Kaynak Tespiti ve Bulaş Zincirleri
Bir salgının kaynağını belirlemek ve enfeksiyonun bir kişiden veya araçtan diğerine nasıl geçtiğini yeniden yapılandırmak, bir araştırmanın analitik özünü oluşturmaktadır. Kaynak tespiti, ajanın nereden geldiğini sorarken, bulaş zinciri analizi ise nasıl yayıldığını, vakaları kimin kimi enfekte ettiğine dair bir diziye bağlayarak yolu, indeks vakayı ve herhangi bir amplifikasyon olayını ortaya çıkarmaktadır.
Tanım
Kaynak tespiti, bir salgının kökeninin, aracının veya rezervuarının belirlenmesi olup, bulaş zinciri rekonstrüksiyonu ise epidemiyolojik, zamansal ve giderek artan şekilde genomik kanıtlar kullanılarak vakaların kişiden kişiye veya kaynaktan kişiye bulaşmanın çıkarılan sırasına bağlanmasıdır.
Kapsam
Bu konu, bir salgını bir kaynağa atfetmek ve bulaş zincirlerini haritalamak için kullanılan muhakemeyi ve araçları kapsamaktadır: epidemik eğri yorumlaması, nokta kaynaklı ve yayılımlı (propagated) paternler arasındaki ayrım, indeks ve primer vaka kavramları, üreme sayısı (reproduction number), süper bulaşma (super-spreading) ve epidemiyolojik bağlantı ile birlikte patojen genom dizilemesinin artan kullanımı. Bu, belirli bir patojen veya yanıt için bir protokol değil, kavramsal ve metodolojiktir.
Temel sorular
- Salgın ajanı nereden kaynaklandı ve maruziyet hangi araç veya rezervuar aracılığıyla gerçekleşti?
- Epidemik eğri, nokta kaynaklı, sürekli veya yayılımlı (propagated) bir patern mi göstermektedir?
- İndeks veya primer vaka kimdir ve kim kimi enfekte etmiştir?
- Patojen genom dizileri, bağlantıyı doğrulamak için epidemiyolojik verilerle nasıl birleştirilebilir?
Anahtar kavramlar
- Nokta kaynaklı ve yayılımlı (propagated) salgın
- İndeks vaka ve primer vaka
- Bulaşma modu ve yolu
- Temel ve etkili üreme sayısı (reproduction number)
- Süper bulaşma (super-spreading) ve bireysel varyasyon
- Seri aralık ve jenerasyon süresi
- Genomik epidemiyoloji ve bulaş çıkarımı
Mekanizmalar
Epidemik eğrinin şekli, kaynağa dair ilk ipucunu vermektedir: keskin tek bir zirve ortak bir nokta kaynağını, sürekli bir plato kesintisiz bir kaynağı ve seri aralıklarla ayrılmış ardışık dalgalar ise yayılımlı (propagated), kişiden kişiye bulaşmayı düşündürmektedir. Araştırmacılar, maruziyetleri ortak bir araca veya rezervuara doğru geriye doğru izlemekte ve indeks ile primer vakaları belirlemektedir. Bulaş zincirleri daha sonra zamanlama, yer ve temas yoluyla vakaların birbirine bağlanmasıyla ve giderek artan bir şekilde patojen genom dizilerinin karşılaştırılmasıyla yeniden yapılandırılmaktadır, zira yakından ilişkili diziler doğrudan bir epidemiyolojik bağlantıyı desteklemektedir. Üreme sayısı (reproduction number), her vakanın ortalama olarak kaç ikincil vaka oluşturduğunu özetlerken, süper bulaşma (super-spreading) ise patlayıcı bulaşmayı tetikleyebilen büyük bireysel varyasyonu yansıtmaktadır.
Klinik önem
Kaynağın belirlenmesi, müdahale edenlere neyin kaldırılacağını, geri çağrılacağını veya kapatılacağını bildirmekte, bulaş zincirlerinin haritalanması ise temas takibinin ve koruyucu önlemlerin nereye yönlendirileceğini göstermektedir. Klinisyenler için, bir vakanın bir zincirin bir halkası olabileceğini fark etmek, ayrıntılı maruziyet öykülerinin ve zamanında bildirimin değerini vurgulamaktadır. Bu madde, kaynağın ve yayılımın nasıl çıkarıldığını tanımlamakta olup, bireysel bir hastanın tedavisi için bir rehber değildir.
Epidemiyoloji
Kişiden kişiye bulaşma, COVID-19 pandemisinin başlarında, enfeksiyonun hane halkı üyeleri arasında geçtiği bir aile kümesi aracılığıyla gösterilmiş, bu da en küçük ölçekte zincir rekonstrüksiyonunu örneklemiştir. Popülasyon ölçeğinde, SARS epidemik eğrilerinin analizi üreme sayısını (reproduction number) ve kontrol önlemlerinin etkisini tahmin etmiş, süper bulaşma (super-spreading) çalışmaları ise vakaların az bir kısmının ikincil enfeksiyonların çoğunu oluşturabileceğini göstermiştir; patojen genom dizilemesi artık bu tür epidemiyolojik bağlantıları rutin olarak tamamlamaktadır.
Tarihçe
John Snow'un on dokuzuncu yüzyılda bir kolera salgınını Broad Street pompasına atfetmesi, vakaların ortak bir maruziyete haritalanmasıyla yapılan arketipik kaynak tespitidir. Yirminci yüzyıl saha epidemiyolojisi, epidemik eğri yorumlamasını ve nokta kaynaklı ile yayılımlı (propagated) ayrımını resmileştirirken, yirmi birinci yüzyıl ise kantitatif bulaş modellemesini, SARS'tan kaynaklanan süper bulaşmanın (super-spreading) tanınmasını ve tüm genom dizilemesini eklemiş, bunlar birlikte bulaş zincirlerinin rekonstrüksiyonunu keskinleştirmiştir.
Tartışmalar
- Genom dizileri tek başına kimin kimi enfekte ettiğini belirleyebilir mi?
- Patojen genomik veriler, bulaş çıkarımını büyük ölçüde güçlendirmektedir, ancak konakçı içi sınırlı çeşitlilik, ortak kaynaklar ve örnekleme boşlukları, dizilerin genellikle doğrudan bir bağlantıyı kesin olarak kanıtlamaktan ziyade kısıtladığı anlamına gelmektedir, bu nedenle genomik ve epidemiyolojik kanıtların birleştirilmesi en iyisidir.
Öne çıkan isimler
- Jacco Wallinga
- James Lloyd-Smith
- Marc Lipsitch
- Yonatan Grad
İlgili konular
Temel eserler
- wallinga-teunis-2004
- lloyd-smith-2005
- grad-lipsitch-2014
Sıkça sorulan sorular
- Epidemik eğrinin şekli, araştırmacılara kaynak hakkında ne söylemektedir?
- Tek bir keskin zirve ortak bir nokta kaynağını, uzun süreli bir plato sürekli bir kaynağı ve hastalığın seri aralığıyla ayrılmış giderek büyüyen dalgalar dizisi ise yayılımlı (propagated) kişiden kişiye bulaşmayı düşündürmektedir.
- Süper bulaşma (super-spreading) nedir?
- Süper bulaşma (super-spreading), bireyler arasında neden oldukları ikincil enfeksiyon sayısındaki büyük varyasyonu tanımlamaktadır; az sayıda vaka veya olay, bulaşmanın orantısız bir kısmını oluşturabilir, bu da salgınların nasıl büyüdüğünü ve nasıl kontrol edilebileceğini güçlü bir şekilde şekillendirmektedir.