Nuôi cấy và Phân lập Nấm

Nuôi cấy nấm là thực hành nuôi cấy nấm từ mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân trên môi trường nhân tạo để có thể thu hồi, kiểm tra, định danh và thử nghiệm một sinh vật sống. Mặc dù thời gian trả kết quả chậm hơn so với các phương pháp phát hiện trực tiếp, nuôi cấy vẫn là một tiêu chuẩn tham chiếu vì nó cung cấp một chủng phân lập sống để định danh loài chính xác và thử nghiệm tính nhạy cảm với thuốc kháng nấm.

Definition

Nuôi cấy và phân lập nấm là tập hợp các kỹ thuật xét nghiệm nhằm thu hồi nấm sống từ vật liệu lâm sàng bằng cách cấy vào môi trường chọn lọc hoặc tăng sinh trong điều kiện thuận lợi cho sự phát triển của nấm, tạo ra một chủng phân lập thuần khiết để định danh và thử nghiệm thêm.

Scope

Chủ đề này bao gồm các nguyên tắc thu hồi nấm từ các mẫu bệnh phẩm lâm sàng: môi trường chọn lọc và tăng sinh, điều kiện ủ, sự phân biệt giữa nấm men và nấm mốc trong nuôi cấy, và cách một chủng phân lập thuần khiết hỗ trợ định danh bằng hình thái học, khối phổ hoặc giải trình tự. Nó coi nuôi cấy là một phương pháp xét nghiệm và không đưa ra các quy trình thu thập mẫu hoặc hướng dẫn điều trị.

Core questions

• Môi trường và điều kiện ủ nào tốt nhất để thu hồi nấm nghi ngờ trong một mẫu bệnh phẩm nhất định?
• Làm thế nào để phân biệt một chủng phân lập có ý nghĩa lâm sàng với sự nhiễm bẩn từ môi trường?
• Khi nào một định danh dựa trên nuôi cấy cần được xác nhận bằng giải trình tự hoặc khối phổ?
• Giới hạn về độ nhạy của nuôi cấy trong bệnh nấm xâm lấn là gì?

Key concepts

• Môi trường chọn lọc và tăng sinh (ví dụ: thạch Sabouraud)
• Sự phát triển của nấm men so với nấm mốc
• Nhiệt độ và thời gian ủ
• Chủng phân lập thuần khiết và cấy truyền
• Nhiễm bẩn so với tác nhân gây bệnh thực sự
• Nuôi cấy làm cơ chất để thử nghiệm tính nhạy cảm
• Định danh đa pha của chủng phân lập

Mechanisms

Các mẫu được cấy vào môi trường được pha chế để hỗ trợ sự phát triển của nấm đồng thời ức chế vi khuẩn cạnh tranh, điển hình là thạch Sabouraud dextrose, đôi khi có thêm chất kháng khuẩn hoặc chất chọn lọc. Các đĩa và ống nghiệm được ủ, thường trong thời gian dài vì nhiều loại nấm phát triển chậm, và ở nhiệt độ được chọn để bộc lộ tính lưỡng hình hoặc khả năng chịu nhiệt. Sau đó, sự phát triển được đánh giá: nấm men tạo thành các khuẩn lạc dạng bột nhão, trong khi nấm mốc tạo ra các khuẩn lạc dạng sợi, thường có màu sắc, mà hình thái đại thể và vi thể của chúng hướng dẫn việc định danh. Chủng phân lập thuần khiết mà nuôi cấy cung cấp là cơ chất để xác nhận loài bằng hình thái học, khối phổ MALDI-TOF hoặc giải trình tự DNA, và để đo lường tính nhạy cảm với thuốc kháng nấm. Vì các sinh vật sống có thể thưa thớt, nuôi cấy có thể không nhạy trong các bệnh nhiễm trùng sâu hoặc đã được điều trị, đó là lý do tại sao nó được diễn giải cùng với các phương pháp trực tiếp và phân tử.

Clinical relevance

Nuôi cấy là nền tảng cho phần lớn cách các tác nhân gây bệnh nấm được xác nhận và đặt tên, và một kết quả nuôi cấy dương tính từ một vị trí bình thường vô trùng có ý nghĩa chẩn đoán đặc biệt trong các định nghĩa đồng thuận về bệnh nấm xâm lấn. Mục này mô tả phương pháp và giá trị diễn giải của nó; đây là tài liệu tham khảo về cách thu được các chủng phân lập và không phải là hướng dẫn xử lý mẫu hoặc quản lý bệnh nhân.

Evidence & guidelines

Các khuyến nghị thực hành tốt nhất từ Hiệp hội Nấm học Y khoa Anh và các định nghĩa đồng thuận EORTC/MSGERC mô tả vai trò của nuôi cấy trong số các phương pháp chẩn đoán, bao gồm tầm quan trọng của nó khi nấm được thu hồi từ các vị trí vô trùng và tính không nhạy cảm đã biết của nó trong một số bệnh nhiễm trùng xâm lấn. Các tập bản đồ tham khảo phân loại hình thái khuẩn lạc và vi thể được sử dụng để định danh các chủng phân lập.

History

Nuôi cấy trên môi trường xác định là công cụ nền tảng của nấm học y khoa, với thạch Sabouraud dextrose, được giới thiệu vào đầu thế kỷ XX, trở thành cơ chất tiêu chuẩn để thu hồi và định danh nấm. Trong phần lớn thế kỷ, việc định danh dựa trên hình thái khuẩn lạc và vi thể đọc từ nuôi cấy, và mãi sau này khối phổ và giải trình tự mới bổ sung độ chính xác cho việc định danh chủng phân lập được nuôi cấy.

Seminal works

• schelenz-2015
• dehoog-2020

Frequently asked questions

Tại sao nuôi cấy nấm thường mất nhiều thời gian?

Nhiều loại nấm mốc quan trọng về mặt y tế và một số loại nấm men phát triển chậm, vì vậy các mẫu nuôi cấy có thể được giữ trong nhiều ngày đến vài tuần để cho phép phát triển có thể nhìn thấy và định danh đáng tin cậy, đây là một lý do tại sao các phương pháp trực tiếp và phân tử nhanh hơn được sử dụng song song với nuôi cấy.

Một kết quả nuôi cấy nấm dương tính có luôn có nghĩa là nhiễm trùng không?

Không nhất thiết. Nấm phổ biến trong môi trường và trên bề mặt cơ thể, vì vậy một kết quả nuôi cấy dương tính phải được diễn giải trong ngữ cảnh; việc thu hồi từ một vị trí bình thường vô trùng có ý nghĩa hơn nhiều so với từ một mẫu bị nhiễm bẩn hoặc bị khuẩn lạc hóa.