Interpretasi dan Pelaporan Hasil

Interpretasi dan pelaporan adalah langkah yang mengubah data genetik mentah menjadi pernyataan yang dapat digunakan secara klinis. Alel yang terdeteksi diberi nama, digabungkan menjadi diplotipe, dan diterjemahkan menjadi fenotipe yang diprediksi seperti kategori metabolisme; fenotipe tersebut kemudian dikomunikasikan dalam laporan menggunakan istilah standar. Karena inkonsistensi dalam perumusan pernah membuat laporan farmakogenomik sulit dibandingkan dan ditindaklanjuti, terminologi konsensus dan aturan penerjemahan menjadi inti dari topik ini.

Definition

Interpretasi dan pelaporan hasil farmakogenomik adalah proses mengubah alel yang terdeteksi menjadi diplotipe dan fenotipe respons obat yang diprediksi, kemudian mengomunikasikan fenotipe tersebut dalam laporan klinis menggunakan terminologi standar berbasis konsensus.

Scope

Entri ini mencakup penerjemahan genotipe-ke-fenotipe, kategori fenotipe standar yang digunakan untuk menggambarkan respons obat, terminologi konsensus untuk hasil farmakogenetik klinis, dan mengapa standardisasi penting untuk kejelasan di seluruh laboratorium dan sistem pendukung keputusan. Entri ini menggunakan penerjemahan CYP2D6 sebagai kasus ilustratif dari kompleksitas yang terlibat. Ini adalah deskripsi referensi praktik interpretasi dan pelaporan, bukan panduan untuk menindaklanjuti hasil tertentu.

Core questions

• Bagaimana genotipe diterjemahkan menjadi fenotipe yang diprediksi?
• Istilah standar apa yang menggambarkan fenotipe respons obat, dan mengapa disepakati?
• Mengapa terminologi yang konsisten penting di seluruh laboratorium dan sistem?
• Apa yang membuat penerjemahan untuk gen seperti CYP2D6 sangat kompleks?

Key concepts

• Perakitan diplotipe
• Penerjemahan genotipe-ke-fenotipe
• Kategori fenotipe metabolisme
• Terminologi hasil standar
• Skor aktivitas untuk gen kompleks
• Kejelasan dan komparabilitas laporan

Mechanisms

Setelah laboratorium mendeteksi varian, alel diberi nama menggunakan nomenklatur alel bintang dan digabungkan menjadi diplotipe (Gaedigk et al., 2017). Diplotipe dipetakan ke fenotipe yang diprediksi, sering kali dinyatakan sebagai kategori metabolisme, menggunakan aturan penerjemahan konsensus; untuk gen kompleks seperti CYP2D6, pendekatan skor aktivitas menjumlahkan kontribusi fungsional setiap alel sebelum menetapkan fenotipe (Caudle et al., 2019). Fenotipe yang diprediksi kemudian dilaporkan menggunakan istilah standar yang disepakati oleh konsorsium sehingga genotipe yang sama menghasilkan bahasa deskriptif yang sama terlepas dari laboratorium (Caudle et al., 2017). Terminologi standar dan aturan penerjemahan memungkinkan sistem pendukung keputusan hilir untuk menginterpretasikan laporan secara konsisten dan mengurangi ambiguitas bagi dokter (Roden, 2019).

Clinical relevance

Interpretasi yang jelas dan terstandardisasi memungkinkan pembaca memahami apa yang ditegaskan oleh laporan farmakogenomik tentang respons obat yang diprediksi dan seberapa yakin. Memahami bagaimana genotipe menjadi fenotipe yang dilaporkan adalah bagian dari menilai laporan tersebut. Entri ini menjelaskan proses pelaporan dan terminologi; entri ini tidak menginterpretasikan hasil individu apa pun atau menerjemahkan fenotipe menjadi keputusan peresepan atau dosis.

Evidence & guidelines

Terminologi konsensus untuk hasil tes farmakogenetik klinis ditetapkan oleh Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium untuk menyelaraskan cara fenotipe dilaporkan (Caudle et al., 2017), dan rekomendasi bersama CPIC dan Dutch Pharmacogenetics Working Group menstandardisasi penerjemahan genotipe-ke-fenotipe untuk CYP2D6 (Caudle et al., 2019). Definisi alel yang mendasari penerjemahan ini dikurasi oleh Pharmacogene Variation Consortium (Gaedigk et al., 2017). Ini adalah kerangka kerja standardisasi, bukan saran klinis individual.

History

Laporan farmakogenomik awal sangat bervariasi dalam cara mereka menggambarkan fenotipe, yang menghambat perbandingan dan dukungan keputusan. Untuk mengatasi hal ini, Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium menerbitkan istilah konsensus untuk hasil tes farmakogenetik klinis pada tahun 2017 (Caudle et al., 2017), dan upaya bersama dengan Dutch Pharmacogenetics Working Group kemudian menstandardisasi penerjemahan untuk gen CYP2D6 yang sulit (Caudle et al., 2019). Upaya-upaya ini, yang dibangun di atas nomenklatur alel yang dikurasi konsorsium (Gaedigk et al., 2017), membuat pelaporan lebih seragam di seluruh bidang.

Debates

Standardisasi kategori fenotipe untuk gen kompleks

Menetapkan satu fenotipe untuk gen yang sangat bervariasi seperti CYP2D6 sulit, dan konsensus tentang ambang skor aktivitas dan batas fenotipe memerlukan harmonisasi eksplisit antara kerangka kerja utama.

Key figures

• Kelly E. Caudle
• Andrea Gaedigk
• Michelle Whirl-Carrillo
• James M. Hoffman

Seminal works

• caudle-2017
• caudle-2019
• gaedigk-2017

Frequently asked questions

Apa itu fenotipe metabolisme?

Ini adalah kategori yang diprediksi yang menggambarkan bagaimana seseorang diharapkan memproses obat-obatan tertentu berdasarkan genotipe mereka, seperti metabolisme lambat, sedang, normal, atau sangat cepat; ini adalah prediksi yang berasal dari hasil genetik, bukan pengukuran langsung kadar obat.

Mengapa terminologi standar penting?

Istilah yang konsisten memastikan bahwa genotipe yang sama dijelaskan dengan cara yang sama di seluruh laboratorium dan sistem pendukung keputusan, mengurangi ambiguitas dan membuat laporan lebih mudah dibandingkan dan ditindaklanjuti dengan tepat.