ScholarGate
Асистент
Process / pipelineBioinformatics / omics

Пікове викликування ChIP-seq — Пікове викликування секвенування імунопреципітації хроматину

Пікове викликування ChIP-seq — це обчислювальний конвеєр, який ідентифікує геномні регіони, де збагачений цільовий білок — фактор транскрипції або модифікація гістону — на основі даних секвенування з експериментів імунопреципітації хроматину. Він перетворює сирі дані секвенування на набір ділянок зв'язування або модифікації з високою достовірністю по всьому геному, що дозволяє проводити подальший аналіз регуляції генів, стану хроматину та епігенетичних механізмів.

Відкрити у MethodMindНезабаромВідеоНезабаромDownload slides

Читати метод повністю

Лише для учасників

Увійдіть із безкоштовним обліковим записом, щоб прочитати цей розділ.

Увійти

Method map

The neighbourhood of related methods — select a node to explore.

Пікове викликування ChIP-seq
Аналіз ATAC-seqЕпігеномне повногеномне…Аналіз диференційної екс…Вирівнювання послідовнос…Аналіз одноклітинної РНК…Виявлення варіантівБайєсівський ChIP-seq пі…Диференціальний пік-колі…Диференційне епігеномно-…Виявлення піків ChIP-seq…

+3 more

Джерела

  1. Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
  2. Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Як цитувати цю сторінку

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/uk/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Which method?

Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.

Compare side by side →

Згадується в

Байєсівський ChIP-seq пік-колінгДиференціальний пік-колінг ChIP-seqДиференційне епігеномно-широке асоціативне дослідженняЕпігеномне повногеномне дослідження асоціацій (EWAS)Виявлення піків ChIP-seq за допомогою машинного навчанняМультиоміксний одноклітинний аналіз РНК-секвенуванняАналіз диференційної експресії генів методом RNA-seqВирівнювання послідовностейВизначення піків ChIP-seq на рівні окремих клітинВизначення піків ChIP-seq часових рядів

Помітили помилку на цій сторінці? Повідомте про неї або запропонуйте виправлення →

ScholarGate — ChIP-seq Peak Calling (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling). Отримано 2026-06-15 з https://scholargate.app/uk/bioinformatics/chip-seq-peak-calling · Набір даних: https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026