Interpretation und Berichterstattung von Ergebnissen

Interpretation und Berichterstattung sind die Schritte, die Rohdaten genetischer Informationen in eine klinisch verwertbare Aussage umwandeln. Erkannte Allele werden benannt, zu einem Diplotyp kombiniert und in einen vorhergesagten Phänotyp, wie z. B. eine Metabolisiererkategorie, übersetzt; dieser Phänotyp wird dann in einem Bericht unter Verwendung standardisierter Begriffe kommuniziert. Da inkonsistente Formulierungen pharmakogenomische Berichte einst schwer vergleichbar und umsetzbar machten, sind Konsensterminologie und Übersetzungsregeln für dieses Thema von zentraler Bedeutung.

Definition

Die Interpretation und Berichterstattung pharmakogenomischer Ergebnisse ist der Prozess der Umwandlung detektierter Allele in einen Diplotyp und einen vorhergesagten Arzneimittelwirkungs-Phänotyp, gefolgt von der Kommunikation dieses Phänotyps in einem klinischen Bericht unter Verwendung standardisierter, konsensbasierter Terminologie.

Scope

Dieser Eintrag behandelt die Genotyp-Phänotyp-Übersetzung, die standardisierten Phänotypkategorien zur Beschreibung der Arzneimittelwirkung, die Konsensterminologie für klinische pharmakogenetische Ergebnisse und die Bedeutung der Standardisierung für die Klarheit über Labore und Entscheidungsunterstützungssysteme hinweg. Er verwendet die CYP2D6-Übersetzung als illustratives Beispiel für die damit verbundene Komplexität. Es handelt sich um eine Referenzbeschreibung der Interpretations- und Berichtspraxis, nicht um eine Anleitung zum Handeln aufgrund eines spezifischen Ergebnisses.

Core questions

• Wie wird ein Genotyp in einen vorhergesagten Phänotyp übersetzt?
• Welche standardisierten Begriffe beschreiben Arzneimittelwirkungs-Phänotypen, und warum wurden sie vereinbart?
• Warum ist eine konsistente Terminologie über Labore und Systeme hinweg wichtig?
• Was macht die Übersetzung für Gene wie CYP2D6 besonders komplex?

Key concepts

• Diplotyp-Assemblierung
• Genotyp-Phänotyp-Übersetzung
• Metabolisierer-Phänotyp-Kategorien
• Standardisierte Ergebnis-Terminologie
• Aktivitäts-Scores für komplexe Gene
• Klarheit und Vergleichbarkeit von Berichten

Mechanisms

Nachdem ein Labor Varianten detektiert hat, werden die Allele unter Verwendung der Stern-Allel-Nomenklatur benannt und zu einem Diplotyp kombiniert (Gaedigk et al., 2017). Der Diplotyp wird unter Verwendung von Konsens-Übersetzungsregeln einem vorhergesagten Phänotyp zugeordnet, der oft als Metabolisiererkategorie ausgedrückt wird; für komplexe Gene wie CYP2D6 summiert ein Aktivitäts-Score-Ansatz die funktionellen Beiträge jedes Allels, bevor ein Phänotyp zugewiesen wird (Caudle et al., 2019). Der vorhergesagte Phänotyp wird dann unter Verwendung standardisierter, von Konsortien vereinbarter Begriffe berichtet, sodass derselbe Genotyp unabhängig vom Labor dieselbe beschreibende Sprache liefert (Caudle et al., 2017). Standardisierte Terminologie und Übersetzungsregeln ermöglichen es nachgeschalteten Entscheidungsunterstützungssystemen, Berichte konsistent zu interpretieren und die Mehrdeutigkeit für Kliniker zu reduzieren (Roden, 2019).

Clinical relevance

Eine klare, standardisierte Interpretation ermöglicht es den Lesern, zu verstehen, was ein pharmakogenomischer Bericht über die vorhergesagte Arzneimittelwirkung aussagt und mit welcher Sicherheit. Das Verständnis, wie ein Genotyp zu einem berichteten Phänotyp wird, ist Teil der Bewertung solcher Berichte. Dieser Eintrag erläutert den Berichtsprozess und die Terminologie; er interpretiert keine individuellen Ergebnisse und übersetzt keinen Phänotyp in eine Verschreibungs- oder Dosierungsentscheidung.

Evidence & guidelines

Die Konsensterminologie für klinische pharmakogenetische Testergebnisse wurde vom Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium etabliert, um die Art und Weise der Phänotypberichterstattung zu harmonisieren (Caudle et al., 2017), und gemeinsame Empfehlungen des CPIC und der Dutch Pharmacogenetics Working Group standardisierten die Genotyp-Phänotyp-Übersetzung für CYP2D6 (Caudle et al., 2019). Die diesen Übersetzungen zugrunde liegenden Alleldefinitionen werden vom Pharmacogene Variation Consortium kuratiert (Gaedigk et al., 2017). Dies sind Standardisierungsrahmen, keine individualisierte klinische Beratung.

History

Frühe pharmakogenomische Berichte variierten stark in der Beschreibung von Phänotypen, was den Vergleich und die Entscheidungsunterstützung erschwerte. Um dies zu beheben, veröffentlichte das Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium 2017 Konsensbegriffe für klinische pharmakogenetische Testergebnisse (Caudle et al., 2017), und eine gemeinsame Anstrengung mit der Dutch Pharmacogenetics Working Group standardisierte später die Übersetzung für das schwierige CYP2D6-Gen (Caudle et al., 2019). Diese Bemühungen, die auf konsortial kuratierter Allelnomenklatur basierten (Gaedigk et al., 2017), machten die Berichterstattung in diesem Bereich einheitlicher.

Debates

Standardisierung von Phänotypkategorien für komplexe Gene

Die Zuweisung eines einzelnen Phänotyps zu hochvariablen Genen wie CYP2D6 ist schwierig, und der Konsens über Aktivitäts-Score-Schwellenwerte und Phänotypgrenzen erforderte eine explizite Harmonisierung zwischen den wichtigsten Rahmenwerken.

Key figures

• Kelly E. Caudle
• Andrea Gaedigk
• Michelle Whirl-Carrillo
• James M. Hoffman

Seminal works

• caudle-2017
• caudle-2019
• gaedigk-2017

Frequently asked questions

Was ist ein Metabolisierer-Phänotyp?

Es ist eine vorhergesagte Kategorie, die beschreibt, wie eine Person bestimmte Medikamente basierend auf ihrem Genotyp voraussichtlich verarbeitet, z. B. als langsamer, intermediärer, normaler oder ultraschneller Metabolisierer; es ist eine Vorhersage, die aus dem genetischen Ergebnis abgeleitet wird, keine direkte Messung der Medikamentenspiegel.

Warum ist eine standardisierte Terminologie wichtig?

Konsistente Begriffe stellen sicher, dass derselbe Genotyp in verschiedenen Laboren und Entscheidungsunterstützungssystemen auf die gleiche Weise beschrieben wird, wodurch Mehrdeutigkeiten reduziert und Berichte leichter vergleichbar und angemessen umsetzbar werden.