Appel de pics ChIP-seq en séries temporelles — Profilage chromatine temporel
L'appel de pics ChIP-seq en séries temporelles étend l'analyse standard de la chromatine par immunoprécipitation avec séquençage à des échantillons collectés à plusieurs points temporels. En identifiant et en comparant les pics de liaison protéine-ADN sur une dimension temporelle, la méthode révèle comment l'occupation des facteurs de transcription, les modifications d'histones ou la liaison des remodelers de chromatine évoluent au cours de processus biologiques tels que la différenciation, les cycles circadiens ou la réponse à un stimulus.
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Sources
- Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., ... & Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗
- Haiminen, N., Karlebach, G., Kharchenko, P. V., & Lähdesmäki, H. (2018). TimeChIP: time-series peak calling for ChIP-seq data. Bioinformatics, 34(24), 4161–4167. link ↗
Comment citer cette page
ScholarGate. (2026, June 3). Time-series Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/time-series-chip-seq-peak-calling
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- Analyse ATAC-seqGénétique↔ comparer
- Appel de pics ChIP-seqBio-informatique↔ comparer
- Étude d'association pangénomique épigénétique (EWAS)Bio-informatique↔ comparer
- Analyse de l'expression différentielle par RNA-seqBio-informatique↔ comparer
- Analyse d'expression différentielle de l'ARNseq en série temporelleBio-informatique↔ comparer
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