基因检测的选择与解读
基因检测的选择与解读是遗传咨询领域的一个方面，涉及决定何时进行基因检测是合适的、如何在现有检测类型中进行选择，以及将实验室结果转化为具有临床意义的陈述。它将促使检测的临床问题与实验室能够提供的分子证据以及通常伴随该证据的不确定性联系起来。
Definition
基因检测的选择与解读是指选择适合临床问题的基因检测，并应用标准化证据框架对所得变异进行分类和报告（包括其确定性和临床意义）的相互关联过程。
Scope
该领域向读者介绍了基因检测的完整路径：证明其合理性的指征、不同检测策略的分析和临床性能、用于将序列变异从良性到致病性分类的标准化框架、不确定意义变异的特殊问题、人群水平和携带者筛查，以及对偶然发现而非主动寻求的结果的管理。它将这些视为方法学和解释性主题，而非个体患者管理的方案。
Sub-topics
Core questions
- 何时需要进行基因检测，它旨在回答什么临床问题？
- 如何针对特定指征选择不同的检测策略（单基因、基因组、外显子组、全基因组）？
- 如何根据现有证据对序列变异的致病性进行分类？
- 如何处理和沟通分类中的不确定性和偶然发现？
Key concepts
- 检测指征和临床效用
- 分析效度与临床效度
- 变异分类（良性到致病性）
- 意义未明的变异
- 携带者和人群筛查
- 次要和偶然发现
- 检测前和检测后咨询
Mechanisms
基因检测始于一个临床问题，该问题决定了哪种策略是合适的，范围从靶向单变异检测到基因组、外显子组和全基因组测序，每种策略都有不同的检测范围和成本（Schwarze et al., 2018）。然后，实验室识别变异并根据标准化证据框架对其进行分类，该框架权衡了群体频率、计算预测、功能数据和分离情况，以将每个变异置于良性到致病性的范围内（Richards et al., 2015）。解读也取决于临床背景：相同的变异可能根据表型、家族史和检测原因而具有不同的意义。药物基因组学检测说明了基因型如何通过已知的基因-药物关系与下游临床后果相关联（Wang et al., 2011）。
Clinical relevance
了解基因检测如何选择和解读对于评估遗传证据和遗传咨询实践至关重要。该领域描述了结果如何产生和分类，以及如何传达其确定性；它是理解检测路径的参考指南，而不是下达检测指令或做出个体诊断或治疗决策的基础。
Epidemiology
随着测序成本的下降，基因和基因组检测的临床应用已大幅扩展，从针对特定疾病的单基因检测扩展到许多适应症的外显子组和全基因组测序；对于更广泛方法的成本效益证据仍然存在异质性（Schwarze et al., 2018）。
History
基因检测从细胞遗传学和生化检测发展到基于DNA的检测，后来又发展到高通量测序方法。随着检测到的变异数量和广度的增加，该领域开发了用于分类变异致病性的共享框架，并在2015年ACMG/AMP共识建议中得到巩固，该建议标准化了实验室权衡证据和报告结果的方式（Richards et al., 2015）。
Debates
- 一线检测的范围应有多广？
- 是选择从靶向检测开始还是从外显子组/全基因组测序开始，涉及诊断率、成本以及不确定或偶然发现的负担之间的权衡，并且成本效益的证据基础仍在发展中。
Key figures
- Sue Richards
- Heidi Rehm
- Sean Tavtigian
Related topics
Seminal works
- richards-2015
- schwarze-2018
Frequently asked questions
- 这个领域涵盖了什么？
- 它涵盖了如何针对临床问题选择基因检测，以及如何根据确定性和临床意义对实验室结果进行分类、报告和理解。
- 更广泛的测序总是优于靶向检测吗？
- 不一定；外显子组或全基因组测序等更广泛的策略会增加范围，但也会增加成本以及出现不确定或偶然发现的可能性，因此合适的选择取决于临床问题。