Diagnosis Laboratorium dan Teknik Kultur

Diagnosis laboratorium dan teknik kultur adalah metode yang digunakan oleh laboratorium mikrobiologi klinis untuk mendeteksi, menumbuhkan, dan mengidentifikasi bakteri penyebab infeksi. Area ini mengarahkan pembaca melalui jalur diagnostik lengkap, mulai dari bagaimana spesimen dikumpulkan dan diangkut hingga bagaimana organisme dikultur, dinamai, dan dikonfirmasi melalui metode fenotipik atau molekuler, bersama dengan sistem kualitas yang membuat hasil tersebut dapat dipercaya.

Definition

Diagnosis laboratorium dan teknik kultur meliputi metode analitik dan pra-analitik yang digunakan dalam bakteriologi klinis untuk memulihkan, mengidentifikasi, dan mengkarakterisasi patogen bakteri dari spesimen klinis, meliputi kultur, identifikasi fenotipik, deteksi molekuler, dan jaminan kualitas.

Scope

Area ini mengkaji komponen diagnosis bakteriologis sebagai alur kerja yang terhubung: pemilihan dan pemrosesan spesimen yang tepat, media kultur dan kondisi inkubasi yang memulihkan organisme, identifikasi fenotipik dan berbasis spektrometri massa, amplifikasi asam nukleat dan diagnostik molekuler lainnya, serta kontrol kualitas laboratorium. Ini membingkai konsep-konsep ini sebagai referensi untuk memahami bagaimana bukti laboratorium dihasilkan, bukan sebagai manual untuk memesan atau menafsirkan tes pada pasien individu.

Sub-topics

• Media Kultur Bakteri dan Kondisi Pertumbuhan
• Metode Identifikasi Bakteri
• Teknik Diagnostik Molekuler
• Kontrol Kualitas dalam Mikrobiologi
• Pengambilan dan Pemrosesan Spesimen

Core questions

• Bagaimana laboratorium memulihkan patogen bakteri dari spesimen klinis?
• Apa yang menentukan apakah organisme yang dikultur adalah patogen, kolonisator, atau kontaminan?
• Bagaimana bakteri diidentifikasi setelah dipulihkan, dan metode baru apa yang melengkapi atau menggantikan kultur?
• Sistem kualitas apa yang memastikan bahwa hasil mikrobiologi akurat dan dapat direproduksi?

Key concepts

• Fase pra-analitik, analitik, dan pasca-analitik
• Media kultur dan kondisi inkubasi
• Identifikasi fenotipik
• Spektrometri massa Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF)
• Pengujian amplifikasi asam nukleat
• Kualitas spesimen dan kontaminasi
• Kontrol kualitas laboratorium dan pengujian profisiensi

Mechanisms

Diagnosis bakteriologis berjalan sepanjang alur kerja yang validitasnya bergantung pada setiap langkah. Spesimen yang representatif dari lokasi infeksi dikumpulkan dan diangkut dalam kondisi yang mempertahankan organisme hidup, kemudian diinokulasi ke media dan diinkubasi dalam atmosfer yang sesuai untuk patogen yang dicurigai. Pertumbuhan diperiksa dan isolat diidentifikasi melalui reaksi fenotipik atau, semakin sering, melalui spektrometri massa MALDI-TOF; metode molekuler dapat mendeteksi organisme langsung dari spesimen tanpa kultur sebelumnya. Sepanjang proses, prosedur kontrol kualitas memverifikasi bahwa media, reagen, dan instrumen berfungsi sebagaimana mestinya, sehingga hasil yang dilaporkan mencerminkan pasien daripada artefak laboratorium. Panduan otoritatif membingkai laboratorium dan klinisi sebagai mitra yang keputusan bersama mereka tentang apa yang harus dikumpulkan dan diuji menentukan hasil diagnostik (Baron 2013).

Clinical relevance

Hasil yang dihasilkan oleh metode ini mendasari sebagian besar bukti yang digunakan untuk mengaitkan infeksi dengan organisme spesifik dan untuk melacak resistensi. Memahami jalur diagnostik membantu pembaca menilai mengapa kultur mungkin negatif meskipun ada infeksi, mengapa kultur positif mungkin merupakan kontaminasi, dan bagaimana alat molekuler dan proteomik yang lebih baru mengubah waktu penyelesaian diagnostik. Area ini menjelaskan bagaimana bukti laboratorium dihasilkan dan bukan merupakan dasar untuk keputusan diagnostik atau pengobatan individu.

Evidence & guidelines

Panduan konsensus dari Infectious Diseases Society of America dan American Society for Microbiology menjelaskan pemilihan spesimen yang tepat dan pemanfaatan laboratorium untuk diagnosis penyakit menular (Baron 2013). Teks referensi seperti Manual of Clinical Microbiology mengkodifikasi metode kultur dan identifikasi standar (Jorgensen 2015), dan tinjauan telah memetakan pergeseran menuju diagnostik molekuler dan proteomik yang lebih cepat (Caliendo 2013).

History

Bakteriologi diagnostik berkembang dari metode kultur akhir abad kesembilan belas dari mikrobiolog awal dan matang sepanjang abad kedua puluh menjadi skema fenotipik standar. Akhir abad kedua puluh dan awal abad kedua puluh satu membawa amplifikasi asam nukleat dan spektrometri massa MALDI-TOF, yang mempercepat waktu identifikasi dan, dalam beberapa pengaturan, memungkinkan deteksi tanpa kultur (Caliendo 2013).

Seminal works

• baron-2013
• jorgensen-2015
• caliendo-2013

Frequently asked questions

Apa sebenarnya yang dilakukan laboratorium mikrobiologi klinis?

Laboratorium ini memulihkan, mengidentifikasi, dan mengkarakterisasi mikroorganisme dari spesimen klinis, menggunakan kultur, identifikasi fenotipik dan molekuler, serta sistem kualitas sehingga hasilnya secara andal mencerminkan apa yang ada pada pasien.

Apakah kultur masih diperlukan sekarang setelah ada tes molekuler?

Kultur tetap menjadi pusat karena memulihkan isolat yang layak untuk pengujian lebih lanjut, tetapi metode molekuler dan spektrometri massa semakin melengkapinya dengan mempercepat identifikasi dan, untuk beberapa target, mendeteksi organisme langsung dari spesimen.