結果の解釈と報告

解釈と報告は、生データである遺伝子データを臨床的に利用可能な情報に変換する段階です。検出されたアレルは命名され、ジプロタイプに結合され、代謝能カテゴリーなどの予測される表現型に変換されます。その後、その表現型は標準化された用語を用いて報告書で伝達されます。かつては一貫性のない表現が薬理ゲノム報告書の比較や活用を困難にしていたため、コンセンサスに基づく用語と変換規則がこのトピックの中心となります。

Definition

薬理ゲノム結果の解釈と報告とは、検出されたアレルをジプロタイプおよび予測される薬物応答表現型に変換し、その後、その表現型を標準化されたコンセンサスに基づく用語を用いて臨床報告書で伝達するプロセスです。

Scope

この項目では、遺伝子型から表現型への変換、薬物応答を記述するために使用される標準化された表現型カテゴリー、臨床薬理遺伝学の結果に関するコンセンサス用語、および検査機関や意思決定支援システム全体で標準化が明確さのために重要である理由について説明します。CYP2D6の変換を、関連する複雑さの例として用います。これは解釈と報告の実践に関する参照記述であり、特定のいかなる結果に基づいて行動するためのガイドではありません。

Core questions

• 遺伝子型はどのように予測される表現型に変換されますか？
• 薬物応答表現型を記述する標準化された用語は何ですか、そしてなぜそれらが合意されたのですか？
• なぜ一貫した用語が検査機関やシステム全体で重要なのでしょうか？
• CYP2D6のような遺伝子の変換を特に複雑にする要因は何ですか？

Key concepts

• ジプロタイプのアセンブリ
• 遺伝子型から表現型への変換
• 代謝能表現型カテゴリー
• 標準化された結果用語
• 複雑な遺伝子の活性スコア
• 報告書の明確性と比較可能性

Mechanisms

検査機関がバリアントを検出した後、アレルはスターアレル命名法を用いて命名され、ジプロタイプに結合されます（Gaedigk et al., 2017）。ジプロタイプは、コンセンサスに基づく変換規則を用いて、しばしば代謝能カテゴリーとして表現される予測表現型にマッピングされます。CYP2D6のような複雑な遺伝子の場合、表現型を割り当てる前に各アレルの機能的寄与を合計する活性スコアアプローチが用いられます（Caudle et al., 2019）。その後、予測された表現型は、コンソーシアムによって合意された標準化された用語を用いて報告され、これにより、同じ遺伝子型が検査機関に関わらず同じ記述的言語をもたらします（Caudle et al., 2017）。標準化された用語と変換規則は、下流の意思決定支援システムが報告書を一貫して解釈し、臨床医にとっての曖昧さを軽減することを可能にします（Roden, 2019）。

Clinical relevance

明確で標準化された解釈により、読者は薬理ゲノム報告書が予測される薬物応答について何を主張しているのか、そしてどの程度の確信度で主張しているのかを理解できます。遺伝子型がどのように報告される表現型になるかを理解することは、そのような報告書を評価する上で不可欠です。この項目は報告プロセスと用語を説明するものであり、個々の結果を解釈したり、表現型を処方や投与量の決定に変換したりするものではありません。

Evidence & guidelines

臨床薬理遺伝学的検査結果に関するコンセンサス用語は、表現型の報告方法を調和させるためにClinical Pharmacogenetics Implementation Consortiumによって確立され（Caudle et al., 2017）、CPICとDutch Pharmacogenetics Working Groupの共同勧告により、CYP2D6の遺伝子型から表現型への変換が標準化されました（Caudle et al., 2019）。これらの変換の基礎となるアレル定義は、Pharmacogene Variation Consortiumによってキュレーションされています（Gaedigk et al., 2017）。これらは標準化の枠組みであり、個別化された臨床的助言ではありません。

History

初期の薬理ゲノム報告書は、表現型の記述方法が大きく異なっており、比較や意思決定支援を妨げていました。これに対処するため、Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortiumは2017年に臨床薬理遺伝学的検査結果に関するコンセンサス用語を発表し（Caudle et al., 2017）、その後、Dutch Pharmacogenetics Working Groupとの共同作業により、困難なCYP2D6遺伝子の変換が標準化されました（Caudle et al., 2019）。コンソーシアムによってキュレーションされたアレル命名法（Gaedigk et al., 2017）に基づいたこれらの取り組みにより、この分野全体での報告がより均一になりました。

Debates

複雑な遺伝子の表現型カテゴリーの標準化

CYP2D6のような高度に多様な遺伝子に単一の表現型を割り当てることは困難であり、活性スコアの閾値と表現型の境界に関するコンセンサスは、主要な枠組み間の明確な調和を必要としました。

Key figures

• Kelly E. Caudle
• Andrea Gaedigk
• Michelle Whirl-Carrillo
• James M. Hoffman

Seminal works

• caudle-2017
• caudle-2019
• gaedigk-2017

Frequently asked questions

代謝能表現型とは何ですか？

それは、遺伝子型に基づいて、ある人が特定の薬物をどのように処理すると予想されるかを記述する予測カテゴリーであり、例えば、poor、intermediate、normal、またはultrarapid metabolizerなどがあります。これは遺伝子結果から導き出される予測であり、薬物レベルの直接的な測定ではありません。

なぜ標準化された用語が重要なのでしょうか？

一貫した用語は、同じ遺伝子型が検査機関や意思決定支援システム全体で同じ方法で記述されることを保証し、曖昧さを減らし、報告書を比較し、適切に行動することを容易にします。