Process / pipelineSequence homology search
HMMER プロファイル検索
HMMER プロファイル検索は、プロファイル隠れマルコフモデル（HMM）として知られるタンパク質ファミリーの確率的モデルを用いて、遠縁のタンパク質配列相同体を識別する。Eddy らによって開発されたこの手法は、タンパク質ファミリー内の配列変異パターンを捉え、位置重み行列やペアワイズアラインメントよりもはるかに高い感度で相同体を検出する。
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出典
- Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104 ↗
- Eddy, S. R. (1998). Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 14(9), 755-763. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ↗
- Finn, R. D., Clements, J., & Eddy, S. R. (2011). HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Research, 39(Web Server issue), W29-W37. DOI: 10.1093/nar/gkr367 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Hidden Markov Model Profile Search for Sequence Homology. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/hmmer-profile-search
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