Détection et caractérisation de la résistance aux antimicrobiens
La détection et la caractérisation de la résistance aux antimicrobiens constituent le domaine de la microbiologie diagnostique qui vise à déterminer si un micro-organisme est sensible ou résistant aux agents antimicrobiens et à identifier les mécanismes responsables. Ce domaine englobe les méthodes phénotypiques qui mesurent la croissance en présence du médicament, les tests ciblés qui signalent des phénotypes de résistance spécifiques, et les méthodes moléculaires qui détectent les gènes et mutations de résistance sous-jacents.
Definition
La détermination systématique en laboratoire de la réponse d'un organisme aux agents antimicrobiens et des mécanismes génétiques et biochimiques sous-jacents à toute sensibilité réduite, en utilisant des méthodes phénotypiques et moléculaires interprétées par rapport à des seuils de rupture standardisés.
Scope
Ce domaine oriente le lecteur à travers trois approches complémentaires : les tests standardisés de sensibilité aux antimicrobiens qui aboutissent à une interprétation sensible-intermédiaire-résistant, la détection phénotypique de profils de résistance cliniquement importants tels que la production de bêta-lactamase, et la détection moléculaire des déterminants de résistance. Il décrit comment les laboratoires génèrent les données de sensibilité utilisées dans les soins aux patients, la surveillance et la gestion des antimicrobiens, sans fournir d'instructions de traitement.
Sub-topics
Core questions
- Cet organisme est-il sensible ou résistant à un agent antimicrobien donné, et comment ce jugement est-il standardisé ?
- Quel phénotype de résistance est présent, et quel mécanisme l'explique ?
- Quels gènes ou mutations de résistance sont détectables, et comment le génotype et le phénotype sont-ils liés ?
Key concepts
- Concentration minimale inhibitrice (CMI)
- Seuils cliniques et interprétation S-I-R
- Détection phénotypique versus génotypique
- Production de bêta-lactamase et de carbapénémase
- Gènes de résistance acquis et mutations chromosomiques
- Concordance génotype-phénotype
- Standardisation (CLSI, EUCAST)
Mechanisms
Les méthodes phénotypiques exposent un inoculum standardisé de l'organisme à des concentrations antimicrobiennes définies et mesurent l'inhibition de la croissance, résumée par une CMI ou un diamètre de zone, et interprétée par rapport à des seuils de rupture établis par des organismes de normalisation tels que le CLSI et l'EUCAST (jorgensen-2009 ; clsi-m100). Les tests phénotypiques ciblés détectent un trait de résistance spécifique, par exemple l'hydrolyse d'un bêta-lactame par une bêta-lactamase. Les méthodes moléculaires, quant à elles, détectent directement le déterminant génétique, identifiant les gènes de résistance acquis ou les mutations associées à la résistance ; le séquençage du génome entier permet de plus en plus une caractérisation complète, bien que la prédiction génotype-phénotype reste imparfaite (ellington-2017). Des règles d'experts encodent les relations connues entre les mécanismes et la sensibilité attendue afin d'améliorer l'interprétation et de signaler les résultats incohérents (leclercq-2013).
Clinical relevance
La caractérisation de la sensibilité et de la résistance sous-tend les preuves utilisées dans la gestion des maladies infectieuses, la gestion des antimicrobiens, le contrôle des infections et la surveillance de la résistance. En tant que domaine de référence, il décrit comment les laboratoires produisent et interprètent ces données ; il ne fournit pas de conseils diagnostiques ou de prescription pour les patients individuels.
Epidemiology
Les tests de sensibilité standardisés et la caractérisation de la résistance génèrent les données qui alimentent les antibiogrammes locaux et les systèmes de surveillance nationaux et internationaux, lesquels suivent l'émergence et la propagation des organismes résistants et des mécanismes de résistance au fil du temps.
History
Les tests de sensibilité aux antimicrobiens se sont développés parallèlement à l'ère des antibiotiques au milieu du XXe siècle, les méthodes de diffusion et de dilution étant standardisées par des organismes tels que le CLSI et l'EUCAST. Au cours des décennies suivantes, le domaine a ajouté des tests phénotypiques ciblés pour les mécanismes de résistance émergents et, plus récemment, la détection moléculaire et par séquençage des déterminants de résistance (jorgensen-2009 ; ellington-2017).
Debates
- Dans quelle mesure le génotype peut-il remplacer le phénotype ?
- Les méthodes moléculaires et de séquençage détectent rapidement les déterminants de résistance mais ne prédisent pas toujours le phénotype de manière fiable ; la mesure dans laquelle la prédiction génotypique peut se substituer aux tests de sensibilité phénotypiques reste une question active.
Related topics
Seminal works
- jorgensen-2009
- leclercq-2013
- ellington-2017
Frequently asked questions
- Quelle est la différence entre la détection phénotypique et moléculaire de la résistance ?
- Les méthodes phénotypiques observent si l'organisme se développe en présence d'un médicament ou exprime un trait de résistance spécifique, tandis que les méthodes moléculaires détectent directement le gène ou la mutation de résistance ; les deux sont complémentaires et ne concordent pas toujours.
- Pourquoi les seuils de rupture standardisés sont-ils nécessaires ?
- Les seuils de rupture des organismes de normalisation tels que le CLSI et l'EUCAST traduisent une CMI ou un diamètre de zone mesuré en une catégorie sensible, intermédiaire ou résistante, afin que les résultats soient comparables entre les laboratoires.