Nomenklatur Alelik dan Haplotiping

Farmakogen tidak hanya dijelaskan oleh varian tunggal, tetapi oleh haplotip bernama – kombinasi varian yang diwariskan bersama – menggunakan sistem alel-bintang di mana alel referensi adalah *1 dan setiap haplotip varian yang terdefinisi menerima nomornya sendiri. Konvensi penamaan bersama ini memungkinkan laboratorium, basis data, dan pedoman untuk merujuk pada alel yang sama secara tidak ambigu. Topik ini membahas bagaimana haplotip farmakogen didefinisikan, dinamai, dan disusun menjadi diplotip.

Definition

Nomenklatur alelik untuk farmakogen adalah penamaan standar haplotip – serangkaian varian sekuens yang diwariskan bersama pada kromosom yang sama – biasanya menggunakan nama gen diikuti oleh tanda bintang dan angka (alel bintang); haplotiping adalah proses penentuan haplotip mana yang dibawa oleh individu.

Scope

Topik ini mencakup nomenklatur alel-bintang (asterisk), konsep haplotip sebagai serangkaian varian yang diwariskan bersama, proses haplotiping dan penentuan diplotip dari data genotipe, serta peran sumber daya nomenklatur yang dikurasi dalam menjaga konsistensi definisi alel. Ini adalah materi referensi tentang konvensi penamaan dan tidak memberikan panduan spesifik obat.

Core questions

• Apa itu haplotip, dan bagaimana perbedaannya dengan varian tunggal?
• Bagaimana sistem alel-bintang menamai haplotip farmakogen?
• Bagaimana diplotip seseorang ditentukan dari data genotipe?
• Mengapa nomenklatur bersama yang dikurasi diperlukan di seluruh laboratorium dan basis data?

Key concepts

• Haplotip (serangkaian varian yang diwariskan bersama)
• Nomenklatur alel bintang (asterisk)
• Alel referensi (*1) dan alel varian yang terdefinisi
• Diplotip (pasangan haplotip)
• Fasing haplotip dan penentuan diplotip
• Sumber daya definisi alel yang dikurasi

Mechanisms

Haplotip farmakogen didefinisikan oleh satu atau lebih varian sekuens yang bergerak bersama pada kromosom; setiap haplotip yang berbeda dan dikenali diberi label alel-bintang, dengan *1 secara konvensional menunjukkan alel referensi (fungsi normal). Menentukan diplotip individu berarti mengidentifikasi dua haplotip yang mereka bawa, yang memerlukan penyelesaian varian mana yang terletak pada kromosom yang sama (fasing) – mudah ketika varian secara unik mendefinisikan alel, tetapi lebih kompleks ketika beberapa varian harus dipertimbangkan bersama. Basis data yang dikurasi mempertahankan definisi, sehingga alel bintang yang sama berarti serangkaian varian yang sama di mana pun ia digunakan, dan setiap alel dapat dihubungkan dengan fungsi yang ditetapkan.

Clinical relevance

Nomenklatur alel yang konsisten adalah fondasi yang memungkinkan prediksi fenotipe metabolisme dan pedoman gen-obat diterapkan secara reproduktif, karena penentuan fenotipe bergantung pada identifikasi haplotip yang ada dengan benar. Sebagai konten referensi, topik ini menjelaskan sistem penamaan dan haplotiping; ini tidak memberikan instruksi peresepan, yang merupakan bagian dari pedoman klinis yang divalidasi yang diterapkan oleh klinisi yang berkualifikasi.

Epidemiology

Kumpulan haplotip yang terlihat dan frekuensinya berbeda di antara populasi leluhur, dan beberapa alel bintang umum di satu populasi sementara jarang di populasi lain; sumber daya nomenklatur komprehensif bertujuan untuk menangkap keragaman ini sehingga haplotiping akurat di seluruh kelompok.

History

Penamaan alel-bintang berasal dari enzim sitokrom P450 dan dipertahankan selama bertahun-tahun melalui halaman nomenklatur alel khusus. Pada tahun 2018, pengelolaan nomenklatur alel CYP manusia dipindahkan ke Konsorsium Variasi Farmakogen (PharmVar), yang sekarang berfungsi sebagai repositori pusat, versi, definisi haplotip farmakogen, bekerja bersama sumber daya pengetahuan seperti PharmGKB.

Key figures

• Andrea Gaedigk
• Magnus Ingelman-Sundberg
• Teri Klein
• Michelle Whirl-Carrillo

Seminal works

• gaedigk-2017
• whirl-carrillo-2012

Frequently asked questions

Apa arti alel bintang seperti CYP2C19*2?

Ini adalah haplotip bernama: kombinasi varian sekuens yang terdefinisi dalam gen CYP2C19 yang telah dikatalogkan dan diberi nomor serta fungsi, memungkinkan laboratorium dan pedoman untuk merujuknya secara konsisten.

Mengapa haplotiping membutuhkan lebih dari sekadar membaca varian individu?

Karena alel didefinisikan oleh varian mana yang diwariskan bersama pada kromosom yang sama, penentuan haplotip mungkin memerlukan fasing – mencari tahu kombinasi yang ada – daripada hanya membuat daftar setiap varian secara terpisah.