Process / pipelineMetagenomics
メタゲノムビニング
メタゲノムビニングは、複雑な微生物群集から組み立てられたコンティグを個々の生物または株を表す別個のゲノムビンに分割する。Banfieldらのグループによって開拓されたこのパイプラインは、培養された単離株を必要とせずに、環境サンプルから単一生物ゲノム（メタゲノム組み立てゲノム、またはMAG）を単離する。
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出典
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/metagenomic-binning
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