Diagnostic moléculaire des infections fongiques et parasitaires

Le diagnostic moléculaire des infections fongiques et parasitaires utilise des méthodes basées sur les acides nucléiques pour détecter et identifier les champignons et les parasites qui sont souvent à croissance lente, difficiles à cultiver ou ardus à reconnaître par microscopie. Les marqueurs de séquence et les tests d'amplification étendent la portée diagnostique là où les méthodes conventionnelles sont limitées.

Definition

Le diagnostic moléculaire des infections fongiques et parasitaires est l'utilisation de méthodes moléculaires — amplification, hybridation et séquençage de régions marqueurs — pour détecter et identifier les champignons et les parasites dans des échantillons cliniques ou des isolats.

Scope

Ce sujet aborde le code-barres ADN des champignons (notamment la région de l'espaceur transcrit interne), la détection par PCR des agents pathogènes fongiques et parasitaires, ainsi que les forces et les limites de ces méthodes par rapport à la culture et à la microscopie. Il est présenté comme un sujet de laboratoire et de référence, sans fournir de conseils de traitement ou de posologie.

Core questions

• Quel organisme fongique ou parasitaire est présent, et quelle région marqueur l'identifie le mieux ?
• Comment les méthodes moléculaires se comparent-elles à la microscopie et à la culture en termes de sensibilité et de spécificité ?
• Quand les tests moléculaires indépendants de la culture apportent-ils une valeur diagnostique ajoutée ?

Key concepts

• Région ITS comme marqueur code-barres fongique
• Détection d'agents pathogènes basée sur la PCR
• Sondes ADN
• Panneaux moléculaires multiplex
• Diagnostic indépendant de la culture
• Sélection de marqueurs et bases de données de référence

Mechanisms

Pour les champignons, la région de l'espaceur transcrit interne (ITS) de l'ADN ribosomal nucléaire sert de code-barres universel largement adopté qui, une fois séquencé et comparé à des bases de données de référence, identifie la plupart des champignons au niveau du genre ou de l'espèce (Schoch et al., 2012). Les tests basés sur la PCR amplifient des cibles spécifiques à l'organisme pour détecter les champignons directement dans le matériel clinique, ce qui peut être précieux pour les maladies invasives où la culture est lente ou peu sensible, bien que leur préparation clinique varie selon le contexte (Nguyen & Clancy, 2018). Pour les parasites, les sondes ADN et la PCR ont été établies tôt comme des alternatives plus sensibles à certaines méthodes conventionnelles (Weiss, 1995), et les tests basés sur la PCR et les tests multiplex sont désormais appliqués pour détecter et différencier les parasites intestinaux et autres en laboratoire clinique (Verweij & Stensvold, 2014).

Clinical relevance

Les diagnostics moléculaires fongiques et parasitaires décrivent comment les laboratoires détectent et identifient les organismes que la culture et la microscopie pourraient manquer, éclairant ainsi les rapports diagnostiques et la surveillance. Ce sujet explique comment ces preuves sont générées et ne constitue pas une base pour des décisions diagnostiques ou thérapeutiques individuelles.

Epidemiology

La détection moléculaire a amélioré la reconnaissance et la différenciation des infections fongiques et parasitaires, en particulier pour les organismes difficiles à cultiver ou à distinguer morphologiquement, favorisant une évaluation plus précise de leur occurrence au niveau de la population (Verweij & Stensvold, 2014 ; Weiss, 1995).

Evidence & guidelines

L'identification fongique basée sur des marqueurs repose sur des travaux de consortium établissant la région ITS comme code-barres universel (Schoch et al., 2012), tandis que des revues résument les performances cliniques et les limites des tests PCR fongiques et parasitaires (Nguyen & Clancy, 2018 ; Verweij & Stensvold, 2014). Les normes spécifiques aux tests sont établies par les organismes professionnels et les fabricants et ne sont pas reproduites ici.

History

Les méthodes moléculaires ont fait leur entrée en mycologie et en parasitologie lorsque la PCR et la détection basée sur des sondes ont démontré une sensibilité supérieure à certaines techniques traditionnelles (Weiss, 1995). L'adoption formelle de la région ITS comme code-barres fongique universel a standardisé l'identification moléculaire des champignons (Schoch et al., 2012), et les tests de parasitologie basés sur la PCR ont progressivement intégré les laboratoires cliniques de routine (Verweij & Stensvold, 2014).

Debates

Les tests moléculaires fongiques sont-ils prêts à remplacer le diagnostic conventionnel ?

Les tests fongiques basés sur la PCR peuvent apporter une sensibilité et une rapidité accrues pour les maladies invasives, mais la variabilité de la standardisation et de la validation clinique signifie qu'ils sont souvent utilisés en complément plutôt qu'en remplacement de la culture et des tests antigéniques.

Seminal works

• schoch-2012
• weiss-1995
• verweij-2014

Frequently asked questions

Pourquoi la région ITS est-elle utilisée pour identifier les champignons ?

La région de l'espaceur transcrit interne combine une conservation suffisante pour être amplifiée chez les champignons avec une variabilité suffisante pour distinguer de nombreuses espèces, ce qui a conduit à son adoption comme code-barres ADN fongique universel.

Les méthodes moléculaires remplacent-elles la microscopie et la culture pour les parasites ?

Les méthodes moléculaires ajoutent souvent de la sensibilité et la capacité de différencier les espèces, mais elles sont généralement utilisées en complément de la microscopie et d'autres méthodes plutôt que comme un remplacement complet, selon l'organisme et le contexte clinique.