Process / pipelineTranscriptomics
デノボトランスクリプトームアセンブリ
デノボトランスクリプトームアセンブリは、参照ゲノムを必要とせずに、シーケンスリードから直接、全長メッセンジャーRNA配列を再構築する。Regev、Haasらの先駆的なこのパイプラインは、非モデル生物におけるトランスクリプトの発見、および新規アイソフォーム、融合遺伝子、スプライスバリアントの検出を可能にする。
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出典
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
このページの引用方法
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/ja/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
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