Identifikasi dan Resistansi Mikobakteri

Identifikasi mikobakteri dan pengujian resistansi adalah metode laboratorium yang digunakan untuk mendeteksi Mycobacterium tuberculosis dan mikobakteri lain, mengidentifikasinya hingga tingkat spesies, dan menentukan kerentanannya terhadap obat antimikobakteri. Karena mikobakteri tumbuh lambat, bidang ini menggabungkan mikroskopi dan kultur dengan uji molekuler cepat yang dapat mendeteksi organisme dan penanda resistansi utama.

Definition

Identifikasi mikobakteri adalah deteksi laboratorium dan identifikasi mikobakteri tingkat spesies dari spesimen klinis; pengujian resistansi adalah penentuan, dengan metode fenotipik atau molekuler, kerentanan isolat mikobakteri terhadap agen antimikobakteri.

Scope

Entri ini mencakup mikroskopi tahan asam, kultur mikobakteri, identifikasi spesies, pengujian kerentanan obat fenotipik dan molekuler, serta deteksi molekuler cepat resistansi seperti resistansi rifampisin pada tuberkulosis. Entri ini memperlakukan hal-hal tersebut sebagai metode laboratorium dan tidak menyediakan regimen atau dosis pengobatan.

Core questions

• Apakah mikobakteri ada dalam spesimen ini, dan apakah organisme tersebut Mycobacterium tuberculosis atau spesies nontuberkulosis?
• Metode apa saja – mikroskopi tahan asam, kultur, uji molekuler, atau identifikasi proteomik – yang mendeteksi dan mengidentifikasi mikobakteri?
• Apakah isolat resistan terhadap obat antimikobakteri utama, dan bagaimana hal itu ditentukan secara fenotipik atau molekuler?
• Bagaimana pertumbuhan mikobakteri yang lambat dan kecepatan uji molekuler membentuk alur kerja laboratorium?

Key concepts

• Mikroskopi tahan asam (Ziehl-Neelsen, auramin)
• Kultur mikobakteri (media padat dan cair)
• Kompleks Mycobacterium tuberculosis versus mikobakteri nontuberkulosis
• Pengujian kerentanan obat fenotipik
• Deteksi resistansi secara molekuler (misalnya resistansi rifampisin)
• Amplifikasi asam nukleat untuk deteksi langsung
• Uji probe garis dan berbasis kartrid
• Pertumbuhan lambat dan waktu penyelesaian

Mechanisms

Deteksi mikobakteri dimulai dengan mikroskopi tahan asam, yang mewarnai dinding sel yang kaya lipid, dan dengan kultur pada media padat atau cair yang, karena mikobakteri tumbuh lambat, dapat memakan waktu berminggu-minggu. Identifikasi spesies membedakan kompleks Mycobacterium tuberculosis dari mikobakteri nontuberkulosis menggunakan probe molekuler, sekuensing, atau metode proteomik seperti spektrometri massa (Clark et al., 2013). Pengujian kerentanan obat dilakukan secara fenotipik dengan pertumbuhan di hadapan obat atau, semakin sering, dengan deteksi molekuler mutasi terkait resistansi. Amplifikasi asam nukleat berbasis kartrid otomatis dapat mendeteksi M. tuberculosis dan resistansi rifampisin langsung dari spesimen dalam hitungan jam daripada berminggu-minggu yang dibutuhkan untuk pengujian berbasis kultur (Boehme et al., 2010), dan PCR waktu nyata secara lebih luas mendukung deteksi molekuler langsung di laboratorium (Espy et al., 2006). Tinjauan komprehensif menempatkan metode laboratorium ini dalam lanskap diagnostik dan pengawasan tuberkulosis yang lebih luas (Pai et al., 2016).

Clinical relevance

Mengidentifikasi mikobakteri dan mendeteksi resistansi obat menghasilkan informasi yang penting untuk penalaran klinis tentang tuberkulosis dan penyakit mikobakteri nontuberkulosis serta untuk pengendalian kesehatan masyarakat. Entri ini menjelaskan bagaimana hasil laboratorium tersebut dihasilkan dan apa yang membatasinya; ini adalah materi referensi dan tidak meresepkan regimen atau dosis antimikobakteri untuk individu.

Epidemiology

Pengujian laboratorium mikobakteri merupakan bagian integral dari pengendalian tuberkulosis: deteksi molekuler cepat organisme dan resistansi memperpendek jalur untuk mengenali tuberkulosis resistan obat dan menginformasikan pengawasan (Boehme et al., 2010). Tinjauan tuberkulosis menekankan peran diagnostik dalam epidemiologi global dan manajemen penyakit (Pai et al., 2016).

History

Diagnosis mikobakteri selama lebih dari satu abad bertumpu pada mikroskopi tahan asam dan kultur lambat, dengan pengujian kerentanan obat fenotipik ditambahkan kemudian. Pengenalan amplifikasi asam nukleat dan, terutama, uji berbasis kartrid otomatis yang mampu melaporkan M. tuberculosis dan resistansi rifampisin langsung dari sputum dalam hitungan jam menandai perubahan besar dalam praktik laboratorium (Boehme et al., 2010), yang ditempatkan dalam perluasan mikrobiologi molekuler yang lebih luas (Espy et al., 2006).

Seminal works

• boehme-2010
• pai-2016
• espy-2006

Frequently asked questions

Mengapa pengujian mikobakteri mengandalkan metode kultur dan molekuler?

Mikobakteri tumbuh lambat, sehingga identifikasi berbasis kultur dan pengujian kerentanan dapat memakan waktu berminggu-minggu. Uji molekuler mendeteksi organisme dan penanda resistansi utama, seperti resistansi rifampisin, langsung dari spesimen dalam hitungan jam, melengkapi kultur (Boehme et al., 2010).

Apa yang membedakan Mycobacterium tuberculosis dari mikobakteri nontuberkulosis di laboratorium?

Keduanya tahan asam, sehingga mikroskopi saja tidak dapat memisahkannya; identifikasi tingkat spesies menggunakan probe molekuler, sekuensing, atau metode proteomik untuk membedakan kompleks M. tuberculosis dari mikobakteri nontuberkulosis (Clark et al., 2013).