Zygomycètes et autres divisions fongiques

Les zygomycètes constituent un regroupement historique de champignons à croissance rapide, majoritairement filamenteux, traditionnellement définis par la formation d'une spore sexuelle à paroi épaisse appelée zygospore. La phylogénétique moléculaire a montré que l'ancien embranchement « Zygomycota » ne constitue pas une lignée naturelle unique, et ses membres ont été réaffectés à l'embranchement des Mucoromycota et à plusieurs embranchements apparentés, aux côtés d'autres divisions précocement divergentes du règne fongique.

Definition

Les zygomycètes sont des champignons filamenteux cœnocytiques (largement non septés) historiquement regroupés par leur production de zygospores ; ce regroupement est maintenant reconnu comme non monophylétique, ses membres étant distribués principalement parmi les Mucoromycota et les embranchements précocement divergents apparentés, plutôt qu'au sein d'un seul embranchement Zygomycota.

Scope

Ce sujet couvre les champignons zygomycètes et les autres divisions non-Dikarya du règne des Fungi. Il explique la zygospore comme la caractéristique définissante historique, les raisons pour lesquelles le groupe a été démantelé par la phylogénétique à l'échelle du génome, et la position des lignées précocement divergentes apparentées. L'ordre des Mucorales, cliniquement notable, est traité comme l'ancrage MeSH principal. Cette entrée est un aperçu de référence et ne fournit aucune orientation diagnostique ou thérapeutique.

Core questions

• Qu'est-ce qu'une zygospore et pourquoi a-t-elle défini les zygomycètes historiques ?
• Pourquoi l'embranchement « Zygomycota » a-t-il été abandonné en tant que groupe naturel ?
• Comment les anciens zygomycètes sont-ils distribués aujourd'hui parmi les Mucoromycota et les embranchements apparentés ?
• En quoi les divisions fongiques précocement divergentes diffèrent-elles des Dikarya ?

Key concepts

• Zygospore
• Hyphes cœnocytiques (largement aseptées)
• Sporanges et sporangiospores
• Ordre des Mucorales
• Embranchement des Mucoromycota
• Non-monophylie des « Zygomycota »
• Lignées fongiques précocement divergentes (basales)
• Hyphes larges, en forme de ruban et non septées dans les tissus

Mechanisms

Les zygomycètes classiques forment une zygospore lorsque deux hyphes compatibles fusionnent, et ils se reproduisent généralement de manière asexuée par des sporangiospores produites à l'intérieur d'un sporange ; leurs hyphes sont larges et largement dépourvues de cloisons (cœnocytiques). L'analyse phylogénétique à l'échelle du génome a montré que les taxons partageant ces caractéristiques ne forment pas un clade unique, ce qui a conduit à leur reclassification dans l'embranchement des Mucoromycota et plusieurs embranchements apparentés plutôt que dans un seul embranchement Zygomycota (Spatafora et al., 2016), affinant le schéma de classification de niveau supérieur antérieur de Hibbett et al. (2007). Les hyphes larges et peu septées de ces champignons leur confèrent une apparence distinctive dans les coupes tissulaires (Guarner & Brandt, 2011).

Clinical relevance

Les membres de l'ordre des Mucorales sont les agents de la mucormycose, une infection invasive dont la biologie aide à expliquer pourquoi elle est reconnue comme difficile à gérer (Katragkou et al., 2014). Les hyphes caractéristiques, larges, en forme de ruban et peu septées, facilitent sa reconnaissance en histopathologie (Guarner & Brandt, 2011). Cette entrée décrit la classification et la morphologie qui rendent ces champignons identifiables et n'est pas une source de recommandations diagnostiques ou thérapeutiques individuelles.

Evidence & guidelines

La classification actuelle des anciens zygomycètes suit la révision à l'échelle du génome au niveau de l'embranchement de Spatafora et al. (2016), par rapport au schéma antérieur à l'échelle du règne de Hibbett et al. (2007). Le contexte clinique et histopathologique des Mucorales est tiré de Guarner et Brandt (2011) et Katragkou et al. (2014).

History

Pendant une grande partie du XXe siècle, l'embranchement Zygomycota unissait les champignons qui produisaient des zygospores, avec les Mucorales comme son ordre le plus connu. À mesure que les phylogénies basées sur l'ADN s'accumulaient, le groupe s'est avéré être un assemblage artificiel de plusieurs lignées distinctes ; la classification de niveau supérieur de Hibbett et al. (2007) avait déjà signalé cette instabilité, et l'analyse à l'échelle du génome de Spatafora et al. (2016) a formellement remplacé « Zygomycota » par Mucoromycota et les embranchements apparentés.

Debates

L'embranchement « Zygomycota » est-il valide ?

La phylogénétique à l'échelle du génome indique que les champignons formant des zygospores ne partagent pas un ancêtre commun unique à l'exclusion des autres, de sorte que l'embranchement a été dissous et ses membres réaffectés aux Mucoromycota et aux embranchements apparentés ; l'ancien nom persiste de manière informelle.

Key figures

• Joseph W. Spatafora
• Gerald L. Benny
• David Hibbett
• Jason E. Stajich

Seminal works

• spatafora-2016
• hibbett-2007

Frequently asked questions

L'embranchement « Zygomycota » est-il toujours un embranchement reconnu ?

Non. Des études à l'échelle du génome ont montré qu'il ne s'agissait pas d'une lignée naturelle unique, et ses membres ont été réaffectés principalement à l'embranchement des Mucoromycota et à plusieurs embranchements précocement divergents apparentés, bien que le terme zygomycètes reste utilisé de manière informelle.

Qu'est-ce qui distingue les hyphes des zygomycètes ?

Elles sont généralement larges et cœnocytiques, ce qui signifie qu'elles ont peu ou pas de cloisons (septum), ce qui leur confère une apparence caractéristique large et en forme de ruban par rapport aux hyphes régulièrement septées des Dikarya.