Analyse phylogénétique unicellulaire — Reconstruction d'arbres de lignage à la résolution unicellulaire
L'analyse phylogénétique unicellulaire reconstruit des arbres évolutifs ou développementaux à partir de données de séquençage unicellulaire, retraçant comment des cellules individuelles ont divergé d'un ancêtre commun. En exploitant les mutations somatiques, les codes-barres introduits par CRISPR ou les changements de nombre de copies comme caractères héritables, cette méthode cartographie les relations clonales au sein des tumeurs, des tissus en développement ou des répertoires immunitaires avec une résolution cellulaire sans précédent.
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Sources
- Jones, M. G., Khodaverdian, A., Quinn, J. J., Chan, M. M., Hussmann, J. A., Wang, R., Xu, C., Weissman, J. S., & Yosef, N. (2020). Inference of single-cell phylogenies from lineage tracing data using Cassiopeia. Genome Biology, 21(1), 92. DOI: 10.1186/s13059-020-02000-8 ↗
- Trapnell, C., Cacchiarelli, D., Grimsby, J., Pokharel, P., Li, S., Morse, M., Lennon, N. J., Livak, K. J., Mikkelsen, T. S., & Rinn, J. L. (2014). The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nature Biotechnology, 32(4), 381-386. DOI: 10.1038/nbt.2859 ↗
Comment citer cette page
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Phylogenetic and Lineage Tree Reconstruction. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/single-cell-phylogenetic-analysis
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- Analyse des variations du nombre de copiesBio-informatique↔ comparer
- Analyse phylogénétiqueBio-informatique↔ comparer
- Analyse de l'ARN-seq unicellulaireBio-informatique↔ comparer
- Appel de variantsBio-informatique↔ comparer
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