Interpretación y Notificación de Resultados

La interpretación y la notificación son el paso que transforma los datos genéticos brutos en una declaración clínicamente utilizable. Los alelos detectados se nombran, se combinan en un diplotipo y se traducen en un fenotipo predicho, como una categoría de metabolizador; ese fenotipo se comunica luego en un informe utilizando términos estandarizados. Dado que una terminología inconsistente dificultaba la comparación y la actuación sobre los informes farmacogenómicos, la terminología de consenso y las reglas de traducción son fundamentales para este tema.

Definition

La interpretación y notificación de los resultados farmacogenómicos es el proceso de convertir los alelos detectados en un diplotipo y un fenotipo predicho de respuesta a fármacos, para luego comunicar ese fenotipo en un informe clínico utilizando terminología estandarizada y basada en el consenso.

Scope

Esta entrada abarca la traducción de genotipo a fenotipo, las categorías fenotípicas estandarizadas utilizadas para describir la respuesta a los fármacos, la terminología de consenso para los resultados farmacogenéticos clínicos y la importancia de la estandarización para la claridad entre laboratorios y sistemas de apoyo a la decisión. Utiliza la traducción de CYP2D6 como un caso ilustrativo de la complejidad implicada. Es una descripción de referencia de la práctica de interpretación y notificación, no una guía para actuar sobre un resultado específico.

Core questions

• ¿Cómo se traduce un genotipo en un fenotipo predicho?
• ¿Qué términos estandarizados describen los fenotipos de respuesta a fármacos y por qué se acordaron?
• ¿Por qué es importante una terminología consistente entre laboratorios y sistemas?
• ¿Qué hace que la traducción para genes como CYP2D6 sea especialmente compleja?

Key concepts

• Ensamblaje de diplotipos
• Traducción de genotipo a fenotipo
• Categorías de fenotipo de metabolizador
• Terminología estandarizada de resultados
• Puntuaciones de actividad para genes complejos
• Claridad y comparabilidad de los informes

Mechanisms

Después de que un laboratorio detecta variantes, los alelos se nombran utilizando la nomenclatura de alelos estrella (star-allele nomenclature) y se combinan en un diplotipo (Gaedigk et al., 2017). El diplotipo se asigna a un fenotipo predicho, a menudo expresado como una categoría de metabolizador, utilizando reglas de traducción de consenso; para genes complejos como CYP2D6, un enfoque de puntuación de actividad (activity-score approach) suma las contribuciones funcionales de cada alelo antes de asignar un fenotipo (Caudle et al., 2019). El fenotipo predicho se notifica luego utilizando términos estandarizados acordados por consorcios para que el mismo genotipo produzca el mismo lenguaje descriptivo independientemente del laboratorio (Caudle et al., 2017). La terminología estandarizada y las reglas de traducción permiten que los sistemas de apoyo a la decisión posteriores interpreten los informes de manera consistente y reduzcan la ambigüedad para los clínicos (Roden, 2019).

Clinical relevance

Una interpretación clara y estandarizada permite a los lectores comprender lo que un informe farmacogenómico afirma sobre la respuesta predicha a los fármacos y con qué grado de confianza. Comprender cómo un genotipo se convierte en un fenotipo notificado es parte de la evaluación de dichos informes. Esta entrada explica el proceso de notificación y la terminología; no interpreta ningún resultado individual ni traduce un fenotipo en una decisión de prescripción o dosificación.

Evidence & guidelines

La terminología de consenso para los resultados de pruebas farmacogenéticas clínicas fue establecida por el Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) para armonizar la forma en que se notifican los fenotipos (Caudle et al., 2017), y las recomendaciones conjuntas del CPIC y del Dutch Pharmacogenetics Working Group estandarizaron la traducción de genotipo a fenotipo para CYP2D6 (Caudle et al., 2019). Las definiciones de alelos que sustentan estas traducciones son curadas por el Pharmacogene Variation Consortium (Gaedigk et al., 2017). Estos son marcos de estandarización, no consejos clínicos individualizados.

History

Los primeros informes farmacogenómicos variaban ampliamente en la forma en que describían los fenotipos, lo que dificultaba la comparación y el apoyo a la decisión. Para abordar esto, el Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium publicó términos de consenso para los resultados de pruebas farmacogenéticas clínicas en 2017 (Caudle et al., 2017), y un esfuerzo conjunto con el Dutch Pharmacogenetics Working Group estandarizó posteriormente la traducción para el difícil gen CYP2D6 (Caudle et al., 2019). Estos esfuerzos, basados en la nomenclatura de alelos curada por el consorcio (Gaedigk et al., 2017), hicieron que la notificación fuera más uniforme en todo el campo.

Debates

Estandarización de las categorías fenotípicas para genes complejos

Asignar un único fenotipo a genes altamente variables como CYP2D6 es difícil, y el consenso sobre los umbrales de puntuación de actividad y los límites fenotípicos requirió una armonización explícita entre los principales marcos.

Key figures

• Kelly E. Caudle
• Andrea Gaedigk
• Michelle Whirl-Carrillo
• James M. Hoffman

Seminal works

• caudle-2017
• caudle-2019
• gaedigk-2017

Frequently asked questions

¿Qué es un fenotipo de metabolizador?

Es una categoría predicha que describe cómo se espera que una persona procese ciertos fármacos basándose en su genotipo, como metabolizador lento, intermedio, normal o ultrarrápido; es una predicción derivada del resultado genético, no una medición directa de los niveles de fármaco.

¿Por qué es importante la terminología estandarizada?

Los términos consistentes aseguran que el mismo genotipo se describa de la misma manera en todos los laboratorios y sistemas de apoyo a la decisión, reduciendo la ambigüedad y facilitando la comparación y la actuación adecuada sobre los informes.