Détection phénotypique des profils de résistance courants

La détection phénotypique des profils de résistance utilise des tests basés sur la croissance et des tests biochimiques pour reconnaître des mécanismes de résistance spécifiques et cliniquement importants exprimés par un organisme, au-delà de la simple catégorisation comme sensible ou résistant. Des exemples classiques incluent la détection des bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE), des carbapénémases et de la résistance à la méticilline chez les staphylocoques.

Definition

La détection phénotypique de la résistance est l'utilisation de tests basés sur la croissance, de synergie ou biochimiques pour démontrer qu'un organisme exprime un mécanisme de résistance particulier, telle que la production d'une bêta-lactamase ou d'une carbapénémase spécifique, distinguant le mécanisme plutôt que seulement la catégorie de sensibilité.

Scope

Cette entrée couvre les principales stratégies phénotypiques pour confirmer les profils de résistance courants : les tests de synergie par double disque et par disque combiné pour les BLSE, les tests biochimiques et basés sur la croissance des carbapénémases tels que le Carba NP et les méthodes d'inactivation des carbapénèmes, ainsi que le dépistage de la résistance à la méticilline basé sur la céfoxitine. Elle explique ce que ces tests démontrent et leurs limites, et constitue un matériel de référence plutôt qu'un guide de traitement.

Core questions

• Cet organisme exprime-t-il un mécanisme de résistance spécifique tel qu'une BLSE ou une carbapénémase ?
• Quels tests phénotypiques peuvent confirmer ce mécanisme, et que signifient leurs résultats ?
• Quelles sont les limites de la détection phénotypique par rapport à la confirmation moléculaire ?

Key concepts

• Détection des bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE)
• Tests de synergie par double disque et par disque combiné
• Détection des carbapénémases (Carba NP, méthode d'inactivation des carbapénèmes)
• Dépistage de la résistance à la méticilline par la céfoxitine
• Résistance inductible à la clindamycine (test D)
• Tests de confirmation versus tests de dépistage
• Discordance phénotype-génotype

Mechanisms

Les tests phénotypiques révèlent un mécanisme de résistance par son effet fonctionnel. La détection des BLSE repose sur la restauration de la sensibilité à une céphalosporine indicatrice lorsqu'un inhibiteur de bêta-lactamase (tel que l'acide clavulanique) est ajouté, observée comme une synergie dans les formats de double disque ou de disque combiné (paterson-2005). L'activité carbapénémase peut être détectée biochimiquement par hydrolyse d'un carbapénème, comme dans le test colorimétrique Carba NP, ou par des tests basés sur la croissance tels que la méthode d'inactivation des carbapénèmes, dans laquelle un disque de carbapénème exposé à l'organisme test perd sa capacité à inhiber une souche indicatrice sensible (van-der-zwaluw-2015; nordmann-2009). La résistance à la méticilline chez les staphylocoques est dépistée phénotypiquement à l'aide de la céfoxitine, un substitut qui induit et détecte mieux la résistance médiatisée par mecA, et la résistance inductible aux macrolides-lincosamides est mise en évidence par le test D. Des règles d'experts aident à interpréter ces profils et à signaler les résultats incohérents (leclercq-2013; clsi-m100).

Clinical relevance

La reconnaissance des phénotypes de résistance tels que la production de BLSE ou de carbapénémase est essentielle pour le contrôle des infections, la surveillance et la gestion des antimicrobiens, car ces mécanismes affectent des classes entières d'agents. Cette entrée décrit comment de tels phénotypes sont démontrés en laboratoire comme connaissance de référence et ne fournit pas de conseils diagnostiques ou de prescription individuels.

Epidemiology

Les Enterobacterales productrices de carbapénémases et les productrices de BLSE se sont propagées à l'échelle internationale, faisant de leur détection phénotypique une priorité pour les laboratoires et les réseaux de surveillance ; l'épidémiologie de ces mécanismes a façonné le développement et l'adoption des tests de confirmation (nordmann-2009; paterson-2005).

History

Alors que les mécanismes de résistance aux bêta-lactamines se sont diversifiés à partir des années 1980, les laboratoires ont développé des tests phénotypiques de confirmation, en commençant par la détection des BLSE basée sur les inhibiteurs. L'émergence internationale d'organismes producteurs de carbapénémases dans les années 2000 a stimulé le développement rapide de tests biochimiques et basés sur la croissance des carbapénémases tels que le test Carba NP et, plus tard, la méthode plus simple d'inactivation des carbapénèmes (paterson-2005; nordmann-2009; van-der-zwaluw-2015).

Debates

Confirmation phénotypique versus moléculaire

Les tests phénotypiques détectent l'activité fonctionnelle mais peuvent ne pas identifier le gène spécifique, tandis que les tests moléculaires identifient des gènes qui ne sont pas toujours exprimés ; la combinaison et la séquence appropriées de méthodes pour confirmer des mécanismes tels que la production de carbapénémase sont débattues.

Sensibilité pour les mécanismes faiblement exprimés

Certains mécanismes de résistance sont exprimés à de faibles niveaux ou seulement sous induction, de sorte que le dépistage phénotypique peut les manquer, ce qui soulève des questions quant à la stratégie de confirmation qui offre une sensibilité adéquate.

Seminal works

• paterson-2005
• nordmann-2009
• van-der-zwaluw-2015

Frequently asked questions

Que montre un test de confirmation des BLSE ?

Il démontre que l'ajout d'un inhibiteur de bêta-lactamase restaure la sensibilité de l'organisme à une céphalosporine indicatrice, indiquant la production d'une bêta-lactamase à spectre étendu ; il montre le mécanisme fonctionnel plutôt que de nommer l'enzyme spécifique.

Pourquoi détecter les carbapénémases phénotypiquement alors que des tests moléculaires existent ?

Les tests phénotypiques, tels que la méthode d'inactivation des carbapénèmes, sont peu coûteux et détectent l'activité fonctionnelle d'hydrolyse des carbapénèmes quel que soit le gène spécifique, complétant les tests moléculaires qui ciblent les gènes connus mais peuvent manquer les nouveaux.