Process / pipelineBioinformatics / omics

ChIP-seq Peak Calling — Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling

ChIP-seq peak calling er en beregningspipeline som identifiserer genomiske regioner hvor et protein av interesse — en transkripsjonsfaktor eller histonmodifikasjon — er beriket, basert på sekvenseringsavlesninger fra kromatinimmunutfellingsforsøk. Den konverterer rå sekvenseringsdata til et sett med høyt pålitelige bindings- eller modifikasjonssteder i hele genomet, noe som muliggjør nedstrømsanalyse av genregulering, kromatinstatus og epigenetiske mekanismer.

Åpne i MethodMindSnartVideoSnartLast ned lysbilder

Les hele metoden

Kun for medlemmer

Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.

Logg inn

Metodekart

Nabolaget av beslektede metoder — velg en node for å utforske.

ChIP-seq Peak Calling

ATAC-seq-analyse Epigenom-vid assosiasjon…RNA-seq differensialuttr…Sekvensjustering Analyse av enkeltcelle-R…Variant Calling Bayesiansk ChIP-seq topp…Differensiell ChIP-seq P…Differensiell Epigenom-V…Maskinlæringsassistert C…

+3 til

Kilder

Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗

Slik siterer du denne siden

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Hvilken metode?

Sett denne metoden ved siden av sin nærmeste slektning og les dem side om side — biblioteket legger bøkene på bordet; valget er ditt.

ATAC-seq-analyseGenetikk↔ sammenlign
Epigenom-vid assosiasjonsstudie (EWAS)Bioinformatikk↔ sammenlign
RNA-seq differensialuttrykkBioinformatikk↔ sammenlign
SekvensjusteringBioinformatikk↔ sammenlign
Analyse av enkeltcelle-RNA-sekvensering (scRNA-seq)Bioinformatikk↔ sammenlign
Variant CallingBioinformatikk↔ sammenlign

Sammenlign side om side →

Referert av

Bayesiansk ChIP-seq toppkalling Differensiell ChIP-seq Peak Calling Differensiell Epigenom-Vid Assosiasjonsstudie Epigenom-vid assosiasjonsstudie (EWAS)Maskinlæringsassistert ChIP-seq toppkalling Analyse av multiomikk-data fra enkeltceller RNA-seq differensialuttrykk Sekvensjustering Toppkalling for encelle-ChIP-seq – epigenomisk profilering med scChIP-seq Tidsserie-ChIP-seq-toppkalling

Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →