Analyse phylogénétique bayésienne — Inférence de phylogénies par chaînes de Markov Monte Carlo (MCMC)

L'analyse phylogénétique bayésienne utilise le théorème de Bayes et l'échantillonnage par chaînes de Markov Monte Carlo (MCMC) pour estimer la distribution de probabilité a posteriori sur les arbres phylogénétiques et les paramètres du modèle, étant donné des données de séquences observées. Contrairement aux méthodes de vraisemblance maximale bootstrapées qui renvoient un seul arbre optimal, l'inférence bayésienne produit un ensemble d'arbres crédibles avec des probabilités a posteriori associées, fournissant une mesure principielle de l'incertitude phylogénétique. C'est le cadre dominant pour estimer les temps de divergence et les relations ancestrales en évolution moléculaire.