การแปลผลและการรายงานผล

การแปลผลและการรายงานผลเป็นขั้นตอนที่เปลี่ยนข้อมูลทางพันธุกรรมดิบให้เป็นข้อความที่สามารถนำไปใช้ทางคลินิกได้ อัลลีลที่ตรวจพบจะถูกตั้งชื่อ นำมารวมกันเป็นไดโพลไทป์ และแปลเป็นฟีโนไทป์ที่คาดการณ์ไว้ เช่น หมวดหมู่การเผาผลาญยา จากนั้นฟีโนไทป์นั้นจะถูกสื่อสารในรายงานโดยใช้คำศัพท์ที่เป็นมาตรฐาน เนื่องจากคำพูดที่ไม่สอดคล้องกันทำให้รายงานเภสัชพันธุศาสตร์เปรียบเทียบและนำไปปฏิบัติได้ยากในอดีต ดังนั้นคำศัพท์ที่เป็นฉันทามติและกฎการแปลผลจึงเป็นหัวใจสำคัญของหัวข้อนี้

Definition

การแปลผลและการรายงานผลลัพธ์ทางเภสัชพันธุศาสตร์คือกระบวนการเปลี่ยนอัลลีลที่ตรวจพบให้เป็นไดโพลไทป์และฟีโนไทป์การตอบสนองต่อยาที่คาดการณ์ไว้ จากนั้นจึงสื่อสารฟีโนไทป์นั้นในรายงานทางคลินิกโดยใช้คำศัพท์ที่เป็นมาตรฐานและอิงตามฉันทามติ

Scope

บทความนี้ครอบคลุมการแปลผลจากจีโนไทป์เป็นฟีโนไทป์ หมวดหมู่ฟีโนไทป์มาตรฐานที่ใช้ในการอธิบายการตอบสนองต่อยา คำศัพท์ที่เป็นฉันทามติสำหรับผลลัพธ์ทางเภสัชพันธุศาสตร์ทางคลินิก และเหตุผลที่การสร้างมาตรฐานมีความสำคัญต่อความชัดเจนในห้องปฏิบัติการและระบบสนับสนุนการตัดสินใจ บทความนี้ใช้การแปลผล CYP2D6 เป็นกรณีศึกษาที่แสดงให้เห็นถึงความซับซ้อนที่เกี่ยวข้อง เป็นคำอธิบายอ้างอิงของการปฏิบัติการแปลผลและการรายงาน ไม่ใช่คู่มือสำหรับการดำเนินการกับผลลัพธ์เฉพาะใดๆ

Core questions

• จีโนไทป์ถูกแปลเป็นฟีโนไทป์ที่คาดการณ์ไว้ได้อย่างไร?
• คำศัพท์มาตรฐานใดที่ใช้อธิบายฟีโนไทป์การตอบสนองต่อยา และเหตุใดจึงมีการตกลงกัน?
• เหตุใดคำศัพท์ที่สอดคล้องกันจึงมีความสำคัญในห้องปฏิบัติการและระบบต่างๆ?
• อะไรที่ทำให้การแปลผลสำหรับยีนอย่าง CYP2D6 มีความซับซ้อนเป็นพิเศษ?

Key concepts

• การประกอบไดโพลไทป์
• การแปลผลจากจีโนไทป์เป็นฟีโนไทป์
• หมวดหมู่ฟีโนไทป์การเผาผลาญยา
• คำศัพท์ผลลัพธ์ที่เป็นมาตรฐาน
• คะแนนกิจกรรมสำหรับยีนที่ซับซ้อน
• ความชัดเจนและการเปรียบเทียบรายงาน

Mechanisms

หลังจากที่ห้องปฏิบัติการตรวจพบความแปรปรวน อัลลีลจะถูกตั้งชื่อโดยใช้ระบบการตั้งชื่ออัลลีลแบบดาว (star-allele nomenclature) และรวมกันเป็นไดโพลไทป์ (Gaedigk et al., 2017) ไดโพลไทป์จะถูกจับคู่กับฟีโนไทป์ที่คาดการณ์ไว้ ซึ่งมักจะแสดงเป็นหมวดหมู่การเผาผลาญยา โดยใช้กฎการแปลผลที่เป็นฉันทามติ สำหรับยีนที่ซับซ้อน เช่น CYP2D6 วิธีการให้คะแนนกิจกรรม (activity-score approach) จะรวมผลการทำงานของแต่ละอัลลีลก่อนที่จะกำหนดฟีโนไทป์ (Caudle et al., 2019) จากนั้นฟีโนไทป์ที่คาดการณ์ไว้จะถูกรายงานโดยใช้คำศัพท์มาตรฐานที่ตกลงกันโดยกลุ่มความร่วมมือ เพื่อให้จีโนไทป์เดียวกันให้ภาษาบรรยายเดียวกันโดยไม่คำนึงถึงห้องปฏิบัติการ (Caudle et al., 2017) คำศัพท์มาตรฐานและกฎการแปลผลช่วยให้ระบบสนับสนุนการตัดสินใจปลายน้ำสามารถตีความรายงานได้อย่างสอดคล้องกันและลดความคลุมเครือสำหรับแพทย์ (Roden, 2019)

Clinical relevance

การแปลผลที่ชัดเจนและเป็นมาตรฐานช่วยให้ผู้อ่านเข้าใจว่ารายงานเภสัชพันธุศาสตร์ยืนยันอะไรเกี่ยวกับการตอบสนองต่อยาที่คาดการณ์ไว้ และมีความมั่นใจเพียงใด การทำความเข้าใจว่าจีโนไทป์กลายเป็นฟีโนไทป์ที่รายงานได้อย่างไรเป็นส่วนหนึ่งของการประเมินรายงานดังกล่าว บทความนี้อธิบายกระบวนการรายงานและคำศัพท์; ไม่ได้ตีความผลลัพธ์แต่ละรายการหรือแปลฟีโนไทป์เป็นการตัดสินใจสั่งยาหรือกำหนดขนาดยา

Evidence & guidelines

คำศัพท์ที่เป็นฉันทามติสำหรับผลการทดสอบเภสัชพันธุศาสตร์ทางคลินิกถูกกำหนดโดย Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium เพื่อประสานวิธีการรายงานฟีโนไทป์ (Caudle et al., 2017) และข้อเสนอแนะร่วมกันของ CPIC และ Dutch Pharmacogenetics Working Group ได้กำหนดมาตรฐานการแปลผลจากจีโนไทป์เป็นฟีโนไทป์สำหรับ CYP2D6 (Caudle et al., 2019) คำจำกัดความของอัลลีลที่เป็นพื้นฐานของการแปลผลเหล่านี้ได้รับการดูแลโดย Pharmacogene Variation Consortium (Gaedigk et al., 2017) สิ่งเหล่านี้เป็นกรอบการสร้างมาตรฐาน ไม่ใช่คำแนะนำทางคลินิกเฉพาะบุคคล

History

รายงานเภสัชพันธุศาสตร์ในยุคแรกมีความหลากหลายอย่างมากในการอธิบายฟีโนไทป์ ซึ่งขัดขวางการเปรียบเทียบและการสนับสนุนการตัดสินใจ เพื่อแก้ไขปัญหานี้ Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium ได้เผยแพร่คำศัพท์ที่เป็นฉันทามติสำหรับผลการทดสอบเภสัชพันธุศาสตร์ทางคลินิกในปี 2017 (Caudle et al., 2017) และความพยายามร่วมกันกับ Dutch Pharmacogenetics Working Group ได้กำหนดมาตรฐานการแปลผลสำหรับยีน CYP2D6 ที่ซับซ้อนในภายหลัง (Caudle et al., 2019) ความพยายามเหล่านี้ ซึ่งสร้างขึ้นจากระบบการตั้งชื่ออัลลีลที่ดูแลโดยกลุ่มความร่วมมือ (Gaedigk et al., 2017) ทำให้การรายงานมีความสม่ำเสมอมากขึ้นทั่วทั้งสาขา

Debates

การสร้างมาตรฐานหมวดหมู่ฟีโนไทป์สำหรับยีนที่ซับซ้อน

การกำหนดฟีโนไทป์เดียวให้กับยีนที่มีความแปรปรวนสูง เช่น CYP2D6 เป็นเรื่องยาก และฉันทามติเกี่ยวกับเกณฑ์คะแนนกิจกรรมและขอบเขตฟีโนไทป์จำเป็นต้องมีการประสานงานอย่างชัดเจนระหว่างกรอบการทำงานหลักๆ

Key figures

• Kelly E. Caudle
• Andrea Gaedigk
• Michelle Whirl-Carrillo
• James M. Hoffman

Seminal works

• caudle-2017
• caudle-2019
• gaedigk-2017

Frequently asked questions

ฟีโนไทป์การเผาผลาญยาคืออะไร?

เป็นหมวดหมู่ที่คาดการณ์ไว้ซึ่งอธิบายว่าบุคคลคาดว่าจะประมวลผลยาบางชนิดอย่างไรตามจีโนไทป์ของพวกเขา เช่น ผู้เผาผลาญยาได้ไม่ดี (poor metabolizer), ปานกลาง (intermediate metabolizer), ปกติ (normal metabolizer) หรือรวดเร็วมาก (ultrarapid metabolizer); เป็นการคาดการณ์ที่ได้มาจากผลทางพันธุกรรม ไม่ใช่การวัดระดับยาโดยตรง

เหตุใดคำศัพท์มาตรฐานจึงมีความสำคัญ?

คำศัพท์ที่สอดคล้องกันช่วยให้มั่นใจว่าจีโนไทป์เดียวกันจะถูกอธิบายในลักษณะเดียวกันในห้องปฏิบัติการและระบบสนับสนุนการตัดสินใจต่างๆ ซึ่งช่วยลดความคลุมเครือและทำให้รายงานเปรียบเทียบและดำเนินการได้อย่างเหมาะสมง่ายขึ้น