ATAC-seq-analyse
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) er en metode for å profilere landskapet av kromatin-tilgjengelighet i hele genomet. Utviklet av Buenrostro og kolleger i 2013, bruker ATAC-seq hyperaktiv transposase for å merke åpne, tilgjengelige kromatinregioner, noe som muliggjør rask og sensitiv identifisering av regulerende DNA-elementer. ATAC-seq har blitt en standardteknikk for å karakterisere genregulerende landskap, oppdage cellespesifikke regulerende elementer og utlede genregulerende nettverk.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Kilder
- Buenrostro, J. D., Giresi, P. G., Zaba, L. C., Chang, H. Y., & Greenleaf, W. J. (2013). Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of cell populations and tissues. Nature Methods, 10(12), 1213–1218. link ↗
- Corces, M. R., Buenrostro, J. D., Wu, B., Greenside, P. G., Chan, S. M., Koenig, J. L., & Greenleaf, W. J. (2017). Lineage-specific and single-cell chromatin accessibility charts human hematopoiesis. Nature Genetics, 48(10), 1193–1203. DOI: 10.1038/ng.3646 ↗
- Satpathy, A. T., Granja, J. M., Yost, K. E., Qi, Y., Meschi, F., McDermott, G. P., & Chang, H. Y. (2019). Massively parallel single-cell chromatin landscapes. Nature Biotechnology, 37(12), 1452–1462. link ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). ATAC-seq Analysis for Chromatin Accessibility and Regulatory Landscapes. ScholarGate. https://scholargate.app/no/genetics/atac-seq-analysis
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Hi-C-analyseGenetikk↔ compare
- RNA VelocityGenetikk↔ compare
Referert av
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →