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ベイジアンChIP-seqピークコーリング — エピゲノムデータにおける確率的エンリッチメント検出
ベイジアンChIP-seqピークコーリングは、確率モデル(典型的にはポアソン分布、負の二項分布、またはベイジアン推論を伴う隠れマルコフモデル)を適用して、シーケンス解析を伴うクロマチン免疫沈降実験において、関心のあるタンパク質でゲノム領域が濃縮されているかを検出します。リードカウントノイズを明示的にモデル化し、事前分布を組み込むことにより、ベイジアンコーラーは単純なp値ではなくエンリッチメントの事後確率を生成し、ゲノム全体にわたる不確実性定量化のための原理的なフレームワークを提供します。
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出典
- Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
- Spyrou, C., Stark, R., Lynch, A. G., & Tavare, S. (2009). BayesPeak: Bayesian analysis of ChIP-seq data. BMC Bioinformatics, 10, 299. DOI: 10.1186/1471-2105-10-299 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Bayesian Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/bayesian-chip-seq-peak-calling
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