Стандарты отчетности и руководства по интерпретации

Стандарты отчетности и руководства по интерпретации определяют, как молекулярный результат преобразуется в четкий, последовательный и клинически применимый отчет. Они определяют, как классифицируются обнаруженные варианты, какие доказательства подтверждают каждую классификацию и какие элементы должен содержать лабораторный отчет, чтобы клиницисты могли понять результат, его ограничения и его значение.

Definition

Стандарты отчетности — это согласованные правила в отношении содержания, структуры и ясности лабораторного отчета; руководства по интерпретации — это основанные на фактических данных системы, которые преобразуют необработанные молекулярные данные в стандартизированные клинические категории, такие как патогенные, вероятно патогенные или варианты неопределенного значения.

Scope

Запись охватывает структурированную молекулярную отчетность и системы, используемые для интерпретации и классификации результатов, наиболее заметной из которых является система классификации вариантов последовательности ACMG/AMP, а также принципы прозрачной отчетности о доказательствах диагностической точности. Это методологическая тема, которая не предоставляет клинической интерпретации какого-либо индивидуального результата.

Core questions

• Какую информацию должен содержать отчет по молекулярной патологии?
• Как варианты последовательности классифицируются по стандартизированным категориям?
• Какие типы доказательств подтверждают классификацию варианта?
• Как следует сообщать об ограничениях и предполагаемом использовании теста?

Key concepts

• Структурированная отчетность
• Классификация вариантов ACMG/AMP (пятиуровневая)
• Вариант неопределенного значения (VUS)
• Взвешивание доказательств и критерии классификации
• Заявление о методах, ограничениях и предполагаемом использовании
• Воспроизводимость и стандартизация отчетов
• Прозрачная отчетность о диагностической точности (STARD)

Mechanisms

Руководства по интерпретации предоставляют четкие критерии для отнесения результатов к стандартизированным категориям. Система ACMG/AMP, например, взвешивает несколько типов доказательств (популяционная частота, вычислительные прогнозы, функциональные данные, сегрегация и другие) для классификации вариантов последовательности по пяти уровням от доброкачественных до патогенных, с явной неопределенной категорией (Richards et et al., 2015). Стандарты отчетности затем требуют, чтобы отчет содержал описание метода, результата, его интерпретации и его ограничений, основываясь на подтвержденной эффективности анализа и его протокола (Jennings et al., 2009; Roy et al., 2018). Для доказательств, лежащих в основе диагностических утверждений, контрольный список STARD способствует полной и прозрачной отчетности исследований точности (Bossuyt et al., 2015).

Clinical relevance

Четкие, стандартизированные отчеты и последовательная интерпретация вариантов снижают вероятность неправильного прочтения или неправильного применения молекулярного результата в лечении. Эта запись описывает правила, которые делают отчеты интерпретируемыми, и сама по себе не является клиническим советом относительно какого-либо конкретного результата.

Evidence & guidelines

Интерпретация и отчетность в молекулярной патологии формируются профессиональным консенсусом, в частности, руководствами по интерпретации вариантов ACMG/AMP (Richards et al., 2015) и стандартами лабораторной валидации и отчетности (Jennings et al., 2009; Roy et al., 2018), при этом STARD предоставляет стандарт для отчетности о доказательствах диагностической точности (Bossuyt et al., 2015).

History

Ранние молекулярные отчеты сильно различались по формату и по способу классификации вариантов. Совместные усилия ACMG и AMP привели к созданию общей пятиуровневой системы классификации в 2015 году, а параллельные инициативы по отчетности, такие как STARD, стандартизировали способ передачи диагностических данных, продвигая область к воспроизводимым, сопоставимым отчетам (Richards et al., 2015; Bossuyt et al., 2015).

Debates

Как следует обрабатывать и сообщать о вариантах неопределенного значения?

Неопределенная категория является распространенной и клинически сложной; продолжаются дебаты о том, как ее сообщать, как переклассифицировать варианты по мере накопления доказательств и как избежать чрезмерной или недостаточной интерпретации.

Seminal works

• richards-2015
• bossuyt-2015

Frequently asked questions

Что такое пятиуровневая классификация ACMG/AMP?

Это консенсусная система, которая сортирует варианты последовательности по пяти категориям: патогенные, вероятно патогенные, неопределенного значения, вероятно доброкачественные и доброкачественные, путем систематического взвешивания различных типов доказательств.

Почему стандарты отчетности важны для молекулярных тестов?

Поскольку одно и то же обнаружение может быть интерпретировано по-разному в зависимости от того, как оно описано, стандартизированные отчеты обеспечивают последовательную и воспроизводимую передачу результата, его интерпретации и его ограничений.