Taxonomie et identification des champignons
La taxonomie et l'identification des champignons est la branche de la mycologie qui s'intéresse à la manière dont les champignons sont classés au sein d'une hiérarchie évolutive cohérente et à la façon dont les isolats individuels sont reconnus et nommés. Elle couvre la division de haut niveau du règne fongique en phylums tels que les Ascomycota et les Basidiomycota, les caractéristiques morphologiques et moléculaires utilisées pour distinguer les taxons, ainsi que les processus pratiques par lesquels un champignon clinique ou environnemental est identifié.
Definition
La taxonomie fongique est la classification systématique et la dénomination des champignons au sein d'un cadre évolutif, tandis que l'identification fongique est le processus d'attribution d'un isolat inconnu à un taxon connu à l'aide de caractères morphologiques, biochimiques et moléculaires.
Scope
Ce domaine oriente le lecteur vers la classification moderne du règne des Fungi et vers les méthodes utilisées pour identifier les champignons au niveau du genre et de l'espèce. Il introduit trois sujets : les deux plus grandes divisions (Ascomycota et Basidiomycota), les champignons zygomycètes et d'autres divisions, ainsi que les méthodes d'identification morphologique et moléculaire qui sous-tendent à la fois la taxonomie et la mycologie diagnostique. Il s'agit d'un aperçu de référence, et non d'un protocole de diagnostic ou de traitement.
Sub-topics
Core questions
- Comment le règne des Fungi est-il divisé en phylums et comment la phylogénétique moléculaire a-t-elle remodelé cette division ?
- Quelles structures morphologiques et reproductives distinguent les principaux groupes fongiques ?
- Comment les champignons cliniques et environnementaux sont-ils identifiés, et où la morphologie, le séquençage et la spectrométrie de masse s'appliquent-ils respectivement ?
- Pourquoi d'anciens regroupements tels que les 'zygomycètes' et le groupe de forme 'Fungi imperfecti' ont-ils été révisés ?
Key concepts
- Règne des Fungi et ses phylums
- Ascomycota et Basidiomycota
- Champignons zygomycètes (Mucoromycota et lignées apparentées)
- Identification morphologique (hyphes, spores, structures de fructification)
- Code-barres ADN et la région ITS
- Phylogénétique moléculaire
- Téléomorphe, anamorpha, et le passage à un champignon, un nom
- Identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF
Mechanisms
La classification repose sur des relations évolutives inférées : l'ascendance commune est reconstruite à partir de caractères morphologiques (par exemple, le type de corps fructifère sexué) et, de plus en plus, à partir de données de séquences d'ADN, de sorte que les groupes nommés correspondent à des lignées monophylétiques lorsque cela est possible. Hibbett et ses collègues (2007) ont synthétisé les preuves moléculaires et morphologiques pour établir une classification de haut niveau du règne, et la région de l'espaceur transcrit interne (ITS) a été adoptée comme code-barres ADN universel pour les champignons (Schoch et al., 2012), donnant à l'identification une monnaie commune basée sur le séquençage qui complète la microscopie et la culture traditionnelles.
Clinical relevance
Une identification précise est à la base de la mycologie diagnostique car le genre et l'espèce d'un champignon renseignent sur son comportement attendu et sa manipulation en laboratoire, et l'histopathologie demeure un outil essentiel pour reconnaître les éléments fongiques dans les tissus (Guarner & Brandt, 2011). Ce domaine décrit comment les champignons sont nommés et reconnus et comment cette connaissance soutient le diagnostic en laboratoire ; il ne s'agit pas d'une source d'instructions diagnostiques ou thérapeutiques individuelles.
Evidence & guidelines
Le cadre de référence pour ce domaine est la classification moléculaire-phylogénétique du règne des Fungi consolidée par Hibbett et al. (2007) et la synthèse Deep Hypha (Blackwell et al., 2006), ainsi que la norme de code-barres ITS (Schoch et al., 2012). L'identification diagnostique s'appuie en outre sur des revues histopathologiques et de laboratoire telles que Guarner et Brandt (2011).
History
La classification fongique précoce était basée sur les structures reproductives visibles, divisant les champignons selon leur mode de production de spores sexuées et regroupant les formes asexuées séparément sous le nom de Fungi imperfecti. À partir de la fin du XXe siècle, le séquençage de l'ADN a permis de tester directement les relations évolutives ; l'initiative Deep Hypha (Blackwell et al., 2006) et la classification de haut niveau de Hibbett et al. (2007) ont réorganisé le règne selon des lignes phylogénétiques, et le code-barres ITS (Schoch et al., 2012) a standardisé l'identification moléculaire.
Key figures
- David Hibbett
- Meredith Blackwell
- John W. Taylor
- Conrad Schoch
Related topics
Seminal works
- hibbett-2007
- schoch-2012
- blackwell-2006
Frequently asked questions
- Quelles sont les principales divisions du règne fongique ?
- Les deux plus grandes sont les Ascomycota (champignons à asques) et les Basidiomycota (champignons à basides) ; des lignées supplémentaires incluent les champignons zygomycètes désormais placés dans les Mucoromycota et les phylums apparentés, ainsi que des groupes à divergence précoce tels que les Chytridiomycota.
- Comment les champignons sont-ils identifiés en laboratoire ?
- L'identification combine la morphologie au microscope, les caractéristiques de culture et les méthodes moléculaires telles que le séquençage ITS, la spectrométrie de masse étant de plus en plus utilisée pour une identification rapide ; la combinaison appropriée dépend de l'organisme et du contexte.