मात्रात्मक आणविक जाँच में गुणवत्ता आश्वासन

मात्रात्मक आणविक जाँच में गुणवत्ता आश्वासन मानकों, नियंत्रणों और रिपोर्टिंग प्रथाओं की वह प्रणाली है जो अभिव्यक्ति मापों को सटीक, प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य और विभिन्न परीक्षणों और प्रयोगशालाओं में तुलनीय बनाती है। इसके बिना, qPCR, RNA-seq, या एक बहु-जीन जाँच से प्राप्त संख्यात्मक परिणाम पर भरोसा नहीं किया जा सकता या उसकी तुलना नहीं की जा सकती।

Definition

मात्रात्मक आणविक जाँच में गुणवत्ता आश्वासन मानकीकृत प्रक्रियाओं, नियंत्रणों, संदर्भ सामग्रियों और पारदर्शी रिपोर्टिंग का समन्वित उपयोग है ताकि यह सुनिश्चित किया जा सके कि जीन या प्रोटीन अभिव्यक्ति के माप विश्लेषणात्मक रूप से मान्य और प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य हैं।

Scope

यह विषय मात्रात्मक जाँच में भिन्नता के पूर्व-विश्लेषणात्मक, विश्लेषणात्मक और पश्च-विश्लेषणात्मक स्रोतों, संदर्भ सामग्रियों और स्पाइक-इन नियंत्रणों की भूमिका, MIQE जैसे रिपोर्टिंग मानकों के कार्य और संघ बेंचमार्किंग अध्ययनों को शामिल करता है जिन्होंने प्लेटफॉर्म की प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता स्थापित की। इसे एक कार्यप्रणाली और मानक विषय के रूप में तैयार किया गया है, न कि प्रयोगशाला संचालन प्रक्रिया या प्रत्यायन मैनुअल के रूप में।

Core questions

• त्रुटि के पूर्व-विश्लेषणात्मक, विश्लेषणात्मक और पश्च-विश्लेषणात्मक स्रोत क्या हैं?
• संदर्भ सामग्री और नियंत्रण एक मात्रात्मक माप को कैसे आधार प्रदान करते हैं?
• प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता के लिए पारदर्शी रिपोर्टिंग क्यों महत्वपूर्ण है?
• एक माप प्लेटफॉर्म की प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता कैसे प्रदर्शित की जाती है?

Key concepts

• पूर्व-विश्लेषणात्मक, विश्लेषणात्मक और पश्च-विश्लेषणात्मक चरण
• संदर्भ सामग्री और कैलिब्रेटर
• स्पाइक-इन और प्रक्रिया नियंत्रण
• रिपोर्टिंग मानक (जैसे MIQE)
• अंतर-प्रयोगशाला प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता
• विश्लेषणात्मक वैधता

Mechanisms

मात्रात्मक जाँच में भिन्नता हर चरण में प्रवेश करती है: नमूना संग्रह और RNA अखंडता (पूर्व-विश्लेषणात्मक), प्रवर्धन दक्षता, अनुक्रमण गहराई, एंटीबॉडी प्रदर्शन और रन-टू-रन बहाव (विश्लेषणात्मक), और सामान्यीकरण, थ्रेशोल्डिंग और व्याख्या (पश्च-विश्लेषणात्मक)। गुणवत्ता आश्वासन प्रक्रियाओं को ठीक करके, सकारात्मक, नकारात्मक और प्रक्रिया नियंत्रणों को शामिल करके, और मापों को संदर्भ सामग्रियों और स्पाइक-इन मानकों से जोड़कर इनका मुकाबला करता है ताकि सिग्नल को कैलिब्रेट किया जा सके। MIQE और डिजिटल MIQE दिशानिर्देशों (Bustin et al., 2009; Huggett et al., 2013) द्वारा आवश्यक इन तत्वों की पारदर्शी रिपोर्टिंग दूसरों को परिणाम का न्याय करने और उसे पुनरुत्पादित करने देती है। बड़े बहु-प्रयोगशाला अध्ययन माइक्रोएरे और RNA-seq प्लेटफॉर्म की प्राप्त करने योग्य प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता को प्रदर्शित करते हैं और उन प्रथाओं को परिभाषित करते हैं जो इसका समर्थन करती हैं (MAQC Consortium, 2006; SEQC/MAQC-III Consortium, 2014)।

Clinical relevance

विश्वसनीय गुणवत्ता आश्वासन ही आणविक मापों को नैदानिक और रोगनिदान संबंधी रिपोर्टिंग में उपयोग करने की अनुमति देता है, और इसके घटकों को पहचानना परिणाम की विश्वसनीयता का मूल्यांकन करने में मदद करता है। यह प्रविष्टि कार्यप्रणाली स्तर पर गुणवत्ता सिद्धांतों और मानकों का वर्णन करती है और यह नैदानिक प्रयोगशाला प्रोटोकॉल, प्रत्यायन आवश्यकता या रोगी प्रबंधन का आधार नहीं है।

Evidence & guidelines

मात्रात्मक PCR और डिजिटल PCR के लिए रिपोर्टिंग मानक MIQE और डिजिटल MIQE दिशानिर्देशों (Bustin et al., 2009; Huggett et al., 2013) द्वारा परिभाषित किए गए हैं। अभिव्यक्ति प्लेटफॉर्म की प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता माइक्रोएरे गुणवत्ता नियंत्रण परियोजना (MAQC Consortium, 2006) और RNA-seq के लिए अनुक्रमण गुणवत्ता नियंत्रण अध्ययन (SEQC/MAQC-III Consortium, 2014) द्वारा प्रलेखित है।

History

2000 के दशक में जैसे-जैसे मात्रात्मक आणविक जाँच का प्रसार हुआ, अप्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य परिणामों के बारे में चिंता ने समन्वित मानकीकरण को प्रेरित किया। MAQC परियोजना (2006) ने प्रयोगशालाओं में माइक्रोएरे की प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्यता का परीक्षण किया, MIQE दिशानिर्देशों (2009) ने qPCR रिपोर्टिंग को मानकीकृत किया, और बाद के प्रयासों ने इसे डिजिटल PCR (2013) और RNA-seq (2014) तक बढ़ाया, जिससे मात्रात्मक अभिव्यक्ति विश्लेषण के भीतर गुणवत्ता आश्वासन को एक अनुशासन के रूप में स्थापित किया गया।

Debates

प्लेटफॉर्म और प्रयोगशालाओं में माप कितने तुलनीय हैं?

नियंत्रणों के साथ भी, प्लेटफॉर्म और साइटों के बीच पूर्ण मान भिन्न हो सकते हैं, इसलिए सापेक्ष तुलना, साझा संदर्भ सामग्री और पारदर्शी रिपोर्टिंग पर जोर दिया जाता है; क्रॉस-प्लेटफॉर्म परिणामों को कितनी दूर तक सामंजस्य स्थापित किया जा सकता है, यह एक खुला कार्यप्रणाली प्रश्न बना हुआ है।

Key figures

• Stephen Bustin
• Jim Huggett
• Leming Shi

Seminal works

• bustin-2009
• maqc-2006
• seqc-2014

Frequently asked questions

एक आणविक जाँच में संदर्भ सामग्री और नियंत्रण के बीच क्या अंतर है?

एक संदर्भ सामग्री एक विशेषता वाला मानक है जिसका उपयोग माप को कैलिब्रेट या आधार प्रदान करने के लिए किया जाता है, जबकि एक नियंत्रण परीक्षण नमूनों के साथ चलाया गया एक नमूना है ताकि यह पुष्टि की जा सके कि जाँच अपेक्षा के अनुसार काम कर रही है; दोनों गुणवत्ता आश्वासन में योगदान करते हैं लेकिन विभिन्न भूमिकाएँ निभाते हैं।

MIQE जैसे रिपोर्टिंग मानक क्यों महत्वपूर्ण हैं?

मानक उन प्रायोगिक विवरणों को निर्दिष्ट करते हैं जिन्हें प्रकट किया जाना चाहिए ताकि एक मात्रात्मक परिणाम का दूसरों द्वारा मूल्यांकन और पुनरुत्पादन किया जा सके; उनके बिना, अध्ययनों के बीच अंतर प्रलेखित तकनीकी भिन्नता के बजाय जीव विज्ञान को प्रतिबिंबित कर सकता है।