Phylogenetische Einzelzellanalyse — Rekonstruktion von Abstammungsbäumen mit Einzelzellauflösung
Die phylogenetische Einzelzellanalyse rekonstruiert evolutionäre oder entwicklungsbedingte Stammbäume aus Einzelzell-Sequenzierungsdaten und verfolgt, wie sich einzelne Zellen von einem gemeinsamen Vorfahren abgespalten haben. Durch die Nutzung somatischer Mutationen, CRISPR-eingeführter Barcodes oder Kopienzahländerungen als erbliche Merkmale bildet diese Methode klonale Beziehungen innerhalb von Tumoren, sich entwickelnden Geweben oder Immunrepertoires mit beispielloser zellulärer Auflösung ab.
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Quellen
- Jones, M. G., Khodaverdian, A., Quinn, J. J., Chan, M. M., Hussmann, J. A., Wang, R., Xu, C., Weissman, J. S., & Yosef, N. (2020). Inference of single-cell phylogenies from lineage tracing data using Cassiopeia. Genome Biology, 21(1), 92. DOI: 10.1186/s13059-020-02000-8 ↗
- Trapnell, C., Cacchiarelli, D., Grimsby, J., Pokharel, P., Li, S., Morse, M., Lennon, N. J., Livak, K. J., Mikkelsen, T. S., & Rinn, J. L. (2014). The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nature Biotechnology, 32(4), 381-386. DOI: 10.1038/nbt.2859 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Phylogenetic and Lineage Tree Reconstruction. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/single-cell-phylogenetic-analysis
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