Process / pipelineBioinformatics / omics

Appel de pics ChIP-seq — Appel de pics par séquençage d'immunoprécipitation de chromatine

L'appel de pics ChIP-seq est un pipeline computationnel qui identifie les régions génomiques où une protéine d'intérêt — un facteur de transcription ou une modification d'histone — est enrichie, sur la base des lectures de séquençage issues d'expériences d'immunoprécipitation de chromatine. Il convertit les données brutes de séquençage en un ensemble de sites de liaison ou de modification à haute confiance à travers le génome, permettant l'analyse en aval de la régulation génique, de l'état de la chromatine et des mécanismes épigénétiques.

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Appel de pics ChIP-seq

Analyse ATAC-seq Étude d'association pang…Analyse de l'expression…Alignement de séquences Analyse de l'ARN-seq uni…Appel de variants Appel de pics par ChIP-s…Appel de pics différenti…Étude différentielle d'a…Détection de pics ChIP-s…

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Sources

Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Comment citer cette page

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

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Analyse ATAC-seqGénétique↔ compare
Étude d'association pangénomique épigénétique (EWAS)Bio-informatique↔ compare
Analyse de l'expression différentielle par RNA-seqBio-informatique↔ compare
Alignement de séquencesBio-informatique↔ compare
Analyse de l'ARN-seq unicellulaireBio-informatique↔ compare
Appel de variantsBio-informatique↔ compare

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Référencée par

Appel de pics par ChIP-seq bayésien Appel de pics différentiels par ChIP-seq Étude différentielle d'association à l'échelle de l'épigénome Étude d'association pangénomique épigénétique (EWAS)Détection de pics ChIP-seq assistée par apprentissage automatique Analyse multi-omique de cellules uniques par ARNm Analyse de l'expression différentielle par RNA-seq Alignement de séquences Appel de pics ChIP-seq unicellulaire Appel de pics ChIP-seq en séries temporelles

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