真菌学诊断和实验室方法
真菌学诊断是检测、鉴定和表征引起人类疾病的真菌的实验室学科。它涵盖了培养和显微镜检查等经典方法、免疫学抗原和抗体检测，以及包括PCR和DNA测序在内的分子技术，将它们结合起来以确认或排除真菌感染并确定致病生物。
Definition
真菌学诊断和实验室方法是临床实验室中用于从患者样本中回收、可视化、鉴定和表征具有医学重要性的真菌的技术和程序，包括表型、免疫学和分子方法。
Scope
本领域旨在向读者介绍医学真菌学中使用的主要实验室方法家族：在培养基中培养和分离真菌，在显微镜下检查和染色真菌，扩增和测序其核酸，检测其抗原和宿主抗体，以及测量生物标志物和生物膜相关特征。它将这些方法视为诊断方法而非治疗指导，并指向专门的主题节点以获取详细信息。
Sub-topics
Core questions
- 该样本中是否存在真菌，它是污染物还是真正的病原体？
- 是哪个属或种引起的，可以多大程度地确定其名称？
- 培养、显微镜检查、抗原和分子方法中，哪种组合最适合临床问题和样本类型？
- 如何根据侵袭性真菌病的标准化定义解释阳性和阴性实验室结果？
Key concepts
- 表型鉴定与分子鉴定
- 直接检测与基于培养的回收
- 真菌检测的敏感性和特异性
- 确诊、可能和疑似侵袭性真菌病
- 样本质量和污染控制
- 多相鉴定
Mechanisms
实验室真菌学结合了互补的信号。培养可以回收活的生物并进行形态学鉴定和药敏试验，但对于侵袭性疾病来说通常速度慢且不敏感。显微镜检查和组织病理学直接在样本中观察真菌成分，提供组织侵袭的快速证据。抗原检测和血清学检测真菌细胞壁成分或宿主抗体反应，无需培养。分子方法扩增和测序保守或物种特异性DNA，质谱法则分析蛋白质，从而实现快速准确的鉴定。现代诊断是多相的，整合了多种方法，标准化共识定义规定了结果如何组合成侵袭性真菌病的类别。
Clinical relevance
此处归类的方法产生了在临床实践和研究中识别和命名真菌感染的证据。了解其优点和局限性有助于评估诊断报告和研究证据。本条目是关于如何建立真菌诊断的描述性参考资料，并非针对个体患者的检测、处方或管理方案。
Evidence & guidelines
欧洲癌症研究与治疗组织（EORTC）和真菌病研究小组教育与研究联盟（Mycoses Study Group Education and Research Consortium）的共识定义标准化了真菌学和临床发现如何结合成侵袭性真菌病的类别，为诊断和研究提供了共享框架。诸如《临床真菌图谱》（Atlas of Clinical Fungi）之类的参考文本收录了用于表型鉴定的形态学特征，而组织病理学和质谱法的综述则记录了较新鉴定方法的作用。
History
诊断真菌学起源于19世纪和20世纪的培养和显微镜检查，其中真菌在选择性培养基上回收并通过菌落和显微形态进行鉴定。20世纪后期增加了真菌抗原和宿主抗体的免疫检测，PCR、核糖体区域DNA测序和MALDI-TOF质谱法的兴起将鉴定转向分子和蛋白质组学精度，同时共识定义标准化了解释。
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Seminal works
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Frequently asked questions
- 为什么诊断真菌感染要使用几种不同的方法？
- 没有一种方法能对所有情况都既快速又可靠。培养、显微镜检查、抗原检测和分子检测各自检测真菌的不同方面，因此结合使用它们可以提高正确及时诊断的机会。
- 检测真菌和鉴定真菌有什么区别？
- 检测是确定真菌是否存在，例如通过观察真菌成分或检测抗原。鉴定是确定属或种的名称，这通常需要培养形态学、测序或质谱法。