การเลือกและการแปลผลการตรวจทางพันธุกรรม
การเลือกและการแปลผลการตรวจทางพันธุกรรมเป็นส่วนหนึ่งของการให้คำปรึกษาทางพันธุกรรมที่เกี่ยวข้องกับการตัดสินใจว่าเมื่อใดที่การตรวจทางพันธุกรรมมีความเหมาะสม การเลือกระหว่างประเภทการตรวจที่มีอยู่ และการแปลงผลลัพธ์ทางห้องปฏิบัติการให้เป็นข้อความที่มีความหมายทางคลินิก ซึ่งเชื่อมโยงคำถามทางคลินิกที่เป็นแรงจูงใจในการตรวจเข้ากับหลักฐานระดับโมเลกุลที่ห้องปฏิบัติการสามารถให้ได้ และความไม่แน่นอนที่มักจะมาพร้อมกับหลักฐานนั้น
Definition
การเลือกและการแปลผลการตรวจทางพันธุกรรมหมายถึงกระบวนการที่เชื่อมโยงกันของการเลือกการตรวจทางพันธุกรรมที่เหมาะสมกับคำถามทางคลินิก และการประยุกต์ใช้กรอบหลักฐานมาตรฐานเพื่อจำแนกและรายงานความแปรผันที่เกิดขึ้น รวมถึงความแน่นอนและนัยยะทางคลินิกของความแปรผันเหล่านั้น
Scope
ขอบเขตนี้จะนำผู้อ่านไปสู่เส้นทางทั้งหมดของการตรวจทางพันธุกรรม: ข้อบ่งชี้ที่สนับสนุนการสั่งตรวจ ประสิทธิภาพการวิเคราะห์และทางคลินิกของกลยุทธ์การตรวจที่แตกต่างกัน กรอบการทำงานมาตรฐานที่ใช้ในการจำแนกความแปรผันของลำดับดีเอ็นเอจากชนิดไม่ก่อโรคไปจนถึงชนิดก่อโรค ปัญหาพิเศษของความแปรผันที่มีนัยสำคัญไม่ชัดเจน การคัดกรองประชากรและการคัดกรองพาหะ และการจัดการผลลัพธ์ที่พบโดยบังเอิญมากกว่าการค้นหาโดยตรง โดยถือว่าสิ่งเหล่านี้เป็นหัวข้อทางระเบียบวิธีและการตีความ ไม่ใช่เป็นระเบียบปฏิบัติสำหรับการจัดการผู้ป่วยแต่ละราย
Sub-topics
Core questions
- เมื่อใดที่การตรวจทางพันธุกรรมมีข้อบ่งชี้ และคำถามทางคลินิกใดที่ต้องการคำตอบ?
- จะเลือกกลยุทธ์การตรวจที่แตกต่างกัน (ยีนเดี่ยว, แผง, เอ็กโซม, จีโนม) สำหรับข้อบ่งชี้ที่กำหนดได้อย่างไร?
- ความก่อโรคของความแปรผันของลำดับดีเอ็นเอถูกจำแนกจากหลักฐานที่มีอยู่อย่างไร?
- ควรจัดการและสื่อสารความไม่แน่นอนในการจำแนกและการค้นพบโดยบังเอิญอย่างไร?
Key concepts
- ข้อบ่งชี้การตรวจและประโยชน์ทางคลินิก
- ความถูกต้องของการวิเคราะห์เทียบกับความถูกต้องทางคลินิก
- การจำแนกความแปรผัน (จากไม่ก่อโรคไปจนถึงก่อโรค)
- ความแปรผันที่มีนัยสำคัญไม่ชัดเจน
- การคัดกรองพาหะและการคัดกรองประชากร
- การค้นพบรองและการค้นพบโดยบังเอิญ
- การให้คำปรึกษาก่อนและหลังการตรวจ
Mechanisms
การตรวจทางพันธุกรรมเริ่มต้นด้วยคำถามทางคลินิกที่กำหนดกลยุทธ์ที่เหมาะสม ซึ่งมีตั้งแต่การตรวจหาความแปรผันเดี่ยวแบบจำเพาะเป้าหมายไปจนถึงการตรวจแบบแผง การจัดลำดับเอ็กโซม และการจัดลำดับจีโนม ซึ่งแต่ละวิธีมีขอบเขตการตรวจจับและค่าใช้จ่ายที่แตกต่างกัน (Schwarze et al., 2018) จากนั้นห้องปฏิบัติการจะระบุความแปรผันและจำแนกตามกรอบหลักฐานมาตรฐานที่พิจารณาความถี่ในประชากร การคาดการณ์ด้วยคอมพิวเตอร์ ข้อมูลการทำงาน และการแยกตัว เพื่อจัดตำแหน่งความแปรผันแต่ละชนิดบนมาตราส่วนจากไม่ก่อโรคไปจนถึงก่อโรค (Richards et al., 2015) การแปลผลยังขึ้นอยู่กับบริบททางคลินิก: ความแปรผันเดียวกันอาจมีนัยยะที่แตกต่างกันขึ้นอยู่กับฟีโนไทป์ ประวัติครอบครัว และเหตุผลในการตรวจ การตรวจทางเภสัชพันธุศาสตร์แสดงให้เห็นว่าจีโนไทป์เชื่อมโยงกับผลลัพธ์ทางคลินิกปลายน้ำผ่านความสัมพันธ์ระหว่างยีนกับยาที่ทราบ (Wang et al., 2011)
Clinical relevance
การทำความเข้าใจวิธีการเลือกและแปลผลการตรวจทางพันธุกรรมเป็นสิ่งสำคัญในการประเมินหลักฐานทางพันธุกรรมและการปฏิบัติการให้คำปรึกษาทางพันธุกรรม ขอบเขตนี้อธิบายว่าผลลัพธ์ถูกสร้างและจำแนกอย่างไร และความแน่นอนของผลลัพธ์ถูกสื่อสารอย่างไร; เป็นแนวทางอ้างอิงสำหรับการทำความเข้าใจเส้นทางการตรวจ ไม่ใช่พื้นฐานสำหรับการสั่งตรวจหรือการตัดสินใจวินิจฉัยหรือการรักษาผู้ป่วยแต่ละราย
Epidemiology
การใช้การตรวจทางพันธุกรรมและจีโนมิกส์ทางคลินิกได้ขยายตัวอย่างมากเนื่องจากต้นทุนการจัดลำดับลดลง โดยขยายจากการตรวจยีนเดี่ยวสำหรับความผิดปกติเฉพาะไปสู่การจัดลำดับเอ็กโซมและจีโนมในข้อบ่งชี้หลายประการ; หลักฐานด้านความคุ้มค่าสำหรับแนวทางที่กว้างขึ้นยังคงมีความหลากหลาย (Schwarze et al., 2018)
History
การตรวจทางพันธุกรรมพัฒนาจากการตรวจทางเซลล์พันธุศาสตร์และชีวเคมีไปสู่การตรวจที่อาศัยดีเอ็นเอ และต่อมาเป็นวิธีการจัดลำดับที่มีปริมาณงานสูง เมื่อปริมาณและความหลากหลายของความแปรผันที่ตรวจพบเพิ่มขึ้น สาขาวิชานี้ได้พัฒนากรอบการทำงานร่วมกันสำหรับการจำแนกความก่อโรคของความแปรผัน ซึ่งรวมอยู่ในคำแนะนำที่เป็นเอกฉันท์ของ ACMG/AMP ปี 2015 ซึ่งกำหนดมาตรฐานว่าห้องปฏิบัติการควรพิจารณาหลักฐานและรายงานผลลัพธ์อย่างไร (Richards et al., 2015)
Debates
- การตรวจเบื้องต้นควรครอบคลุมแค่ไหน?
- การเริ่มต้นด้วยการตรวจแบบจำเพาะเป้าหมายหรือการจัดลำดับเอ็กโซม/จีโนมเกี่ยวข้องกับการแลกเปลี่ยนระหว่างอัตราการวินิจฉัย ต้นทุน และภาระของผลลัพธ์ที่ไม่แน่นอนหรือโดยบังเอิญ และฐานหลักฐานด้านความคุ้มค่ายังคงอยู่ระหว่างการพัฒนา
Key figures
- Sue Richards
- Heidi Rehm
- Sean Tavtigian
Related topics
Seminal works
- richards-2015
- schwarze-2018
Frequently asked questions
- ขอบเขตนี้ครอบคลุมอะไรบ้าง?
- ครอบคลุมถึงวิธีการเลือกการตรวจทางพันธุกรรมสำหรับคำถามทางคลินิก และวิธีการจำแนก รายงาน และทำความเข้าใจผลลัพธ์ทางห้องปฏิบัติการในแง่ของความแน่นอนและความหมายทางคลินิก
- การจัดลำดับที่ครอบคลุมกว่าดีกว่าการตรวจแบบจำเพาะเป้าหมายเสมอไปหรือไม่?
- ไม่จำเป็นเสมอไป; กลยุทธ์ที่ครอบคลุมกว่า เช่น การจัดลำดับเอ็กโซมหรือจีโนมจะเพิ่มขอบเขต แต่ก็เพิ่มต้นทุนและโอกาสที่จะพบผลลัพธ์ที่ไม่แน่นอนหรือโดยบังเอิญ ดังนั้นการเลือกที่เหมาะสมจึงขึ้นอยู่กับคำถามทางคลินิก