Process / pipelineEpigenomics
ATAC-seq 解析
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）は、ゲノムワイドなクロマチンアクセシビリティの状況をプロファイリングするための手法である。2013年にBuenrostroらによって開発されたATAC-seqは、超活性トランスポゼースを用いて開いた、アクセス可能なクロマチン領域をタグ付けし、調節DNAエレメントの迅速かつ高感度な同定を可能にする。ATAC-seqは、遺伝子調節の状況を特徴づけ、細胞種特異的な調節エレメントを発見し、遺伝子調節ネットワークを推定するための標準的な技術となっている。
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出典
- Buenrostro, J. D., Giresi, P. G., Zaba, L. C., Chang, H. Y., & Greenleaf, W. J. (2013). Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of cell populations and tissues. Nature Methods, 10(12), 1213–1218. link ↗
- Corces, M. R., Buenrostro, J. D., Wu, B., Greenside, P. G., Chan, S. M., Koenig, J. L., & Greenleaf, W. J. (2017). Lineage-specific and single-cell chromatin accessibility charts human hematopoiesis. Nature Genetics, 48(10), 1193–1203. DOI: 10.1038/ng.3646 ↗
- Satpathy, A. T., Granja, J. M., Yost, K. E., Qi, Y., Meschi, F., McDermott, G. P., & Chang, H. Y. (2019). Massively parallel single-cell chromatin landscapes. Nature Biotechnology, 37(12), 1452–1462. link ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). ATAC-seq Analysis for Chromatin Accessibility and Regulatory Landscapes. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/genetics/atac-seq-analysis
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