대립유전자 명명법 및 하플로타이핑

약물유전자는 단일 변이만으로 기술되는 것이 아니라, 함께 유전되는 변이들의 조합인 명명된 하플로타입(haplotype)으로 기술됩니다. 이에는 참조 대립유전자가 *1이고 각 정의된 변이 하플로타입이 고유한 번호를 받는 스타-대립유전자(star-allele) 시스템이 사용됩니다. 이러한 공통 명명 규칙을 통해 실험실, 데이터베이스 및 가이드라인은 동일한 대립유전자를 명확하게 참조할 수 있습니다. 이 주제는 약물유전자 하플로타입이 어떻게 정의되고, 명명되며, 디플로타입(diplotype)으로 조합되는지를 다룹니다.

Definition

약물유전자에 대한 대립유전자 명명법은 동일한 염색체에서 함께 유전되는 서열 변이들의 집합인 하플로타입을 표준화된 방식으로 명명하는 것으로, 일반적으로 유전자 이름 뒤에 별표와 숫자가 붙습니다(스타 대립유전자). 하플로타이핑은 개인이 어떤 하플로타입을 가지고 있는지 결정하는 과정입니다.

Scope

이 주제는 스타-대립유전자(별표) 명명법, 함께 유전되는 변이들의 집합으로서의 하플로타입 개념, 유전자형 데이터로부터 하플로타이핑 및 디플로타입을 호출하는 과정, 그리고 대립유전자 정의의 일관성을 유지하는 데 있어 큐레이션된 명명 자원의 역할을 다룹니다. 이는 명명 규칙에 대한 참조 자료이며 약물별 지침을 제공하지 않습니다.

Core questions

• 하플로타입이란 무엇이며, 단일 변이와 어떻게 다른가요?
• 스타-대립유전자 시스템은 약물유전자 하플로타입을 어떻게 명명하나요?
• 유전자형 데이터로부터 개인의 디플로타입은 어떻게 결정되나요?
• 실험실과 데이터베이스 전반에 걸쳐 공유되고 큐레이션된 명명법이 왜 필요한가요?

Key concepts

• 하플로타입 (함께 유전되는 변이 집합)
• 스타 (별표) 대립유전자 명명법
• 참조 대립유전자 (*1) 및 정의된 변이 대립유전자
• 디플로타입 (하플로타입 쌍)
• 하플로타입 페이징 및 디플로타입 호출
• 큐레이션된 대립유전자 정의 자원

Mechanisms

약물유전자 하플로타입은 염색체에서 함께 이동하는 하나 이상의 서열 변이에 의해 정의됩니다. 각 구별되고 인식된 하플로타입에는 스타-대립유전자 라벨이 부여되며, *1은 일반적으로 참조(정상 기능) 대립유전자를 나타냅니다. 개인의 디플로타입을 결정하는 것은 그들이 가지고 있는 두 개의 하플로타입을 식별하는 것을 의미하며, 이는 어떤 변이가 동일한 염색체에 위치하는지(페이징)를 해결해야 합니다. 이는 변이가 대립유전자를 고유하게 정의할 때는 간단하지만, 여러 변이를 함께 고려해야 할 때는 더 복잡합니다. 큐레이션된 데이터베이스는 정의를 유지하여 동일한 스타 대립유전자가 사용되는 모든 곳에서 동일한 변이 집합을 의미하도록 하며, 각 대립유전자는 할당된 기능과 연결될 수 있습니다.

Clinical relevance

일관된 대립유전자 명명법은 대사 표현형 예측 및 유전자-약물 가이드라인이 재현 가능하게 적용될 수 있도록 하는 기초입니다. 이는 표현형 호출이 존재하는 하플로타입을 정확하게 식별하는 데 의존하기 때문입니다. 이 주제는 참조 내용으로서 명명 및 하플로타이핑 시스템을 설명하며, 처방 지침은 제공하지 않습니다. 처방 지침은 자격을 갖춘 임상의가 적용하는 검증된 임상 가이드라인에 속합니다.

Epidemiology

관찰되는 하플로타입의 집합과 그 빈도는 조상 인구 집단에 따라 다르며, 일부 스타 대립유전자는 한 인구 집단에서는 흔하지만 다른 인구 집단에서는 드뭅니다. 포괄적인 명명 자원은 이러한 다양성을 포착하여 모든 그룹에서 하플로타이핑이 정확하도록 하는 것을 목표로 합니다.

History

스타-대립유전자 명명법은 사이토크롬 P450 효소에서 시작되었으며, 수년간 전용 대립유전자 명명 페이지를 통해 유지되었습니다. 2018년에는 인간 CYP 대립유전자 명명법의 관리권이 Pharmacogene Variation (PharmVar) 컨소시엄으로 이전되었으며, 이 컨소시엄은 현재 PharmGKB와 같은 지식 자원과 함께 약물유전자 하플로타입 정의의 중앙 집중식 버전 관리 저장소 역할을 합니다.

Key figures

• Andrea Gaedigk
• Magnus Ingelman-Sundberg
• Teri Klein
• Michelle Whirl-Carrillo

Seminal works

• gaedigk-2017
• whirl-carrillo-2012

Frequently asked questions

CYP2C19*2와 같은 스타 대립유전자는 무엇을 의미하나요?

이는 명명된 하플로타입입니다. CYP2C19 유전자 내에서 정의된 서열 변이의 조합으로, 목록화되고 번호와 기능이 할당되어 실험실과 가이드라인이 일관되게 참조할 수 있도록 합니다.

하플로타이핑이 개별 변이를 읽는 것 이상을 요구하는 이유는 무엇인가요?

대립유전자는 동일한 염색체에서 함께 유전되는 변이에 의해 정의되기 때문에, 하플로타입을 결정하려면 단순히 각 변이를 개별적으로 나열하는 것이 아니라 존재하는 조합을 파악하는 페이징(phasing)이 필요할 수 있습니다.