یافتههای ثانویه و اتفاقی
یافتههای ثانویه و اتفاقی، نتایج ژنتیکی هستند که خارج از دلیل اصلی آزمایش قرار میگیرند. یافتههای اتفاقی به طور غیرمنتظرهای کشف میشوند، در حالی که یافتههای ثانویه به طور فعال در مجموعهای تعریفشده از ژنها، صرفنظر از دلیل اصلی آزمایش، جستجو میشوند. هر دو این سؤال را مطرح میکنند که وقتی توالییابی گسترده به ناچار اطلاعات بیشتری از آنچه درخواست شده بود را آشکار میکند، چه نتایجی را باید جستجو کرد و گزارش داد.
Definition
یافتههای ثانویه نتایجی در مجموعهای از پیش تعریفشده از ژنها هستند که به طور عمدی و مستقل از دلیل آزمایش، تحلیل و گزارش میشوند، در حالی که یافتههای اتفاقی نتایج بالینی مرتبطی هستند که به طور غیرمنتظره در طول تحلیلی با هدف پاسخ به سؤالی دیگر، کشف میشوند.
Scope
این موضوع، یافتههای اتفاقی را از یافتههای ثانویه متمایز میکند، منطق حفظ یک فهرست تعریفشده و بهروزرسانیشده دورهای از ژنهایی را که برای تحلیل ثانویه عمدی در نظر گرفته میشوند، توضیح میدهد و معیارهایی مانند قابلیت اقدامپذیری را که برای تصمیمگیری در مورد اینکه کدام ژنها در چنین فهرستی قرار میگیرند، تشریح میکند. این موضوع به ساختار تفسیری و سیاستی پیرامون نتایج ناخواسته میپردازد، نه تصمیمات بالینی فردی در مورد گزارش آنها.
Core questions
- یافتههای ثانویه چه تفاوتی با یافتههای اتفاقی دارند؟
- چرا باید فهرستی تعریفشده از ژنها برای تحلیل ثانویه عمدی حفظ کرد؟
- چه معیارهایی، مانند قابلیت اقدامپذیری، تعیین میکنند که کدام ژنها گنجانده شوند؟
- چگونه فهرست با تکامل شواهد تغییر میکند؟
Key concepts
- یافتههای اتفاقی در مقابل یافتههای ثانویه
- فهرست تعریفشده ژنهای یافتههای ثانویه
- قابلیت اقدامپذیری بالینی
- حق انصراف و انتخاب بیمار
- بازنگری دورهای فهرست
- دامنه گزارشدهی در توالییابی گسترده
Mechanisms
هنگامی که توالییابی اگزوم یا ژنوم برای یک دلیل خاص انجام میشود، دادهها به ناچار حاوی اطلاعاتی در مورد بسیاری از ژنهای دیگر هستند. برای مدیریت سیستماتیک این موضوع، توصیههای حرفهای فهرستی حداقل از ژنها را تعریف کردند که در آنها باید به طور عمدی به دنبال واریانتهای بیماریزا شناختهشده بود و آنها را به عنوان یافتههای ثانویه گزارش کرد. این انتخاب عمدتاً به این دلیل بود که شرایط مرتبط با این ژنها از نظر پزشکی قابل اقدام (medically actionable) در نظر گرفته میشوند (Green et al., 2013). این فهرست ثابت نیست: با تغییر شواهد و اجماع، در نسخههای متوالی بازنگری و گسترش یافته است (Miller et al., 2021; Miller et al., 2023). در مقابل، یافتههای اتفاقی از پیش مشخص نشدهاند، بلکه به طور غیرمنتظره در طول تحلیل اولیه پدیدار میشوند.
Clinical relevance
مدیریت نتایج ناخواسته یک مسئله تفسیری و مشاورهای محوری در آزمایشهای ژنومی گسترده است، از جمله اینکه دامنه گزارشدهی چگونه تعریف میشود و چگونه به انتخاب بیمار احترام گذاشته میشود. این موضوع چارچوب و معیارهای یافتههای ثانویه و اتفاقی را توصیف میکند؛ این یک گزارش مرجع است و دستورالعملی برای اینکه آیا یا چگونه یک یافته خاص را به یک فرد گزارش دهیم، ارائه نمیدهد.
Epidemiology
از آنجا که یافتههای ثانویه در مجموعهای تعریفشده از ژنها جستجو میشوند، نسبت افرادی که دارای یک یافته ثانویه قابل گزارش هستند، به ژنهای گنجاندهشده و جمعیت مورد آزمایش بستگی دارد؛ گسترش فهرست در نسخههای مختلف، بازده مورد انتظار را تغییر میدهد (Miller et al., 2021; Miller et al., 2023).
History
با گسترش توالییابی بالینی اگزوم و ژنوم، مسئله نتایج ناخواسته اجتنابناپذیر شد و یک بیانیه سیاستی در سال ۲۰۱۳ فهرستی حداقل و تعریفشده از ژنها را معرفی کرد که باید برای یافتههای ثانویه قابل گزارش بررسی شوند و بر اساس قابلیت اقدامپذیری (actionability) انتخاب شده بودند (Green et al., 2013). این فهرست از آن زمان تاکنون حفظ شده و به طور دورهای از طریق نسخههای متوالی بهروزرسانی شده است، که نشاندهنده شواهد انباشته و اجماع در حال تغییر در مورد اینکه کدام ژنها مستحق گنجاندن هستند، میباشد (Miller et al., 2021; Miller et al., 2023).
Debates
- کدام ژنها باید در فهرست یافتههای ثانویه باشند و آیا بیماران باید بتوانند از آن انصراف دهند؟
- تصمیمگیری در مورد اینکه کدام ژنها معیار قابلیت اقدامپذیری را برای گزارشدهی عمدی برآورده میکنند و چگونه به ترجیحات بیمار برای انصراف احترام گذاشته شود، از زمان معرفی فهرست مورد بحث بوده و بازنگریهای متوالی آن را شکل داده است.
Key figures
- Robert C. Green
- David T. Miller
- Leslie Biesecker
Related topics
Seminal works
- green-2013
- miller-2021
- miller-2023
Frequently asked questions
- تفاوت بین یافته ثانویه و یافته اتفاقی چیست؟
- یافته ثانویه به طور عمدی در مجموعهای از پیش تعریفشده از ژنها، صرفنظر از دلیل سفارش آزمایش، جستجو میشود، در حالی که یافته اتفاقی به طور غیرمنتظره در حین تحلیل برای سؤال اصلی کشف میشود.
- چرا فهرستی تعریفشده از ژنها برای یافتههای ثانویه وجود دارد؟
- توالییابی گسترده اطلاعات بسیار بیشتری از سؤال اصلی را آشکار میکند، بنابراین یک فهرست تعریفشده، که عمدتاً بر اساس قابلیت اقدامپذیری پزشکی انتخاب شده است، دامنهای ثابت و مبتنی بر شواهد را برای اینکه کدام نتایج اضافی به طور عمدی بررسی و گزارش شوند، فراهم میکند.