Giải thích và Báo cáo Kết quả

Giải thích và báo cáo là bước chuyển đổi dữ liệu di truyền thô thành một tuyên bố có thể sử dụng lâm sàng. Các alen được phát hiện được đặt tên, kết hợp thành một kiểu gen dị hợp tử (diplotype), và được chuyển đổi thành một kiểu hình dự đoán, chẳng hạn như loại chuyển hóa; kiểu hình đó sau đó được truyền đạt trong một báo cáo sử dụng các thuật ngữ tiêu chuẩn hóa. Vì cách diễn đạt không nhất quán trước đây đã khiến các báo cáo dược lý di truyền khó so sánh và khó hành động, nên thuật ngữ đồng thuận và các quy tắc chuyển đổi là trọng tâm của chủ đề này.

Definition

Giải thích và báo cáo kết quả dược lý di truyền là quá trình chuyển đổi các alen được phát hiện thành một kiểu gen dị hợp tử (diplotype) và một kiểu hình đáp ứng thuốc dự đoán, sau đó truyền đạt kiểu hình đó trong một báo cáo lâm sàng sử dụng thuật ngữ tiêu chuẩn hóa, dựa trên sự đồng thuận.

Scope

Mục này bao gồm việc chuyển đổi kiểu gen thành kiểu hình, các loại kiểu hình tiêu chuẩn hóa được sử dụng để mô tả đáp ứng thuốc, thuật ngữ đồng thuận cho các kết quả dược lý di truyền lâm sàng, và lý do tại sao việc tiêu chuẩn hóa lại quan trọng đối với sự rõ ràng giữa các phòng thí nghiệm và hệ thống hỗ trợ quyết định. Nó sử dụng việc chuyển đổi CYP2D6 làm trường hợp minh họa cho sự phức tạp liên quan. Đây là một mô tả tham khảo về thực hành giải thích và báo cáo, không phải là hướng dẫn để hành động dựa trên bất kỳ kết quả cụ thể nào.

Core questions

• Kiểu gen được chuyển đổi thành kiểu hình dự đoán như thế nào?
• Những thuật ngữ tiêu chuẩn hóa nào mô tả các kiểu hình đáp ứng thuốc, và tại sao chúng lại được thống nhất?
• Tại sao thuật ngữ nhất quán lại quan trọng giữa các phòng thí nghiệm và hệ thống?
• Điều gì làm cho việc chuyển đổi đối với các gen như CYP2D6 đặc biệt phức tạp?

Key concepts

• Lắp ráp kiểu gen dị hợp tử (Diplotype assembly)
• Chuyển đổi kiểu gen thành kiểu hình
• Các loại kiểu hình chuyển hóa
• Thuật ngữ kết quả tiêu chuẩn hóa
• Điểm hoạt động cho các gen phức tạp
• Sự rõ ràng và khả năng so sánh của báo cáo

Mechanisms

Sau khi một phòng thí nghiệm phát hiện các biến thể, các alen được đặt tên bằng danh pháp alen sao và kết hợp thành một kiểu gen dị hợp tử (diplotype) (Gaedigk et al., 2017). Kiểu gen dị hợp tử được ánh xạ tới một kiểu hình dự đoán, thường được thể hiện dưới dạng loại chuyển hóa, sử dụng các quy tắc chuyển đổi đồng thuận; đối với các gen phức tạp như CYP2D6, một phương pháp điểm hoạt động sẽ tổng hợp các đóng góp chức năng của từng alen trước khi gán một kiểu hình (Caudle et al., 2019). Kiểu hình dự đoán sau đó được báo cáo bằng các thuật ngữ tiêu chuẩn hóa đã được các hiệp hội đồng ý để cùng một kiểu gen tạo ra cùng một ngôn ngữ mô tả bất kể phòng thí nghiệm nào (Caudle et al., 2017). Thuật ngữ tiêu chuẩn hóa và các quy tắc chuyển đổi cho phép các hệ thống hỗ trợ quyết định hạ nguồn diễn giải các báo cáo một cách nhất quán và giảm sự mơ hồ cho các bác sĩ lâm sàng (Roden, 2019).

Clinical relevance

Việc giải thích rõ ràng, tiêu chuẩn hóa cho phép người đọc hiểu một báo cáo dược lý di truyền đang khẳng định điều gì về đáp ứng thuốc dự đoán và mức độ tự tin. Việc đánh giá cách một kiểu gen trở thành một kiểu hình được báo cáo là một phần của việc đánh giá các báo cáo đó. Mục này giải thích quy trình báo cáo và thuật ngữ; nó không giải thích bất kỳ kết quả cá nhân nào hoặc chuyển đổi một kiểu hình thành một quyết định kê đơn hoặc liều lượng.

Evidence & guidelines

Thuật ngữ đồng thuận cho các kết quả xét nghiệm dược lý di truyền lâm sàng đã được Hiệp hội Thực hiện Dược lý Di truyền Lâm sàng (Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium) thiết lập để hài hòa cách các kiểu hình được báo cáo (Caudle et al., 2017), và các khuyến nghị chung của CPIC và Nhóm Công tác Dược lý Di truyền Hà Lan đã tiêu chuẩn hóa việc chuyển đổi kiểu gen thành kiểu hình cho CYP2D6 (Caudle et al., 2019). Các định nghĩa alen làm nền tảng cho các chuyển đổi này được quản lý bởi Hiệp hội Biến thể Dược lý Gen (Pharmacogene Variation Consortium) (Gaedigk et al., 2017). Đây là các khung tiêu chuẩn hóa, không phải lời khuyên lâm sàng cá nhân hóa.

History

Các báo cáo dược lý di truyền ban đầu rất khác nhau về cách mô tả các kiểu hình, điều này cản trở việc so sánh và hỗ trợ quyết định. Để giải quyết vấn đề này, Hiệp hội Thực hiện Dược lý Di truyền Lâm sàng đã công bố các thuật ngữ đồng thuận cho các kết quả xét nghiệm dược lý di truyền lâm sàng vào năm 2017 (Caudle et al., 2017), và một nỗ lực chung với Nhóm Công tác Dược lý Di truyền Hà Lan sau đó đã tiêu chuẩn hóa việc chuyển đổi cho gen CYP2D6 khó khăn (Caudle et al., 2019). Những nỗ lực này, được xây dựng trên danh pháp alen do hiệp hội quản lý (Gaedigk et al., 2017), đã làm cho việc báo cáo trở nên đồng nhất hơn trong lĩnh vực này.

Debates

Tiêu chuẩn hóa các loại kiểu hình cho các gen phức tạp

Việc gán một kiểu hình duy nhất cho các gen có tính biến đổi cao như CYP2D6 là khó khăn, và sự đồng thuận về ngưỡng điểm hoạt động và ranh giới kiểu hình đòi hỏi sự hài hòa rõ ràng giữa các khung chính.

Key figures

• Kelly E. Caudle
• Andrea Gaedigk
• Michelle Whirl-Carrillo
• James M. Hoffman

Seminal works

• caudle-2017
• caudle-2019
• gaedigk-2017

Frequently asked questions

Kiểu hình chuyển hóa là gì?

Đó là một loại dự đoán mô tả cách một người được mong đợi sẽ xử lý một số loại thuốc nhất định dựa trên kiểu gen của họ, chẳng hạn như người chuyển hóa kém, trung gian, bình thường hoặc siêu nhanh; đó là một dự đoán bắt nguồn từ kết quả di truyền, không phải là một phép đo trực tiếp nồng độ thuốc.

Tại sao thuật ngữ tiêu chuẩn hóa lại quan trọng?

Các thuật ngữ nhất quán đảm bảo rằng cùng một kiểu gen được mô tả theo cùng một cách giữa các phòng thí nghiệm và hệ thống hỗ trợ quyết định, giảm sự mơ hồ và làm cho các báo cáo dễ so sánh và hành động phù hợp hơn.