细菌鉴定方法

细菌鉴定方法用于确定在实验室中分离出的微生物的种类（有时也包括菌株）。这些方法涵盖了从经典的显微镜检查和生化测试到基于质谱的蛋白质组学分析，所选择的方法决定了病原体鉴定的速度和准确性。

Definition

细菌鉴定方法是实验室技术，用于利用表型特征、生化反应、蛋白质组学图谱或分子靶标，将分离出的菌株归类到相应的分类单元。

Scope

本主题涵盖了表型方法，例如革兰氏染色、菌落形态和生化反应；自动化鉴定系统；以及基质辅助激光解吸电离飞行时间（MALDI-TOF）质谱法。出于流行病学目的的菌株分型被视为相关内容。本条目是方法论性的，不提供针对个体患者的临床指导。

Core questions

• 经典的表型方法如何鉴定细菌？
• MALDI-TOF质谱法如何鉴定微生物，其局限性是什么？
• 何时使用分子靶标代替或与表型方法结合使用？

Key concepts

• 革兰氏染色和显微镜检查
• 菌落形态
• 生化和代谢分析
• 自动化鉴定系统
• MALDI-TOF质谱法
• 蛋白质谱数据库
• 菌株分型

Mechanisms

表型鉴定读取可观察到的特性：革兰氏染色反应和显微形态学缩小了可能性范围，菌落外观提供了线索，而生化反应组通过代谢能力区分物种，通常为提高通量而自动化。MALDI-TOF质谱法则从菌落中生成蛋白质质谱，本质上是一种蛋白质组学指纹，并将其与参考数据库进行匹配，一旦分离物可用，可在几分钟内提供物种水平的鉴定；它的采用大大缩短了常规实验室的鉴定时间（Seng 2009; Clark 2013）。当表型或光谱模糊时，分子靶标可以解决身份问题。每种方法都有其局限性，包括数据库覆盖范围和无法区分某些密切相关物种（Clark 2013）。

Clinical relevance

更快、更准确的鉴定有助于确定感染的归因微生物以及如何进行监测。了解方法的局限性可以解释为什么某些密切相关的物种仅报告到群组水平，或者为什么不寻常的微生物可能需要确认性测试。本主题描述了实验室结果是如何产生的，而不是个体诊断或治疗决策的依据。

Evidence & guidelines

比较研究和综述记录了MALDI-TOF质谱法在常规细菌鉴定中的准确性和周转时间优势及其局限性（Seng 2009; Clark 2013），而标准教科书则描述了表型和生化鉴定方案（Jorgensen 2015）。

History

鉴定长期以来依赖于二十世纪发展起来的染色、显微镜检查和生化试剂盒。MALDI-TOF质谱法于2009年左右在临床上的引入标志着常规实验室向快速蛋白质组学鉴定的转变，补充了分子方法（Seng 2009; Clark 2013）。

Seminal works

• seng-2009
• clark-2013

Frequently asked questions

MALDI-TOF质谱法如何鉴定细菌？

它从细菌菌落中产生特征性蛋白质质谱，并将其与参考数据库进行比较，一旦分离物可用，可在几分钟内提供物种水平的鉴定。

生化测试还在使用吗？

是的；表型和生化方法仍然有用，尤其是在质谱数据库不完整或需要对微生物进行物种鉴定以外的特征分析时。