Identification fongique et tests de sensibilité aux antifongiques

L'identification fongique et les tests de sensibilité aux antifongiques sont les méthodes de laboratoire qui permettent de détecter et de nommer les levures et les moisissures responsables d'infections humaines, ainsi que de mesurer leur sensibilité aux agents antifongiques. La mycologie diagnostique combine la microscopie et la culture avec la détection d'antigènes et d'anticorps, les méthodes moléculaires et l'identification protéomique, et y ajoute les tests de sensibilité in vitro aux agents antifongiques.

Definition

L'identification fongique est la détermination en laboratoire de l'espèce d'une levure ou d'une moisissure à partir d'un échantillon clinique, par des méthodes microscopiques, culturales, sérologiques, moléculaires ou protéomiques ; les tests de sensibilité aux antifongiques sont la mesure in vitro de la sensibilité d'un isolat fongique aux agents antifongiques.

Scope

Cet article couvre la microscopie directe et la culture, la détection d'antigènes et d'anticorps (sérologique), l'identification fongique par méthodes d'acides nucléiques et protéomiques, ainsi que les tests de sensibilité aux antifongiques avec leurs seuils d'interprétation. Il aborde ces aspects en tant que méthodes de laboratoire et ne fournit pas de recommandations sur la sélection ou la posologie des antifongiques pour les patients.

Core questions

• Un champignon est-il présent dans cet échantillon, et de quelle espèce s'agit-il ?
• Quelles méthodes – microscopie, culture, détection d'antigènes ou d'anticorps, dosages moléculaires ou spectrométrie de masse – permettent de le détecter et de l'identifier au mieux ?
• L'isolat est-il sensible aux agents antifongiques pertinents, et comment cela est-il mesuré et interprété ?
• Quelles sont les limites des diagnostics fongiques en termes de sensibilité, de rapidité et de standardisation ?

Key concepts

• Microscopie directe (KOH, calcofluor, histopathologie)
• Culture fongique et morphologie
• Détection d'antigènes (par exemple, galactomannane, antigène cryptococcique, bêta-D-glucane)
• Tests d'anticorps (sérologiques)
• Identification moléculaire et protéomique
• Spectrométrie de masse MALDI-TOF des champignons
• Tests de sensibilité aux antifongiques et seuils d'interprétation
• Levures versus moisissures

Mechanisms

La mycologie diagnostique détecte les champignons en les visualisant dans les échantillons à l'aide de colorations et de la microscopie, en les cultivant et en analysant la morphologie des colonies et la morphologie microscopique, ainsi que par des méthodes indépendantes de la culture. Les dosages d'antigènes détectent les composants circulants de la paroi cellulaire ou de la capsule fongique, tandis que les tests d'anticorps détectent la réponse de l'hôte ; conjointement avec les dosages moléculaires et l'identification protéomique, ces méthodes étendent la détection aux organismes à croissance lente ou difficiles à cultiver (Kozel & Wickes, 2014). L'identification au niveau de l'espèce utilise de plus en plus la spectrométrie de masse MALDI-TOF, qui compare le spectre protéique d'un isolat fongique à une base de données de référence (Clark et al., 2013). Les tests de sensibilité aux antifongiques mesurent ensuite l'activité inhibitrice des agents antifongiques contre un isolat et l'interprètent par rapport à des seuils ; la standardisation de ces tests et leur corrélation avec les résultats cliniques ont constitué un effort continu (Rex & Pfaller, 2002). Les lignes directrices professionnelles situent ces méthodes de laboratoire dans le cadre de l'évaluation diagnostique plus large des maladies fongiques (Pappas et al., 2016).

Clinical relevance

Les résultats d'identification fongique et de sensibilité contribuent au raisonnement clinique concernant les infections fongiques invasives et superficielles et éclairent la gestion des agents antifongiques. Cet article décrit comment ces résultats de laboratoire sont produits et interprétés ; il s'agit d'un matériel de référence et non d'une base pour la sélection ou la posologie d'une thérapie antifongique pour un individu, ces aspects étant traités par les lignes directrices cliniques et l'équipe soignante.

Epidemiology

La mycologie diagnostique soutient la surveillance des agents pathogènes fongiques et de la résistance émergente aux antifongiques, y compris les changements dans les espèces responsables d'infections telles que la candidose. Les documents de lignes directrices reflètent la manière dont les diagnostics de laboratoire et les données de sensibilité informent la prise en charge au niveau de la population et de l'individu (Pappas et al., 2016).

History

Le diagnostic mycologique a longtemps reposé sur la microscopie et la culture lente avec identification morphologique. Les dosages d'antigènes et d'anticorps, puis les méthodes moléculaires et protéomiques, ont élargi et accéléré la détection (Kozel & Wickes, 2014), tandis que les tests de sensibilité aux antifongiques sont passés d'un outil de recherche à un dosage clinique standardisé au cours de la fin du XXe et du début du XXIe siècle (Rex & Pfaller, 2002).

Seminal works

• kozel-2014
• rex-2002
• pappas-2016

Frequently asked questions

Comment les champignons sont-ils détectés lorsque la culture est lente ou négative ?

Les laboratoires utilisent des méthodes indépendantes de la culture – dosages d'antigènes (tels que l'antigène cryptococcique, la galactomannane ou le bêta-D-glucane), tests d'anticorps et dosages moléculaires – pour détecter les champignons à croissance lente ou ceux qui ne peuvent pas être cultivés à partir d'un échantillon donné (Kozel & Wickes, 2014).

Qu'est-ce que les tests de sensibilité aux antifongiques ?

Il s'agit de la mesure in vitro de la capacité d'un agent antifongique à inhiber un isolat fongique, interprétée par rapport à des seuils. La standardisation de ces tests et leur corrélation avec les résultats cliniques ont constitué un processus progressif (Rex & Pfaller, 2002).