Metode Identifikasi Bakteri

Metode identifikasi bakteri menentukan spesies (dan terkadang galur) suatu organisme yang ditemukan di laboratorium. Metode ini bervariasi mulai dari mikroskop klasik dan pengujian biokimia hingga profil proteomik berbasis spektrometri massa, dan metode yang dipilih membentuk seberapa cepat dan akurat suatu patogen dapat dinamai.

Definition

Metode identifikasi bakteri adalah teknik laboratorium yang digunakan untuk menetapkan isolat yang ditemukan ke suatu takson, menggunakan karakteristik fenotipik, reaksi biokimia, profil proteomik, atau target molekuler.

Scope

Topik ini mencakup pendekatan fenotipik seperti pewarnaan Gram, morfologi koloni, dan reaksi biokimia; sistem identifikasi otomatis; dan spektrometri massa waktu terbang desorpsi/ionisasi laser berbantuan matriks (MALDI-TOF). Penentuan tipe galur untuk tujuan epidemiologi dicatat sebagai terkait. Entri ini bersifat metodologis dan tidak memberikan instruksi klinis untuk pasien individu.

Core questions

• Bagaimana metode fenotipik klasik mengidentifikasi bakteri?
• Bagaimana spektrometri massa MALDI-TOF mengidentifikasi organisme, dan apa batasannya?
• Kapan target molekuler digunakan sebagai pengganti, atau bersamaan dengan, metode fenotipik?

Key concepts

• Pewarnaan Gram dan mikroskop
• Morfologi koloni
• Profil biokimia dan metabolik
• Sistem identifikasi otomatis
• Spektrometri massa MALDI-TOF
• Basis data spektral protein
• Penentuan tipe galur

Mechanisms

Identifikasi fenotipik membaca sifat-sifat yang dapat diamati: reaksi pewarnaan Gram dan morfologi mikroskopis mempersempit kemungkinan, penampilan koloni menambah petunjuk, dan panel reaksi biokimia membedakan spesies berdasarkan kemampuan metabolisme mereka, seringkali diotomatisasi untuk throughput. Spektrometri massa MALDI-TOF sebaliknya menghasilkan spektrum massa protein, pada dasarnya sidik jari proteomik, dari suatu koloni dan mencocokkannya dengan basis data referensi, memberikan identifikasi tingkat spesies dalam hitungan menit setelah isolat tersedia; adopsinya secara substansial mempersingkat waktu identifikasi di laboratorium rutin (Seng 2009; Clark 2013). Jika fenotipe atau spektrum ambigu, target molekuler dapat menyelesaikan identitas. Setiap metode memiliki batasan, termasuk cakupan basis data dan ketidakmampuan untuk membedakan spesies tertentu yang berkerabat dekat (Clark 2013).

Clinical relevance

Identifikasi yang lebih cepat dan akurat menginformasikan bagaimana infeksi dikaitkan dengan organisme dan bagaimana surveilans dilakukan. Mengetahui batasan suatu metode menjelaskan mengapa beberapa spesies yang berkerabat dekat dilaporkan hanya pada tingkat kelompok, atau mengapa organisme yang tidak biasa mungkin memerlukan pengujian konfirmasi. Topik ini menjelaskan bagaimana hasil laboratorium dihasilkan dan bukan merupakan dasar untuk keputusan diagnostik atau pengobatan individu.

Evidence & guidelines

Studi komparatif dan tinjauan mendokumentasikan akurasi dan keuntungan waktu penyelesaian spektrometri massa MALDI-TOF untuk identifikasi bakteri rutin dan batasannya (Seng 2009; Clark 2013), sementara teks standar menjelaskan skema identifikasi fenotipik dan biokimia (Jorgensen 2015).

History

Identifikasi telah lama mengandalkan pewarnaan, mikroskop, dan panel biokimia yang dikembangkan sepanjang abad kedua puluh. Pengenalan klinis spektrometri massa MALDI-TOF sekitar tahun 2009 menandai pergeseran menuju identifikasi proteomik cepat di laboratorium rutin, melengkapi metode molekuler (Seng 2009; Clark 2013).

Seminal works

• seng-2009
• clark-2013

Frequently asked questions

Bagaimana spektrometri massa MALDI-TOF mengidentifikasi bakteri?

Ini menghasilkan spektrum massa protein karakteristik dari koloni bakteri dan membandingkannya dengan basis data referensi, menghasilkan identifikasi tingkat spesies dalam hitungan menit setelah isolat tersedia.

Apakah tes biokimia masih digunakan?

Ya; metode fenotipik dan biokimia tetap berguna, terutama di mana basis data spektrometri massa tidak lengkap atau di mana organisme harus dikarakterisasi di luar identifikasi spesies.