Định danh nấm và Kháng nấm đồ

Định danh nấm và kháng nấm đồ là các phương pháp xét nghiệm phát hiện và định danh các loại nấm men và nấm mốc gây nhiễm trùng ở người, đồng thời đo lường mức độ nhạy cảm của chúng với các tác nhân kháng nấm. Chẩn đoán nấm học kết hợp kính hiển vi và nuôi cấy với phát hiện kháng nguyên và kháng thể, các phương pháp phân tử và định danh bằng proteomics, đồng thời bổ sung xét nghiệm độ nhạy cảm in vitro đối với các tác nhân kháng nấm.

Definition

Định danh nấm là việc xác định loài nấm men hoặc nấm mốc từ một mẫu bệnh phẩm lâm sàng trong phòng thí nghiệm, bằng các phương pháp kính hiển vi, nuôi cấy, huyết thanh học, phân tử hoặc proteomics; kháng nấm đồ là phép đo in vitro về độ nhạy cảm của một chủng nấm phân lập đối với các tác nhân kháng nấm.

Scope

Mục này bao gồm kính hiển vi trực tiếp và nuôi cấy, phát hiện kháng nguyên và kháng thể (huyết thanh học), định danh nấm bằng phương pháp axit nucleic và proteomics, và kháng nấm đồ với các điểm cắt giải thích. Mục này đề cập đến chúng như các phương pháp xét nghiệm và không cung cấp lựa chọn hoặc liều lượng thuốc kháng nấm cho bệnh nhân.

Core questions

• Có nấm trong mẫu bệnh phẩm này không, và đó là loài nào?
• Những phương pháp nào – kính hiển vi, nuôi cấy, phát hiện kháng nguyên hoặc kháng thể, xét nghiệm phân tử, hoặc phổ khối – phát hiện và định danh nó tốt nhất?
• Chủng phân lập có nhạy cảm với các tác nhân kháng nấm liên quan không, và điều đó được đo lường và giải thích như thế nào?
• Giới hạn của chẩn đoán nấm về độ nhạy, tốc độ và tiêu chuẩn hóa là gì?

Key concepts

• Kính hiển vi trực tiếp (KOH, calcofluor, mô bệnh học)
• Nuôi cấy và hình thái nấm
• Phát hiện kháng nguyên (ví dụ: galactomannan, kháng nguyên cryptococcal, beta-D-glucan)
• Xét nghiệm kháng thể (huyết thanh học)
• Định danh phân tử và proteomics
• Phổ khối MALDI-TOF của nấm
• Kháng nấm đồ và các điểm cắt
• Nấm men so với nấm mốc

Mechanisms

Chẩn đoán nấm học phát hiện nấm bằng cách quan sát chúng trong các mẫu bệnh phẩm bằng thuốc nhuộm và kính hiển vi, bằng cách nuôi cấy chúng và đọc hình thái khuẩn lạc và hình thái hiển vi, và bằng các phương pháp không phụ thuộc nuôi cấy. Các xét nghiệm kháng nguyên phát hiện các thành phần vách tế bào hoặc vỏ nấm lưu hành, trong khi các xét nghiệm kháng thể phát hiện phản ứng của vật chủ; cùng với các xét nghiệm phân tử và định danh bằng proteomics, những phương pháp này mở rộng khả năng phát hiện đến các sinh vật phát triển chậm hoặc khó nuôi cấy (Kozel & Wickes, 2014). Định danh cấp độ loài ngày càng sử dụng phổ khối MALDI-TOF, đối chiếu phổ protein của một chủng nấm phân lập với cơ sở dữ liệu tham chiếu (Clark et al., 2013). Kháng nấm đồ sau đó đo hoạt tính ức chế của các tác nhân kháng nấm đối với một chủng phân lập và giải thích nó dựa trên các điểm cắt; việc tiêu chuẩn hóa xét nghiệm này và liên hệ nó với kết quả điều trị đã là một nỗ lực không ngừng (Rex & Pfaller, 2002). Các hướng dẫn chuyên môn đặt các phương pháp xét nghiệm này trong bối cảnh đánh giá chẩn đoán rộng hơn về bệnh nấm (Pappas et al., 2016).

Clinical relevance

Kết quả định danh nấm và độ nhạy cảm góp phần vào lập luận lâm sàng về nhiễm nấm xâm lấn và bề mặt, đồng thời cung cấp thông tin cho việc quản lý các tác nhân kháng nấm. Mục này mô tả cách các kết quả xét nghiệm đó được tạo ra và giải thích; đây là tài liệu tham khảo và không phải là cơ sở để lựa chọn hoặc định liều liệu pháp kháng nấm cho một cá nhân, điều này được giải quyết bởi các hướng dẫn lâm sàng và đội ngũ điều trị.

Epidemiology

Chẩn đoán nấm học hỗ trợ giám sát các tác nhân gây bệnh nấm và sự kháng thuốc kháng nấm mới nổi, bao gồm sự thay đổi các loài gây ra các bệnh nhiễm trùng như bệnh nấm Candida. Các tài liệu hướng dẫn phản ánh cách chẩn đoán xét nghiệm và dữ liệu độ nhạy cảm cung cấp thông tin cho việc quản lý ở cấp độ quần thể và cá nhân (Pappas et al., 2016).

History

Chẩn đoán nấm học từ lâu đã phụ thuộc vào kính hiển vi và nuôi cấy chậm với định danh hình thái. Các xét nghiệm kháng nguyên và kháng thể, sau đó là các phương pháp phân tử và proteomics, đã mở rộng và tăng tốc độ phát hiện (Kozel & Wickes, 2014), trong khi kháng nấm đồ đã phát triển từ một công cụ nghiên cứu thành một xét nghiệm lâm sàng tiêu chuẩn hóa trong suốt cuối thế kỷ XX và đầu thế kỷ XXI (Rex & Pfaller, 2002).

Seminal works

• kozel-2014
• rex-2002
• pappas-2016

Frequently asked questions

Làm thế nào để phát hiện nấm khi nuôi cấy chậm hoặc âm tính?

Các phòng thí nghiệm sử dụng các phương pháp không phụ thuộc nuôi cấy – xét nghiệm kháng nguyên (như kháng nguyên cryptococcal, galactomannan, hoặc beta-D-glucan), xét nghiệm kháng thể và xét nghiệm phân tử – để phát hiện nấm phát triển chậm hoặc không thể nuôi cấy từ một mẫu bệnh phẩm nhất định (Kozel & Wickes, 2014).

Kháng nấm đồ là gì?

Đây là phép đo in vitro về việc liệu một tác nhân kháng nấm có ức chế một chủng nấm phân lập hay không, được giải thích dựa trên các điểm cắt. Việc tiêu chuẩn hóa xét nghiệm này và liên kết nó với kết quả lâm sàng đã là một quá trình dần dần (Rex & Pfaller, 2002).