Toppkalling for encelle-ChIP-seq – epigenomisk profilering med scChIP-seq
Toppkalling for encelle-ChIP-seq er en bioinformatikk-pipeline som identifiserer genomiske regioner anriket for histonmodifikasjoner eller transkripsjonsfaktorbinding i individuelle celler. Ved å profilere kromatin-tilstander med encelleoppløsning, avslører den epigenomisk heterogenitet som er skjult i bulk-ChIP-seq-eksperimenter, noe som gjør det mulig for forskere å kartlegge regulatoriske landskap på tvers av distinkte cellepopulasjoner innenfor en kompleks vevsprøve.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Metodekart
Nabolaget av beslektede metoder — velg en node for å utforske.
Kilder
- Grosselin, K., Durand, A., Marsolier, J., Poitou, A., Marangoni, E., Nemati, F., ... & Vallot, C. (2019). High-throughput single-cell ChIP-seq identifies heterogeneity of chromatin states in breast cancer. Nature Genetics, 51(6), 1060-1066. link ↗
- Ku, W. L., Nakamura, K., Gao, W., Cui, K., Hu, G., Tang, Q., ... & Zhao, K. (2019). Single-cell chromatin immunocleavage sequencing (scChIC-seq) to profile histone modification. Nature Methods, 16(4), 323-325. link ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/single-cell-chip-seq-peak-calling
Hvilken metode?
Sett denne metoden ved siden av sin nærmeste slektning og les dem side om side — biblioteket legger bøkene på bordet; valget er ditt.
- ChIP-seq Peak CallingBioinformatikk↔ sammenlign
- Epigenom-vid assosiasjonsstudie (EWAS)Bioinformatikk↔ sammenlign
- Single-cell epigenome-wide association study (scEWAS)Bioinformatikk↔ sammenlign
- Analyse av enkeltcelle-RNA-sekvensering (scRNA-seq)Bioinformatikk↔ sammenlign
- Enkeltcelle sekvensjusteringBioinformatikk↔ sammenlign
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →