटाइप बनाते हैं, और अनुमानित कार्यों को संयोजित किया जाता है, अक्सर एक गतिविधि स्कोर के माध्यम से जो प्रति-एलील मानों को कुल में जोड़ता है। उस कुल को फिर एक फेनोटाइप श्रेणी में मैप किया जाता है। क्योंकि प्रयोगशालाओं ने ऐतिहासिक रूप से विभिन्न श्रेणी लेबल का उपयोग किया था, इसलिए आम सहमति वाली शब्दावली विकसित की गई है ताकि एक ही डिप्लोटाइप विभिन्न सेटिंग्स में एक ही रिपोर्ट किया गया फेनोटाइप उत्पन्न करे, और क्यूरेटेड ज्ञान आधार एलील्स को कार्य से जोड़ने वाले साक्ष्य प्रदान करते हैं।

Clinical relevance

विश्वसनीय फेनोटाइप असाइनमेंट इस बात पर आधारित है कि फार्माकोजेनोमिक परिणामों की व्याख्या और अनुसंधान और देखभाल में कैसे कार्य किया जाता है, और असंगत अनुवाद एक ही जीनोटाइप को अलग-अलग अर्थों में प्रकट कर सकता है। यह प्रविष्टि व्याख्यात्मक विधि और मानकीकृत शब्दावली का वर्णन करती है; यह दवा-विशिष्ट कार्यों या व्यक्तिगत उपचार निर्णयों को निर्दिष्ट नहीं करती है।

Epidemiology

एलील आवृत्तियाँ आबादी में काफी भिन्न होती हैं, इसलिए अनुमानित फेनोटाइप श्रेणियों की सापेक्ष व्यापकता वंश के अनुसार भिन्न होती है; एलील-परिभाषा और आवृत्ति संसाधन इस भिन्नता का दस्तावेजीकरण करते हैं।

Evidence & guidelines

मानकीकृत अनुवाद PharmVar जैसे एलील-परिभाषा संसाधनों, क्लिनिकल फार्माकोजेनेटिक्स इम्प्लीमेंटेशन कंसोर्टियम से आम सहमति परिणाम शब्दावली, और अंतर्निहित फार्माकोजेनोमिक ज्ञान की शक्ति को ग्रेडिंग के लिए रूपरेखा पर आधारित है।

History

स्टार एलील नामकरण साइटोक्रोम P450 आनुवंशिकी से उभरा, और 2008 के CYP2D6 गतिविधि स्कोर ने क्षेत्र को डिप्लोटाइप को फेनोटाइप श्रेणियों में संपीड़ित करने का एक पारदर्शी तरीका दिया। बाद के आम सहमति प्रयासों ने परिणाम शर्तों को मानकीकृत किया, और एलील-परिभाषा प्रबंधन समर्पित कंसोर्टिया में चला गया, जिसमें ज्ञान-ग्रेडिंग रूपरेखाएं जोड़ी गईं ताकि यह इंगित किया जा सके कि प्रत्येक अनुवाद कितना अच्छी तरह से समर्थित है।

Debates

फेनोटाइप श्रेणियों को कैसे सीमांकित किया जाना चाहिए?

गतिविधि-स्कोर कटऑफ जो मध्यवर्ती को सामान्य मेटाबोलाइज़र से अलग करते हैं, और अनिश्चित कार्य वाले एलील्स का प्रबंधन, यह प्रभावित करते हैं कि एक डिप्लोटाइप को कौन सा फेनोटाइप प्राप्त होता है; जीन और प्रयोगशालाओं में इन सीमाओं का सामंजस्य एक सक्रिय मानकीकरण प्रयास बना हुआ है।

Key figures

• Andrea Gaedigk
• J. Steven Leeder
• Kelly Caudle
• Teri Klein
• Magnus Ingelman-Sundberg

Seminal works

• gaedigk2008
• caudle2017

Frequently asked questions

गतिविधि स्कोर क्या है?

यह एक संख्या है जो एक रोगी के दो एलील्स में से प्रत्येक को उनके अनुमानित एंजाइम कार्य के अनुसार असाइन किए गए मानों को जोड़कर बनती है; कुल को फिर एक फेनोटाइप श्रेणी जैसे मध्यवर्ती या सामान्य मेटाबोलाइज़र में मैप किया जाता है।

फेनोटाइप शर्तों को मानकीकृत क्यों करें?

क्योंकि एक ही डिप्लोटाइप को अन्यथा विभिन्न प्रयोगशालाओं द्वारा विभिन्न लेबल के साथ रिपोर्ट किया जा सकता है, मानकीकृत आम सहमति शर्तें फार्माकोजेनोमिक परिणामों को विभिन्न सेटिंग्स में तुलनीय और व्याख्या योग्य बनाती हैं।