Profil dan Stratifikasi Molekuler Tumor
Profil dan stratifikasi molekuler tumor adalah cabang patologi molekuler yang mengkarakterisasi kanker berdasarkan perubahan genetik dan molekulernya serta menggunakan informasi tersebut untuk mengklasifikasikan tumor ke dalam subkelompok yang bermakna secara biologis dan klinis. Alih-alih hanya mengandalkan jaringan asal dan morfologi, bidang ini membaca genom, transkriptom, dan lapisan molekuler lain dari tumor untuk menentukan apa yang mendorongnya dan bagaimana perbedaannya dari kanker lain yang terlihat serupa di bawah mikroskop.
Definition
Profil molekuler tumor adalah deteksi sistematis perubahan somatik – mutasi, perubahan jumlah salinan, penataan ulang struktural, dan fitur molekuler lainnya – dalam jaringan tumor atau materi tumor yang bersirkulasi; stratifikasi molekuler adalah penggunaan profil ini untuk mengelompokkan tumor ke dalam subkelompok dengan biologi, prognosis, atau respons yang diprediksi yang sama.
Scope
Area ini mengarahkan pembaca pada karakterisasi molekuler tumor: profil genomik dan panel multigen, mutasi pendorong dan titik panas yang memulai dan mempertahankan kanker, gen fusi yang timbul dari penataan ulang kromosom, biomarker prediktif yang menandai target terapeutik, dan tanda tangan genom-luas seperti beban mutasi tumor dan instabilitas mikrosatelit. Ini adalah tinjauan referensi konsep dan bukti dalam patologi onkologi molekuler, bukan protokol untuk pengujian atau pengobatan pasien individu mana pun.
Sub-topics
Core questions
- Perubahan somatik apa yang mendefinisikan tumor tertentu, dan mana di antaranya yang kemungkinan mendorong pertumbuhannya?
- Bagaimana tumor yang terlihat serupa secara histologis dapat dipisahkan menjadi subkelompok molekuler yang berbeda?
- Fitur molekuler mana yang memprediksi respons atau resistensi terhadap terapi spesifik?
- Bagaimana varian sekuens diinterpretasikan dan dilaporkan sehingga temuan dapat direproduksi di berbagai laboratorium?
Key concepts
- Perubahan somatik versus germinal
- Mutasi pendorong versus penumpang
- Panel sekuensing multigen
- Profil genomik komprehensif
- Jalur sinyal onkogenik
- Biomarker prediktif versus prognostik
- Interpretasi varian dan pelaporan berjenjang
- Subtipe dan stratifikasi molekuler
Mechanisms
Kanker mengakumulasi perubahan somatik di seluruh genom, dan hanya sebagian kecil dari perubahan ini – yaitu pendorong – yang memberikan keuntungan pertumbuhan selektif yang mendefinisikan tumor. Teknologi profil, terutama sekuensing paralel masif (generasi berikutnya), mendeteksi mutasi titik, insersi dan delesi, perubahan jumlah salinan, dan penataan ulang struktural di banyak gen secara bersamaan, dan semakin banyak di seluruh ekson atau genom. Analisis kohort besar seperti The Cancer Genome Atlas telah menunjukkan bahwa perubahan ini menyatu pada serangkaian jalur sinyal onkogenik yang terbatas, yang memberikan dasar konseptual untuk mengelompokkan berbagai tumor berdasarkan biologi yang sama daripada hanya berdasarkan lokasi asal. Varian yang terdeteksi kemudian diinterpretasikan terhadap bukti yang dikurasi dan dilaporkan dalam tingkatan yang mencerminkan signifikansi klinis dan biologisnya.
Clinical relevance
Profil molekuler mendasari praktik modern dalam mendeskripsikan kanker dalam istilah molekuler dan menopang sebagian besar onkologi presisi, di mana subkelompok yang didefinisikan oleh perubahan spesifik dipelajari dalam kaitannya dengan terapi target. Sebagai area referensi, ini menjelaskan bagaimana bukti molekuler tentang tumor dihasilkan, divalidasi, dan diklasifikasikan; ini mengkarakterisasi biologi dan struktur bukti dan bukan merupakan sumber rekomendasi diagnostik atau pengobatan untuk individu.
Epidemiology
Sekuensing komprehensif dari seri tumor besar telah memetakan prevalensi perubahan pendorong di berbagai jenis kanker, menunjukkan bahwa sebagian besar tumor padat dewasa membawa sejumlah kecil peristiwa pendorong dengan latar belakang mutasi penumpang yang lebih besar, dan bahwa jalur yang sama berulang di banyak jenis tumor dengan frekuensi yang berbeda. Analisis kohort ini memberikan gambaran tingkat populasi di mana profil tumor individu diinterpretasikan.
History
Karakterisasi tumor bergerak dari morfologi dan imunohistokimia menuju definisi molekuler selama akhir abad kedua puluh dan awal abad kedua puluh satu, ketika identifikasi onkogen individu dan gen penekan tumor mengarah pada studi skala genom. Munculnya sekuensing paralel masif memungkinkan untuk membuat profil banyak gen sekaligus dalam spesimen rutin, dan upaya konsorsium besar mengkatalogkan perubahan berulang dan jalur kanker manusia. Badan profesional kemudian mengeluarkan standar untuk menginterpretasikan dan melaporkan varian somatik, mengkonsolidasikan profil molekuler sebagai area yang terdefinisi dalam patologi diagnostik.
Key figures
- Bert Vogelstein
- Kenneth Kinzler
- Victor Velculescu
Related topics
Seminal works
- vogelstein-2013
- sanchezvega-2018
- frampton-2013
Frequently asked questions
- Bagaimana stratifikasi molekuler berbeda dari klasifikasi tumor tradisional?
- Klasifikasi tradisional mengelompokkan tumor terutama berdasarkan jaringan asal dan penampilan mikroskopis, sedangkan stratifikasi molekuler mengelompokkannya berdasarkan perubahan genetik dan molekuler yang mereka bawa, sehingga tumor yang terlihat serupa di bawah mikroskop dapat termasuk dalam subkelompok molekuler yang berbeda, dan tumor dari organ yang berbeda dapat memiliki kesamaan.
- Apa perbedaan antara mutasi pendorong dan mutasi penumpang?
- Mutasi pendorong memberikan keuntungan pertumbuhan selektif dan berkontribusi pada perkembangan kanker, sementara mutasi penumpang diperoleh sepanjang jalan tetapi tidak secara langsung mendorong pertumbuhan tumor; membedakan keduanya adalah tujuan utama dari profil molekuler.