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Analyse de la diversité du microbiome en séries chronologiques — Analyse longitudinale de la diversité du microbiome

L'analyse de la diversité du microbiome en séries chronologiques étudie comment la richesse, l'équitabilité et la composition des communautés microbiennes évoluent au fil de multiples points temporels chez les mêmes sujets. En combinant des métriques de diversité standard avec des modèles statistiques longitudinaux, elle distingue les véritables dynamiques temporelles de la variation interindividuelle, identifiant quand et comment des perturbations telles que des changements alimentaires, un traitement antibiotique ou l'apparition d'une maladie remodèlent le microbiome.

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Sources

  1. Callahan, B. J., McMurdie, P. J., Rosen, M. J., Han, A. W., Johnson, A. J. A., & Holmes, S. P. (2016). DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nature Methods, 13(7), 581–583. DOI: 10.1038/nmeth.3869
  2. Chen, Y., Lun, A. T. L., & Smyth, G. K. (2023). Differential abundance testing on single-cell data using quasi-likelihood methods. Genome Biology, 24(1), 188. link

Comment citer cette page

ScholarGate. (2026, June 3). Longitudinal Microbiome Diversity Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/time-series-microbiome-diversity-analysis

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ScholarGateTime-series microbiome diversity analysis (Longitudinal Microbiome Diversity Analysis). Consulté le 2026-06-17 sur https://scholargate.app/fr/bioinformatics/time-series-microbiome-diversity-analysis · Jeu de données : https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026