Analisi di Arricchimento di Set di Geni Basata su Rete
L'analisi di arricchimento di set di geni basata su rete (network GSEA) estende la GSEA classica incorporando reti di interazione biologica — come le reti di interazione proteina-proteina (PPI) o i grafici di co-espressione — nel test di arricchimento. Invece di trattare ogni gene indipendentemente, il metodo propaga i segnali di espressione differenziale attraverso gli archi della rete, permettendo ai geni co-regolati o funzionalmente connessi di supportare congiuntamente la significatività di un set di geni. Il risultato è un punteggio di arricchimento biologicamente coerente che tiene conto della topologia del pathway e delle dipendenze gene-gene.
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Fonti
- Shojaie, A., & Michailidis, G. (2010). Network enrichment analysis in complex experiments. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 9(1), Article 22. link ↗
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545-15550. link ↗
Come citare questa pagina
ScholarGate. (2026, June 3). Network-Based Gene Set Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/it/bioinformatics/network-based-gene-set-enrichment-analysis
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