Interprétation et communication des résultats

L'interprétation et la communication des résultats constituent l'étape qui transforme les données génétiques brutes en une déclaration cliniquement utilisable. Les allèles détectés sont nommés, combinés en un diplotype et traduits en un phénotype prédit, tel qu'une catégorie de métaboliseur ; ce phénotype est ensuite communiqué dans un rapport utilisant des termes standardisés. Étant donné que des formulations incohérentes rendaient autrefois les rapports pharmacogénomiques difficiles à comparer et à exploiter, la terminologie consensuelle et les règles de traduction sont essentielles à ce sujet.

Definition

L'interprétation et la communication des résultats pharmacogénomiques est le processus de conversion des allèles détectés en un diplotype et un phénotype de réponse aux médicaments prédit, puis de communication de ce phénotype dans un rapport clinique utilisant une terminologie standardisée et basée sur le consensus.

Scope

Cette entrée aborde la traduction génotype-phénotype, les catégories phénotypiques standardisées utilisées pour décrire la réponse aux médicaments, la terminologie consensuelle pour les résultats pharmacogénétiques cliniques, et l'importance de la standardisation pour la clarté entre les laboratoires et les systèmes d'aide à la décision. Elle utilise la traduction du CYP2D6 comme cas illustratif de la complexité impliquée. Il s'agit d'une description de référence de la pratique d'interprétation et de communication, et non d'un guide pour agir sur un résultat spécifique.

Core questions

• Comment un génotype est-il traduit en un phénotype prédit ?
• Quels sont les termes standardisés qui décrivent les phénotypes de réponse aux médicaments, et pourquoi ont-ils été convenus ?
• Pourquoi une terminologie cohérente est-elle importante entre les laboratoires et les systèmes ?
• Qu'est-ce qui rend la traduction pour des gènes comme CYP2D6 particulièrement complexe ?

Key concepts

• Assemblage du diplotype
• Traduction génotype-phénotype
• Catégories de phénotypes de métaboliseurs
• Terminologie standardisée des résultats
• Scores d'activité pour les gènes complexes
• Clarté et comparabilité des rapports

Mechanisms

Après la détection de variants par un laboratoire, les allèles sont nommés à l'aide de la nomenclature des allèles étoiles (star-allele nomenclature) et combinés en un diplotype (Gaedigk et al., 2017). Le diplotype est ensuite associé à un phénotype prédit, souvent exprimé sous forme de catégorie de métaboliseur, en utilisant des règles de traduction consensuelles ; pour les gènes complexes tels que CYP2D6, une approche par score d'activité (activity-score) additionne les contributions fonctionnelles de chaque allèle avant d'attribuer un phénotype (Caudle et al., 2019). Le phénotype prédit est ensuite communiqué à l'aide de termes standardisés convenus par des consortiums, de sorte que le même génotype produise le même langage descriptif quel que soit le laboratoire (Caudle et al., 2017). La terminologie standardisée et les règles de traduction permettent aux systèmes d'aide à la décision en aval d'interpréter les rapports de manière cohérente et de réduire l'ambiguïté pour les cliniciens (Roden, 2019).

Clinical relevance

Une interprétation claire et standardisée permet aux lecteurs de comprendre ce qu'un rapport pharmacogénomique affirme concernant la réponse prédite aux médicaments et avec quel degré de confiance. Comprendre comment un génotype devient un phénotype rapporté fait partie de l'évaluation de ces rapports. Cette entrée explique le processus de communication et la terminologie ; elle n'interprète aucun résultat individuel et ne traduit pas un phénotype en une décision de prescription ou de dosage.

Evidence & guidelines

Une terminologie consensuelle pour les résultats des tests pharmacogénétiques cliniques a été établie par le Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC) afin d'harmoniser la manière dont les phénotypes sont rapportés (Caudle et al., 2017), et des recommandations conjointes du CPIC et du Dutch Pharmacogenetics Working Group ont standardisé la traduction génotype-phénotype pour le CYP2D6 (Caudle et al., 2019). Les définitions des allèles qui sous-tendent ces traductions sont gérées par le Pharmacogene Variation Consortium (Gaedigk et al., 2017). Il s'agit de cadres de standardisation, et non de conseils cliniques individualisés.

History

Les premiers rapports pharmacogénomiques variaient considérablement dans la manière de décrire les phénotypes, ce qui entravait la comparaison et l'aide à la décision. Pour y remédier, le Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium a publié des termes consensuels pour les résultats des tests pharmacogénétiques cliniques en 2017 (Caudle et al., 2017), et un effort conjoint avec le Dutch Pharmacogenetics Working Group a ensuite standardisé la traduction pour le gène CYP2D6, qui est complexe (Caudle et al., 2019). Ces efforts, basés sur une nomenclature des allèles gérée par un consortium (Gaedigk et al., 2017), ont rendu la communication des résultats plus uniforme dans l'ensemble du domaine.

Debates

Standardisation des catégories de phénotypes pour les gènes complexes

L'attribution d'un phénotype unique à des gènes très variables tels que CYP2D6 est difficile, et le consensus sur les seuils de score d'activité et les limites des phénotypes a nécessité une harmonisation explicite entre les principaux cadres de référence.

Key figures

• Kelly E. Caudle
• Andrea Gaedigk
• Michelle Whirl-Carrillo
• James M. Hoffman

Seminal works

• caudle-2017
• caudle-2019
• gaedigk-2017

Frequently asked questions

Qu'est-ce qu'un phénotype de métaboliseur ?

Il s'agit d'une catégorie prédite décrivant la manière dont une personne est censée métaboliser certains médicaments en fonction de son génotype, par exemple métaboliseur lent, intermédiaire, normal ou ultrarapide ; c'est une prédiction dérivée du résultat génétique, et non une mesure directe des concentrations de médicaments.

Pourquoi la terminologie standardisée est-elle importante ?

Des termes cohérents garantissent que le même génotype est décrit de la même manière entre les laboratoires et les systèmes d'aide à la décision, ce qui réduit l'ambiguïté et facilite la comparaison et l'exploitation appropriée des rapports.