临床微生物学
临床微生物学是实验室医学领域，涉及检测、识别和表征引起人类感染的微生物——细菌、真菌、病毒、分枝杆菌和寄生虫——并预测这些微生物对抗菌药物的反应。它通过培养、显微镜检查、免疫分析、分子扩增和质谱分析，将患者样本与可操作的实验室信息联系起来。
Definition
临床微生物学是实验室学科，旨在确定患者样本中感染的微生物病因并表征致病微生物——包括其身份和抗菌药物敏感性——以支持诊断和监测。
Scope
该领域涵盖诊断微生物学实验室的工作流程：样本采集和质量、初次分离和显微镜检查、表型和基因型微生物鉴定、药敏和耐药性检测，以及难以或无法培养的病原体的血清学和分子检测。在此，它被组织成细菌鉴定、抗菌药物敏感性检测、真菌鉴定和抗真菌检测、病毒检测和血清学，以及分枝杆菌鉴定和耐药性等主题条目。这些条目将它们视为实验室科学方法，而非临床管理说明。
Sub-topics
Core questions
- 该样本中是否存在微生物（如果有），它是病原体还是污染物？
- 哪种方法——培养、显微镜检查、抗原检测、血清学、核酸扩增或质谱——最能检测和识别它？
- 该微生物对可能用于对抗它的抗菌药物是敏感还是耐药？
- 微生物学检测的分析性能、周转时间和临床解释是如何建立和受限的？
Key concepts
- 样本质量和分析前变量
- 基于培养的分离与非培养检测
- 表型鉴定（生长、生物化学、形态学）
- 基因型和蛋白质组学鉴定（测序、MALDI-TOF质谱）
- 抗菌药物敏感性和耐药性检测
- 血清学（抗体和抗原检测）
- 核酸扩增检测
- 分析灵敏度、特异性和周转时间
- 定植与感染
Mechanisms
诊断微生物学通过一系列分析步骤从样本到结果。显微镜检查和初次培养分离或可视化微生物；表型测试随后读取生长特性和生化反应，而MALDI-TOF质谱的蛋白质组学鉴定则根据参考数据库读取每种微生物的蛋白质质谱，这重塑了常规鉴定工作流程（Clark et al., 2013）。对于生长缓慢或无法培养的微生物，实验室转向基于免疫分析的抗原或抗体检测以及核酸扩增，例如实时PCR，它直接在样本中检测病原体基因组（Espy et al., 2006）。药敏试验随后将分离物暴露于确定的抗菌药物浓度并读取生长抑制情况（Jorgensen & Ferraro, 2009）。在这些方法中，实验室必须区分真实感染与定植或污染，并平衡分析灵敏度、特异性和周转时间（Caliendo et al., 2013）。
Clinical relevance
临床微生物学产生了大量支持传染病识别和监测的证据，其产出——微生物鉴定和药敏谱——为感染的临床推理提供了信息。此处的条目描述了如何产生和解释这些实验室证据；它们是方法和概念的参考，而不是个体诊断或治疗决策的基础，后者取决于完整的临床背景。
Epidemiology
临床微生物学实验室也是人群健康的哨兵：其鉴定和药敏数据为抗菌药物耐药性监测和疫情检测提供信息。更快、更准确的诊断被认为是公共卫生的优先事项，正是因为它们既影响个体护理，也影响新兴耐药性的监测（Caliendo et al., 2013）。
History
诊断微生物学从19世纪后期的培养和染色方法发展成为一个实验室学科，并逐步增加了免疫分析、自动化表型系统、核酸扩增，以及最近的MALDI-TOF质谱和基因组方法。质谱在常规鉴定中的应用（Clark et al., 2013）和分子检测的扩展（Espy et al., 2006; Caliendo et al., 2013）标志着实验室建立微生物诊断方式的最新转变。
Related topics
Seminal works
- clark-2013
- espy-2006
- jorgensen-2009
- caliendo-2013
Frequently asked questions
- 临床微生物学与普通微生物学有何不同？
- 普通微生物学广泛研究微生物；临床微生物学是实验室医学的应用，旨在检测和表征患者样本中引起人类感染的微生物，包括其抗菌药物敏感性。
- 为什么微生物学实验室使用几种不同的方法？
- 没有单一方法可以检测所有病原体。培养、显微镜检查、抗原和抗体检测、核酸扩增和质谱分析各自适用于不同的微生物和问题，因此实验室根据样本和疑似病原体将它们结合使用。