Process / pipelineFunctional genomics
CRISPRスクリーニング解析
CRISPRスクリーニング解析は、CRISPR-Cas9を用いたプール型遺伝子スクリーニングから得られたデータを処理し、特定の条件下での細胞増殖、生存、または表現型に必須の遺伝子を同定する。Zhang、Sanjanaらによって開発されたこの計算パイプラインは、ガイドRNA（gRNA）のシーケンスリード数を、機能的遺伝子のランキングリストに変換する。
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出典
- Shalem, O., Sanjana, N. E., Hartenian, E., Shi, X., Scott, D. A., Mikkelsen, T. S., ... & Zhang, F. (2014). Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells. Science, 343(6166), 84-87. DOI: 10.1126/science.1247005 ↗
- Hart, T., Chandrashekhar, M., Aregger, M., Steinhart, Z., Brown, K. R., MacLeod, G., ... & Moffat, J. (2015). High-resolution CRISPR screens reveal fitness genes and pathways. Molecular Systems Biology, 11(8), 820. link ↗
- King, J. B., Palmer, A. C., & Sorger, P. K. (2020). Application of a genetic algorithm designed for flexible objective optimization in pharmaceutical research and development. Cancer Research, 79(13 Supplement), 3435. link ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). CRISPR Screening Data Analysis and Hit Identification. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/crispr-screen-analysis
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