药物基因组学检测与临床实施
药物基因组学检测与临床实施是药物基因组学的应用侧：如何测量患者样本中药物处理和药物靶点基因的遗传变异，将其转化为预测的药物反应表型，并以可用的形式提供给临床医生。它涵盖了检测变异的实验室技术、决定哪些基因-药物对具有可操作性的证据框架、何时进行检测的模型、报告结果的标准，以及在处方时提供指导的电子系统。
Definition
药物基因组学检测与临床实施是一套实验室、解释和信息学流程，通过这些流程，检测、分类、报告影响药物反应的遗传变异，并将其整合到临床工作流程中，以指导处方决策。
Scope
本领域旨在引导读者了解从基因检测到临床行动的端到端路径。它介绍了药物基因组学实验室中使用的基因分型和测序技术、指南和证据水平框架（特别是临床药物遗传学实施联盟的框架）、预防性检测和反应性检测之间的战略选择、结果的解释和标准化报告，以及将药物基因组学警报嵌入电子健康记录的临床决策支持系统。它将这些视为实施科学和实验室医学中的参考主题，而非临床指导。
Sub-topics
Core questions
- 药物基因中的遗传变异是如何检测的，不同的技术能捕获或遗漏什么？
- 哪些基因-药物对有足够的证据具有临床可操作性，由谁来决定？
- 基因分型应该在人群中进行预防性检测，还是在考虑使用特定药物时进行反应性检测？
- 原始基因型如何转化为标准化表型并在临床报告中进行沟通？
- 如何在不引起警报疲劳的情况下，可靠地向处方医生提供药物基因组学指导？
Key concepts
- 基因-药物对的可操作性
- 基因型到表型的转化
- 星号 (*) 等位基因命名法
- 预防性检测与反应性检测
- 临床决策支持和电子健康记录
- 证据水平和指南强度
- 标准化结果术语
Mechanisms
实施遵循一个流程。实验室使用靶向基因分型阵列或测序技术检测药物基因中的变异；检测到的等位基因使用星号等位基因命名法命名，并组合成一个二倍体。二倍体使用共识规则转化为预测的代谢或反应表型。临床药物遗传学实施联盟等证据框架评估哪些基因-药物对有足够的证据可操作，并发布关于给定表型如何与药物反应相关的指导。结果以标准化术语报告，并且越来越多地存储在电子健康记录中，以便在开具受影响药物时，临床决策支持系统可以呈现相关指导（Roden, 2019; Relling & Klein, 2011; Relling et al., 2019）。
Clinical relevance
药物基因组学实施描述了药物反应遗传信息进入临床护理的基础设施；了解它有助于临床医生、实验室人员和信息学家评估药物基因组学报告能够和不能支持什么。此处的主题描述了证据和结果是如何生成、标准化和交付的，旨在作为参考指导，而非个体化处方或剂量决策的来源。
Evidence & guidelines
该领域主要的证据框架是临床药物遗传学实施联盟（CPIC），它对基因-药物证据的强度进行分级，并发布同行评审的指南，描述如何根据已确定的基因型采取行动；荷兰药物遗传学工作组提供了一个平行的欧洲框架（Relling & Klein, 2011; Relling et al., 2019）。范德堡大学PREDICT项目等大型前瞻性项目展示了将基因分型和决策支持嵌入常规护理的操作模型（Pulley et al., 2012）。这些框架描述了证据和过程；它们不能替代临床判断。
History
药物基因组学实施从数十年的药物遗传学研究发展而来，在2010年代成为一个有组织的临床学科。临床药物遗传学实施联盟于2009年成立，为将基因-药物关联转化为可操作的指南提供了共享框架（Relling & Klein, 2011），范德堡大学PREDICT项目等早期机构项目展示了如何将前瞻性基因分型和电子决策支持付诸实施（Pulley et al., 2012）。十年后，该领域已发展成为一门具有标准化术语和日益增长的电子健康记录整合的实施科学（Relling et al., 2019; Roden, 2019）。
Debates
- 预防性检测与反应性检测
- 是提前对患者进行基因分型，以便在开具任何药物之前获得结果，还是仅在考虑特定药物时进行反应性检测，这涉及成本、数据准备和临床收益方面的权衡，目前仍在积极讨论中。
Key figures
- Mary V. Relling
- Teri E. Klein
- Dan M. Roden
- Kelly E. Caudle
- Josh F. Peterson
Related topics
Seminal works
- relling-2011
- pulley-2012
- relling-2019
- roden-2019
Frequently asked questions
- 药物遗传学检测和药物基因组学检测有什么区别？
- 药物遗传学历史上指的是单一基因-药物关系，而药物基因组学涵盖了全基因组对药物反应的影响；在临床实施中，这些术语现在在预测药物反应的基因变异检测方面基本可以互换使用。
- 药物基因组学检测是否能准确告诉临床医生应该开什么药？
- 不能。检测报告的是预测的表型；将其转化为处方决策依赖于基于证据的指南和临床判断，这些判断需要考虑患者的整体情况，检测结果本身并非治疗指令。