Lựa chọn và Giải thích Xét nghiệm Di truyền
Lựa chọn và giải thích xét nghiệm di truyền là lĩnh vực tư vấn di truyền liên quan đến việc quyết định khi nào một xét nghiệm di truyền là phù hợp, lựa chọn giữa các loại xét nghiệm có sẵn và chuyển đổi kết quả xét nghiệm từ phòng thí nghiệm thành một tuyên bố có ý nghĩa lâm sàng. Nó kết nối câu hỏi lâm sàng thúc đẩy việc xét nghiệm với bằng chứng phân tử mà phòng thí nghiệm có thể cung cấp, và với sự không chắc chắn thường đi kèm với bằng chứng đó.
Definition
Lựa chọn và giải thích xét nghiệm di truyền đề cập đến các quy trình liên kết của việc chọn một xét nghiệm di truyền phù hợp với một câu hỏi lâm sàng và áp dụng các khuôn khổ bằng chứng tiêu chuẩn hóa để phân loại và báo cáo các biến thể thu được, bao gồm mức độ chắc chắn và ý nghĩa lâm sàng của chúng.
Scope
Lĩnh vực này định hướng cho người đọc về toàn bộ quá trình của một xét nghiệm di truyền: các chỉ định biện minh cho việc yêu cầu xét nghiệm, hiệu suất phân tích và lâm sàng của các chiến lược xét nghiệm khác nhau, khuôn khổ tiêu chuẩn được sử dụng để phân loại các biến thể trình tự từ lành tính đến gây bệnh, vấn đề đặc biệt của các biến thể có ý nghĩa không chắc chắn, sàng lọc quần thể và sàng lọc người mang mầm bệnh, và việc quản lý các kết quả được tìm thấy một cách tình cờ hơn là được tìm kiếm. Nó coi đây là các chủ đề về phương pháp luận và giải thích, không phải là một quy trình quản lý bệnh nhân cá nhân.
Sub-topics
Core questions
- Khi nào một xét nghiệm di truyền được chỉ định, và câu hỏi lâm sàng mà nó nhằm mục đích trả lời là gì?
- Các chiến lược xét nghiệm khác nhau (gen đơn, bảng gen, exome, genome) được chọn như thế nào cho một chỉ định cụ thể?
- Khả năng gây bệnh của một biến thể trình tự được phân loại như thế nào từ các bằng chứng có sẵn?
- Sự không chắc chắn trong phân loại và các phát hiện tình cờ nên được xử lý và truyền đạt như thế nào?
Key concepts
- Chỉ định xét nghiệm và tiện ích lâm sàng
- Tính hợp lệ phân tích so với tính hợp lệ lâm sàng
- Phân loại biến thể (lành tính đến gây bệnh)
- Biến thể có ý nghĩa không chắc chắn
- Sàng lọc người mang mầm bệnh và sàng lọc quần thể
- Các phát hiện thứ cấp và tình cờ
- Tư vấn trước và sau xét nghiệm
Mechanisms
Một xét nghiệm di truyền bắt đầu bằng một câu hỏi lâm sàng xác định chiến lược nào là phù hợp, từ các xét nghiệm biến thể đơn mục tiêu đến các bảng gen, giải trình tự exome và genome, mỗi loại có phạm vi phát hiện và chi phí khác nhau (Schwarze et al., 2018). Sau đó, phòng thí nghiệm xác định các biến thể và phân loại chúng theo một khuôn khổ bằng chứng tiêu chuẩn hóa, cân nhắc tần suất quần thể, dự đoán tính toán, dữ liệu chức năng và sự phân ly để đặt mỗi biến thể vào một thang đo từ lành tính đến gây bệnh (Richards et al., 2015). Việc giải thích cũng phụ thuộc vào bối cảnh lâm sàng: cùng một biến thể có thể mang ý nghĩa khác nhau tùy thuộc vào kiểu hình, tiền sử gia đình và lý do xét nghiệm. Xét nghiệm dược lý di truyền minh họa cách kiểu gen được liên kết với hậu quả lâm sàng thông qua các mối quan hệ gen-thuốc đã biết (Wang et al., 2011).
Clinical relevance
Hiểu cách các xét nghiệm di truyền được lựa chọn và giải thích là trọng tâm để đánh giá bằng chứng di truyền và thực hành tư vấn di truyền. Lĩnh vực này mô tả cách các kết quả được tạo ra và phân loại cũng như cách mức độ chắc chắn của chúng được truyền đạt; đây là một định hướng tham khảo để hiểu lộ trình xét nghiệm chứ không phải là cơ sở để yêu cầu xét nghiệm hoặc đưa ra các quyết định chẩn đoán hoặc điều trị cá nhân.
Epidemiology
Việc sử dụng lâm sàng xét nghiệm di truyền và bộ gen đã mở rộng đáng kể khi chi phí giải trình tự giảm, mở rộng từ các xét nghiệm gen đơn lẻ cho các rối loạn cụ thể sang giải trình tự exome và genome trên nhiều chỉ định; bằng chứng về hiệu quả chi phí cho các phương pháp tiếp cận rộng hơn vẫn còn không đồng nhất (Schwarze et al., 2018).
History
Xét nghiệm di truyền phát triển từ các xét nghiệm tế bào di truyền và sinh hóa sang các phương pháp dựa trên DNA và sau đó là các phương pháp giải trình tự thông lượng cao. Khi khối lượng và phạm vi của các biến thể được phát hiện tăng lên, lĩnh vực này đã phát triển các khuôn khổ chung để phân loại khả năng gây bệnh của biến thể, được củng cố trong khuyến nghị đồng thuận ACMG/AMP năm 2015, đã tiêu chuẩn hóa cách các phòng thí nghiệm cân nhắc bằng chứng và báo cáo kết quả (Richards et al., 2015).
Debates
- Xét nghiệm ban đầu nên rộng đến mức nào?
- Việc bắt đầu bằng các xét nghiệm mục tiêu hay giải trình tự exome/genome liên quan đến sự đánh đổi về tỷ lệ chẩn đoán, chi phí và gánh nặng của các phát hiện không chắc chắn hoặc tình cờ, và cơ sở bằng chứng về hiệu quả chi phí vẫn đang phát triển.
Key figures
- Sue Richards
- Heidi Rehm
- Sean Tavtigian
Related topics
Seminal works
- richards-2015
- schwarze-2018
Frequently asked questions
- Lĩnh vực này bao gồm những gì?
- Nó bao gồm cách một xét nghiệm di truyền được chọn cho một câu hỏi lâm sàng và cách kết quả xét nghiệm từ phòng thí nghiệm được phân loại, báo cáo và hiểu theo mức độ chắc chắn và ý nghĩa lâm sàng.
- Giải trình tự rộng hơn luôn tốt hơn xét nghiệm mục tiêu phải không?
- Không nhất thiết; các chiến lược rộng hơn như giải trình tự exome hoặc genome làm tăng phạm vi nhưng cũng làm tăng chi phí và khả năng có các phát hiện không chắc chắn hoặc tình cờ, vì vậy lựa chọn phù hợp phụ thuộc vào câu hỏi lâm sàng.